陈瑛，字子玉，湖广蕲州人。洪武年间以国子监生入仕，历任御史、山东按察使，却因办案过于苛刻被贬；建文帝时，他虽重回官场，却始终未得重用，郁郁寡欢。直到永乐元年（1403年），朱棣推翻建文帝登基，陈瑛因率先上表拥护，被擢升为都察院左都御史——这个掌管全国监察、弹劾百官的职位。此后数年，他以“靖难余党”为名，罗织罪名，株连无辜，数万人因他的弹劾而死，史称“瑛为都御史，专以搏击为能，建文诸臣，诛夷殆尽”。
永乐元年（1403年）正月，朱棣在南京登基，改元永乐。登基后的第一件事，就是清算建文旧臣——那些曾效忠建文帝的官员，成了他的眼中钉。这时，朱棣启用陈瑛来主持“清算”。
朱棣召见陈瑛时，问他：“如今建文余党仍在朝中，若不严惩，恐生后患。你若任都御史，当如何处置？”
陈瑛躬身回道：“臣以为，治乱世当用重典。建文旧臣中，若有誓死不降、仍怀异心者，当诛之以儆效尤；若有虽降却私下议论陛下者，当贬谪流放；若有安分守己、愿为陛下效力者，可暂留原位，以观后效。”
这番话，说到了朱棣的心坎里，他当即任命陈瑛为都察院左都御史，还特批他“凡建文余党案，可先审后奏，不必事事请示”。拿到这个权力后，陈瑛第一时间就把矛头对准了建文朝的核心大臣——方孝孺。
当时方孝孺因为拒绝为朱棣草拟登基诏书，被朱棣下令打入天牢。陈瑛让人伪造了一封方孝孺与“建文旧部”的书信，信中写道“待时机成熟，当联络各地藩王，共讨朱棣”。朱棣看了书信，勃然大怒，当即下令将方孝孺押赴刑场，凌迟处死。可陈瑛还不满足，又奏请朱棣“族诛方孝孺”，理由是“方孝孺的亲友多为建文旧臣，若留之，恐为后患”。朱棣准奏，方孝孺的父族、母族、妻族共八百七十三人，全被处死，连他的学生、朋友都被牵连，流放者达数千人——这就是历史上着名的“方孝孺案”，也是陈瑛主持“清算”的第一个大案。
方孝孺案后，陈瑛在都察院设立了“建文余党专审司”，专门负责搜罗建文旧臣的罪证。只要有人举报“某官曾为建文效力”，不管证据真假，陈瑛都会立刻派人将其逮捕入狱。为了让犯人“认罪”，他还发明了多种酷刑，比如“烙铁烙身”“灌铅水”，不少官员不堪折磨，只好屈打成招。
建文朝的兵部尚书齐泰，在朱棣起兵后曾率军抵抗，后来兵败逃亡，被燕军抓获。陈瑛审案时，齐泰坚称自己“只为保社稷，非为个人”，不肯认罪。陈瑛见状，下令对他用刑，还把他的儿子抓来，当着他的面严刑拷打。齐泰不忍儿子受苦，只好承认自己“谋反”。最终，齐泰被凌迟处死，他的家族也被株连，仅十岁以下的孩童被流放，其余人全被杀死。
同样被陈瑛构陷的，还有建文朝的太常寺卿黄子澄。黄子澄是“削藩”的主要倡导者，朱棣对他恨之入骨。陈瑛抓到黄子澄后，没有立刻定罪，而是先将他押到南京街头示众，让百姓扔石头辱骂他。示众结束后，陈瑛才开始审案，逼黄子澄写下“认罪书”，承认自己“蛊惑建文削藩，引发战乱”。黄子澄不肯写，陈瑛就下令“割其舌”，让他无法说话，最后还是让人代笔写下“认罪书”，将他凌迟处死。黄子澄的家族也未能幸免，株连三族，死者达数百人。
虽然方孝孺、齐泰、黄子澄等核心大臣已经被杀，陈瑛的“清算”却没有停止，反而从京城蔓延到了地方，从官员波及到了庶民。只要与建文帝A有过一丝关联，哪怕只是给建文旧臣送过一封信、当过一次幕僚，都可能被陈瑛定为“靖难余党”，招来杀身之祸。
永乐二年（1404年），陈瑛查到建文朝的礼部侍郎黄观，在朱棣登基后投江自尽，可他的家人还在安徽贵池老家。陈瑛立刻派人前往贵池，将黄观的妻子翁氏、儿子黄永逮捕入狱。翁氏知道自己难逃一死，在狱中对儿子说：“你父亲是忠臣，我们不能辱没他的名声。”随后，翁氏带着黄永一起投水自尽。可陈瑛却不罢休，又下令搜捕黄观的族人，将他的叔伯、兄弟共二十余人全部处死，理由是“他们明知黄观‘谋逆’，却不举报，属同党”。
同年，苏州府有个名叫高启的诗人，曾在建文朝任翰林院编修，朱棣登基后，高启辞官归隐，专心写诗。高启曾写过一首《题宫女图》，诗中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来”的句子，朱瑛便认定高启是“借诗讽刺，怀念建文”。他当即下令将高启逮捕，押赴南京。高启在狱中辩解，说自己只是“咏史怀古，并无他意”，可陈瑛根本不听，奏请朱棣将高启“腰斩”——这是一种极其残酷的刑罚，将人从腰部砍成两段，让人在痛苦中慢慢死去。高启死后，他的朋友、学生中有三十多人被牵连，有的被流放，有的被处死，苏州的文人圈子一时间人心惶惶。
陈瑛的滥杀，甚至波及到了朱棣的亲信。永乐三年（1405年），都察院御史解缙因才华出众，深得朱棣信任，奉命主编《永乐大典》。可解缙曾在建文朝任翰林院庶吉士，虽早早归附朱棣，却也被陈瑛盯上了。陈瑛查到，解缙在主编《永乐大典》时，收录了不少建文朝的诗文，便上书弹劾解缙“私藏建文文献，意图复辟”。朱棣起初不信，觉得解缙是“有功之臣”，可陈瑛却不断上奏，还拿出解缙收录的诗文，逐字逐句“解读”，说某句是“怀念建文”，某句是“讽刺陛下”。久而久之，朱棣也对解缙起了疑心，虽没治他的罪，却将他调离了《永乐大典》的编修团队，派往广西任布政使司参议。
陈瑛还鼓励“告密”。他下令，只要有人举报“靖难余党”，无论真假，都能得到赏赐；若举报属实，还能当官。这道命令一出，南京城顿时掀起了“告密之风”。有人为了升官发财，诬告邻居于“建文旧臣”有来往；有人为了报私仇，陷害仇人“私藏建文诏书”。陈瑛对这些举报来者不拒，每举报一人，就派人去查，不认罪就用刑，直到犯人“认罪”为止。据《明史》记载，永乐前三年，因“靖难余党”案被处死的官员、百姓达数万人，流放者更是不计其数，南京的监狱里人满为患，刑场上每天都有犯人被处死。
有一次，朱棣在宫中设宴，看到窗外飘着雪花，随口说了句“今年雪下得早，不知百姓是否寒冷”。陈瑛当即接话：“陛下仁德，心系百姓。可如今仍有建文余党潜藏民间，若不彻底清除，百姓难以安居乐业。臣请陛下准许，再派御史到各地巡查，务必将余党全部抓获。”朱棣听了，沉默了，最后说：“此事容后再议。”——此时的朱棣，片刻或许已经察觉到陈瑛的滥杀。
永乐六年（1408年），陈瑛不仅掌管都察院，还兼任锦衣卫都指挥佥事，监察百官的同时，还掌控着特务机构，朝中官员无不畏惧他，连六部尚书见了他，都要礼让三分。陈瑛更加肆无忌惮，开始对朱棣的亲信大臣下手，最终触怒了朱棣。
这年夏天，陈瑛弹劾隆平侯张信“贪赃枉法，强占民田”。张信是朱棣的功臣，当年朱棣起兵时，张信曾向他通风报信，帮他躲过了建文帝的抓捕，朱棣登基后，封他为隆平侯，十分信任。陈瑛弹劾张信，理由是“张信在北平任上，强占民田三百亩，还纵容家奴殴打百姓”。朱棣知道后，觉得陈瑛“小题大做”，毕竟张信是自己的功臣，这点“小错”不足以定罪，便驳回了陈瑛的弹劾，还特意召见张信，安慰他说：“陈瑛此人过于严苛，你不必放在心上。”
可陈瑛却不罢休，又连续三次上书弹劾张信，还拿出了“证据”——几张百姓的“控诉状”，说张信的家奴如何殴打他们，如何强占他们的田地。朱棣见状，虽有些不满，却也只好下令让张信“退田还民，罚俸一年”，算是给了陈瑛一个面子。可陈瑛并不满足，又盯上了另一个功臣——兵部尚书金忠。
金忠曾是朱棣的谋士，在“靖难之役”中多次为朱棣出谋划策，朱棣登基后，任命他为兵部尚书，主管军事。陈瑛弹劾金忠，说他“徇私舞弊，提拔建文旧臣”——金忠确实提拔过一个名叫刘璟的官员，刘璟是建文朝的御史，可刘璟才华出众，且早已归附朱棣，金忠提拔他，也是为了朝廷。可陈瑛却认定刘璟是“建文余党”，金忠提拔他是“意图不轨”。
这次，朱棣没有再容忍。他当着文武百官的面，斥责陈瑛：“金忠是朕的功臣，刘璟也是归附朕的贤臣，你为何总要鸡蛋里挑骨头？你任都御史以来，杀了多少人？难道非要把朝中官员都杀完，你才甘心吗？”
陈瑛没想到朱棣会当众斥责自己，一时慌了神，连忙磕头谢罪，说自己“只是为了朝廷，并无他意”。可朱棣已经对他失去了耐心，下令将他革去锦衣卫都指挥佥事的职位，只保留都御史的头衔，还警告他“若再滥杀无辜，朕必严惩不贷”。
可陈瑛还是没吸取教训。永乐七年（1409年），他又弹劾户部尚书夏原吉“治水不力，浪费国库”。夏原吉是永乐朝的重臣，负责治理黄河、运河，功绩卓着，朱棣十分倚重他。陈瑛的弹劾，彻底激怒了朱棣——他觉得陈瑛已经不是在“清算建文余党”，而是在滥用职权，打压异己，甚至想操控朝政。
朱棣当即下令将陈瑛逮捕入狱，命三法司（刑部、大理寺、都察院）联合审讯。三法司的官员早就看不惯陈瑛，很快就查出他“滥杀无辜、收受贿赂、伪造证据”等多条罪状。其中最严重的一条，是他曾接受一个富商的贿赂，诬告一名正直的官员是“建文余党”，导致该官员全家被杀。
永乐八年（1410年）正月，朱棣下旨，将陈瑛押赴刑场，斩首示众。
陈瑛死后，朱棣下令废除“建文余党专审司”，还下了一道诏书，说“前都御史陈瑛，滥用职权，滥杀无辜，朕之过也。自今往后，凡治狱，必以证据为准，不得屈打成招，不得株连无辜”。
百年后，《明史》的编撰者在写到陈瑛时，留下了一句话：“瑛性残刻，善承上意，帝（朱棣）倚之如刀。及帝悟，瑛亦诛矣。”