记忆灯塔的光芒照亮宇宙百年后，一场诡异的“星辉褪色”现象席卷各星系。生命体体内的自愈因子开始萎缩，曾经依赖星孩能量治愈的星球接连爆发“希望枯竭症”——患者眼中失去光芒，机械地重复着生存本能，如同被抽走灵魂的躯壳。无界医盟的紧急会议上，白焰展示着令人心惊的数据：“已监测到三百二十七个星系出现异常，所有病例都指向同一个源头——茧中纪元的能量波动。”
秦逸摩挲着神农信物，感受到其中传来的异样震颤。信物表面浮现出与青铜罗盘同源的纹路，指引他看向宇宙核心的“混沌星域”。那里本是茧中纪元能量的封印之地，此刻却腾起无数金色茧状星云，每个星云都隐约透出初代神农的面容。林婉的石化手臂泛起灼热的星纹，她低声道：“这些茧...在呼唤我们。”
当医盟舰队靠近混沌星域，茧状星云突然迸裂，释放出数以万计的透明人影。这些人影正是茧中纪元的“文明备份”，但他们的面容扭曲，双眼流淌着黑色能量。为首的人影发出刺耳尖啸：“你们背叛了契约！文明不该在残缺中苟活！”原来，茧中生命体苏醒后，目睹宇宙中依然存在战争、疾病与痛苦，认定秦逸等人未能实现“完美文明”的承诺，决定亲自执行净化。
白焰带领的先锋部队率先遭遇攻击。茧中生命体的能量触须所到之处，医道星核的光芒被吞噬，苏瑶药晶的治愈力也变得黯淡无光。更诡异的是，这些触须能精准攻击医者内心深处的愧疚与恐惧——一位曾因失误导致患者死亡的医生，竟在战场上看到无数亡魂向他索命。
秦逸与林婉深入混沌星域核心，发现这里存在着“时间闭环”。他们看到了初代神农与织梦者签订契约的完整真相：所谓的“文明备份”，本质是织梦者为预防医道堕落而设下的“终极审判”——若后世医者未能守护生命的平衡，茧中生命体将重启宇宙。林婉握紧秦逸的手：“我们必须让他们明白，真正的完美，是允许不完美存在的勇气。”
此时，茧中生命体已组成巨大的“审判之眼”，准备向全宇宙发射“归零射线”。被茧群控制的星球上，人们自发走向祭坛，如同被操纵的提线木偶。自由残缺派与火种重启派再次分裂，前者主张摧毁茧群，后者则认为应顺从审判。混乱中，秦青囊的全息投影突然出现在各星系——这位继承医道衣钵的年轻医者，正背着沾泥的药箱穿梭在病房间。
“大家看！”秦青囊举起手中的草药，镜头切换到病房里的患者，“这位老人曾因战争失去双腿，但他用义肢教会孩子们奔跑；这个孩子天生无法说话，却用绘画温暖了整个社区。不完美从来不是枷锁，而是让生命绽放的理由！”她的话语如同一束光，刺破了茧中生命体的精神控制，部分被操控的人眼中重新燃起希望。
秦逸与林婉趁机发动总攻。秦逸将神农传承化作“生命之网”，捕捉茧中生命体的意识波动；林婉则用石化能力冻结归零射线的发射装置。在激烈对抗中，茧中生命体的首领突然闯入他们的意识空间，展示出无数个“完美宇宙”的可能性——没有疾病、没有痛苦，却也没有成长、没有爱。
“这些宇宙为何都走向灭亡？”秦逸的声音在意识空间回荡，“因为失去了面对残缺的勇气！”他将收集的全宇宙生命的“不完美故事”注入茧中生命体的意识：母亲照顾患病孩子的坚持、科学家在失败中寻找突破的执着、战士为守护家园付出生命的决绝。茧中生命体的黑色能量开始消退，化作漫天星光。
最终，茧状星云重组为璀璨的“希望星座”。织梦者的虚影浮现，将一枚蕴含混沌与秩序之力的“永恒之种”交给秦逸：“你们通过了最终考验。医道的未来，由你们继续书写。”宇宙重归安宁，秦青囊在古老的地球遗迹中，发现了秦逸与林婉留下的竹简，上面写着：“医道无终，唯愿众生，在残缺中生长，于黑暗里寻光。”而在星空深处，茧火重燃，照亮的不再是审判之路，而是生命永恒的征程。