混沌圣殿的紫光尚未消散，宇宙边缘突然泛起诡异的涟漪，空间如破碎的镜面般龟裂。永恒观测塔的混沌晶体结构开始崩解，化作无数闪烁的光粒，穹顶的紫光逐渐黯淡，被一种虚无的黑色所吞噬。秦青囊实验室里，所有仪器停止运转，共生体样本失去生命迹象，化作漂浮在培养液中的尘埃，整个星网陷入前所未有的寂静。
“这是...终焉的征兆！”林婉的意识体在虚无中摇摇欲坠，她的弦状粒子变得透明而脆弱，仿佛随时会消散。当她试图感知周围的能量波动时，只触碰到一片死寂，曾经充满生命力的宇宙，此刻像是被抽走了灵魂。在意识的深处，初代神农的残念最后一次浮现：“当所有可能性穷尽，终焉并非终结，而是新的开始...”
秦逸的医道真气在经脉中彻底溃散，他跪倒在观测塔顶，看着全息星图上最后几个光点逐一熄灭。锈红星系的守护巨像早已化为齑粉，飘散在宇宙的虚空中；机械城邦的残骸在引力作用下坍缩成黑洞；水生种族的声波永远定格在最后一个音符，成为寂静宇宙中的挽歌。他手中的银针虚影逐渐透明，仿佛在宣告医道传承的终结。
宇宙核心，创世之树的根系从混沌维度中抽出，整棵树开始枯萎，树皮剥落，枝叶凋零。混沌仲裁庭与混沌核心一同坍缩，形成一个巨大的“终焉漩涡”，其引力将周围的星系、能量、甚至时间都卷入其中。永恒药典在漩涡的中心剧烈震颤，书页自动翻卷，最终定格在空白的最后一页，仿佛在等待着某种未知的书写。
秦青囊在星网的残骸中艰难探寻，发现这场终焉并非自然演变，而是源自所有文明对力量的过度追求。当混沌、熵流、时间等力量被不断挖掘和利用，宇宙的承受力达到了极限。初代神农留下的最终传承，是一个能重启宇宙的“终焉密钥”，但激活密钥意味着要舍弃所有现存的文明形态，将一切归零。
林婉拼尽全力靠近终焉漩涡，在混乱的引力场中找到了终焉密钥。她的意识体被无数文明的最后记忆冲击：机械文明的科学家在实验室中绝望地记录着最后的数据；水生种族的歌者在声波消散前唱响最后的挽歌；原始部落的人们围坐在熄灭的篝火旁，等待着命运的降临。这些记忆如重锤般敲击着她的心灵，让她几乎丧失了继续前行的勇气。
秦逸召集残存的文明意志，试图构建“终焉共鸣体”，但所剩的力量太过微弱。机械文明仅存的智能核心闪烁着即将熄灭的光芒，智慧种族的意识体变得模糊不清，原始部落的信仰之力也在虚无中逐渐消散。然而，当他们的力量汇聚在一起时，竟产生了一种超越生死的坚定信念。
三人在终焉漩涡的边缘重聚，将秦青囊解析的终焉法则、林婉守护的终焉密钥，以及秦逸凝聚的文明信念融合，创造出“终焉药典协议”。协议的核心是主动迎接终焉，将现存宇宙的所有生命印记、文明智慧压缩成“种子”，注入终焉密钥。当协议启动的瞬间，终焉漩涡爆发出耀眼的白光，吞噬了整个宇宙。
银针废墟上，永恒药典的空白书页被光芒填满，记录下了所有文明的最后时刻。随后，药典化作无数光点，散入虚空。秦青囊将终焉药典协议的最后备份存入星网的量子泡沫中，等待着新宇宙的发掘。
秦逸、林婉和秦青囊的意识体在白光中融为一体，他们的存在化作宇宙重启的“引路人”。当新的宇宙从虚无中诞生，他们将以全新的形态出现，引导新的文明重新认识生命、探索医疗之道。镜头拉远，整个宇宙在白光中坍缩成一个点，随后又开始了新的膨胀——新的轮回，新的故事，即将拉开帷幕。