溯忆灯塔的光芒划破宇宙的夜幕三年后，新的危机悄然降临。无界医盟监测到宇宙各处的熵值曲线出现诡异波动——在某些区域，熵增定律突然失效，破碎的星辰自动重组，消散的生命能量逆流回物质实体。但这种“逆向熵流”并非恩赐，而是带来了更为恐怖的后果：复活的生物失去了自我意识，沦为被熵能操控的“混沌傀儡”，所到之处，一切秩序都被拆解成原始的粒子。
白焰的实验室被紧急改造成隔离区，里面躺着从各个星系送来的患者。这些人皮肤下涌动着紫色的熵能脉络，瞳孔中倒映着宇宙大爆炸时的混乱景象。“他们的身体正在经历‘反向演化’，”白焰指着全息投影中不断坍缩的dNA链，声音发颤，“从智慧生命退化为最原始的单细胞生物，最终...彻底回归宇宙尘埃。”
秦逸与林婉再次踏上征程，神农信物与石化手臂在诡异熵场中产生奇异共鸣。信物表面浮现出古老的卦象，卦辞“反者道之动，弱者道之用”反复闪烁；林婉的石化纹路中渗出幽蓝星砂，在空中勾勒出一条通往“熵源之眼”的轨迹——那是位于宇宙褶皱深处的神秘区域，据说连光都无法逃脱其引力撕扯。
当医盟舰队接近熵源之眼，现实空间如同被无形巨手揉捏的橡皮泥。飞船的金属外壳扭曲成莫比乌斯环，船员们的意识开始在不同时空跳跃。林婉的石化能力在此处彻底失控，她的身体时而化作万千粒子，时而重组为陌生的形态；秦逸则被卷入一段段混乱的记忆残片，其中最清晰的画面，是初代神农与织梦者在熵源之眼外的对话：“这里沉睡着宇宙的‘熵核’，是万物终焉的钥匙，亦是新生的火种。”
在熵源之眼的核心，秦逸与林婉见到了“熵影主宰”——一个由纯粹熵能凝聚的生命体，其身体不断分裂又聚合，每一次形态变化都伴随着空间的撕裂与重组。“秦逸，林婉，你们执着于维持脆弱的秩序，”熵影主宰的声音如同万千星辰同时崩塌，“却不知逆向熵流才是宇宙的终极真理！当一切回归混沌，新的文明才能破茧而生！”
熵影主宰挥动熵能巨爪，释放出无数混沌傀儡。这些傀儡的攻击方式颠覆了所有认知：他们无需实体接触，仅凭熵能波动就能将物质解构。自由残缺派与火种重启派的联合舰队瞬间溃不成军，就连医道星核的净化之力，在接触熵能的瞬间也被转化为毁灭性能量。
秦青囊带领的年轻医者团队在现实世界展开了一场特殊的“意识保卫战”。他们发现，通过引导患者回忆生命中最温暖的瞬间，能够在意识层面形成对抗熵能侵蚀的“精神壁垒”。一位在逆向演化中即将失去记忆的老者，在想起孙子的笑容时，眼中重新亮起光芒，皮肤下的熵能脉络也随之消退。
秦逸与林婉在熵源之眼深处，找到了真正的熵核——那是一颗跳动的黑色球体，表面缠绕着宇宙从诞生到终结的所有时间线。当熵影主宰试图用熵核发动最终攻击时，林婉将石化能力与量子纠缠理论结合，创造出能够短暂定格熵能流动的“时空琥珀”；秦逸则调动神农传承，在熵核表面刻下古老的医道符文，试图唤醒其“平衡万物”的本源力量。
在激烈的对抗中，秦逸突然顿悟：“熵增与熵减本是一体两面，强行逆转只会带来毁灭！”他与林婉将全宇宙医者汇聚的精神力量注入熵核，符文亮起璀璨光芒。熵影主宰的身体在光芒中开始瓦解，消散前，他终于理解了平衡的真谛：“原来...秩序与混沌的共生，才是宇宙的永恒旋律。”
熵源之眼恢复平静，熵核化作一颗散发柔和光芒的“平衡核心”。秦逸与林婉将其安置在宇宙中央，建立起“熵律灯塔”。这座灯塔的光芒能够实时调节宇宙各处的熵值，确保万物在秩序与混沌之间找到平衡。秦青囊在地球培育的希望之树，此时绽放出奇异的双色花朵，象征着生命在规则与变化中永恒生长。而在星空的尽头，新的文明正在平衡的摇篮中悄然孕育。