十月，青溪县的寒雾还未散尽，漆园主方腊站在帮源洞的高台之上，身后是数万手持农具、刀枪的流民，身前是连绵起伏的群山。他身着粗布短打，目光如炬，声音穿透晨雾，回荡在山谷之间：“吾等终岁劳苦，漆楸竹木耳，皆为朝廷所征，无有宁日！今官府剥肤摧髓，花石纲害民无度，妻离子散者十之八九！若不反，终为饿殍；若反，则尚有一线生机！”
话音未落，台下爆发出震天动地的呐喊：“反了！反了！”“杀贪官！分田地！”呐喊声如同惊雷，劈开了东南的宁静，一场席卷六州五十二县、震动整个大宋的农民起义，就此拉开序幕。
方腊本是睦州青溪县人，世代以种漆、制漆为业。宣和年间，宋徽宗沉迷花石纲，在苏杭设造作局，强征奇花异石，官吏趁机敲诈勒索，东南百姓苦不堪言。青溪地处深山，却因盛产竹木奇石，成为花石纲重灾区。官吏催逼甚急，百姓稍有迟缓便遭鞭打，不少人家倾家荡产，卖儿鬻女，甚至被逼得悬梁自尽。方腊目睹乡邻惨状，又因自家漆园被官吏强征，心中积怨已久。他早年加入摩尼教，借宗教名义广结信徒，宣扬“是法平等，无有高下”，暗中积蓄力量，如今终于忍无可忍，揭竿而起。
起义之初，仅有数千人响应，多为青溪县的农民、漆工、矿工。可方腊深知百姓疾苦，提出“罢花石纲，免赋税，分田地”的口号，恰如干柴遇烈火，迅速点燃了东南大地的反抗怒火。青溪县令派兵镇压，却被方腊义军诱入山谷，尽数歼灭。义军缴获了官府的军械粮草，声势愈发壮大。
十月下旬，方腊率领义军猛攻青溪县城。县城守军不过数百，且久疏战阵，面对义军的汹涌攻势，不堪一击。义军破城后，杀贪官、开粮仓，将官府囤积的粮食、衣物分给百姓，一时间，青溪百姓争相加入义军，队伍迅速扩充至数万人。方腊在青溪设官分职，建立政权，自称“圣公”，建元“永乐”，封妻子邵氏为皇后，任命方肥为宰相，方七佛、方貌、邓元觉等人为大将，正式竖起了反抗宋廷的大旗。
十一月初，方腊挥师东进，直逼睦州。睦州知府张徽言听闻义军将至，吓得魂飞魄散，一面紧闭城门，一面派人向杭州求援。可义军士气正盛，沿途百姓纷纷加入，队伍已扩充至十万人。方腊采取“围点打援”之策，派方七佛率领三万义军阻击杭州援军，自己则亲率主力猛攻睦州城。义军虽缺乏正规训练，却个个悍不畏死，他们架起云梯，冒着箭雨攀爬城墙，甚至有人抱着柴草点燃后冲向城门，想要焚烧城门。
睦州城守军坚守数日，粮草耗尽，援军又被方七佛击溃，最终城门被义军攻破。张徽言被俘后拒不投降，被方腊下令处死。义军占据睦州后，再次开仓放粮，招募士兵，队伍规模扩大至十五万人。方腊乘胜追击，分兵三路：一路由方七佛率领，攻打杭州；一路由方貌率领，攻打婺州；一路由邓元觉率领，攻打衢州。
东南各州府的宋军，久未经历战事，战斗力低下，且官吏腐败，百姓离心，面对义军的猛攻，大多望风披靡。十一月中旬，方七佛率领的义军抵达杭州城外。杭州作为东南重镇，城防坚固，守军有一万余人，知府赵霆却早已吓得胆战心惊，在义军攻城前夜，带着家眷弃城而逃。群龙无首的守军士气大跌，义军轻易攻破城门。
进入杭州后，义军烧官府、杀贪官，将造作局的花石纲尽数砸毁，释放了被关押的百姓。杭州百姓饱受花石纲之苦，纷纷响应义军，方腊的队伍在此扩充至二十万人。消息传回汴梁，宋徽宗赵佶大惊失色，他万万没想到，一场看似不起眼的民变，竟能在短短一个月内席卷两州，攻破东南重镇杭州。
十二月，方腊起义进入高潮。方貌率领的义军攻破婺州，杀守臣彭汝方；邓元觉率领的义军攻破衢州，擒杀知州彭汝霖；方腊亲率主力攻打越州，越州守臣刘韐弃城而逃。义军势如破竹，短短两个月内，连破睦州、杭州、婺州、衢州、越州、处州六州，下辖五十二县尽数被义军占据。起义军的规模也迅速膨胀，巅峰时期达到近百万人，东起明州，西至歙州，南抵温州，北达秀州，纵横数千里，东南半壁江山几乎尽落义军之手。
义军所到之处，官吏、地主纷纷逃亡或被诛杀，官府的赋税制度被废除，土地被重新分配给农民。方腊还下令禁止佛教、道教，独尊摩尼教，要求义军将士节俭朴素，不得扰民。在义军统治区域内，百姓们过上了短暂的安稳日子，不必再忍受官吏的敲诈勒索，不必再为花石纲奔波，因此，方腊起义得到了广大百姓的衷心拥护。
然而，义军的迅猛发展也带来了一些问题。一些历来农民起义者都会有的问题，由于队伍扩张过快，人员鱼龙混杂，部分义军将士纪律松散，出现了烧杀抢掠的行为，虽然方腊严厉禁止，却难以彻底杜绝。此外，义军缺乏统一的指挥体系，各路人马各自为战，缺乏协同配合，为日后的失败埋下了隐患。
即便如此，方腊起义的规模与声势，仍创下了北宋以来农民起义的之最。近百万义军纵横东南，震动了整个大宋王朝。宋廷在最初的惊慌失措后，迅速组织力量镇压。宋徽宗撤销了苏杭造作局，停运花石纲，以安抚民心，同时任命童贯为江浙淮南宣抚使，率领十五万西北精锐大军，兼程南下。此外，宋廷还调遣了秦凤、环庆、鄜延等路的边军，以及山东、河北的禁军，共计二十余万人，围剿方腊义军。