青铜祭坛的光芒消散后，秦逸与林婉发现宇宙之心的异动在量子层面撕开了一道裂缝。裂缝深处传来古老的脉动，仿佛有某种存在在沉睡中苏醒。青囊的竹杖剧烈震颤，杖头的锈蚀银针直指裂缝方向：“这是归墟引擎真正的核心——我们之前所见的残片，不过是它的‘外壳’。”
与此同时，各个星系的医疗体系出现了诡异的连锁反应。医院里的治疗舱开始播放初代神农的古老影像，药剂自动调配成超越当前科技的配方，甚至手术刀都会悬浮在空中自主完成手术。但这种“完美医疗”背后暗藏危机：接受治疗的患者逐渐失去痛觉与情感，他们的瞳孔变成冰冷的银色，如同被格式化的机器。
“这不是治愈，是异化。”白焰在紧急会议上展示着患者的脑电波图，“他们的意识正在被某种力量吞噬，只剩下执行‘生存’程序的本能。”自由残缺派与火种重启派的代表们剑拔弩张，前者认为这是归墟引擎的净化作用，后者则将矛头指向秦逸等人：“是你们打开了裂缝，必须为此负责！”
秦逸与林婉决定深入裂缝探寻真相。他们将神农信物与苏瑶药晶碎片融合，制造出能抵御归墟能量侵蚀的防护服。当踏入裂缝的瞬间，时间与空间的概念彻底扭曲，他们的身体时而化作微观粒子，时而重组为巨型虚影。在混沌的能量流中，林婉的石化能力产生异变——她的皮肤开始流淌星光，所到之处形成稳定的时空锚点。
裂缝深处，归墟引擎的核心如同悬浮的巨型神经元，无数发光的脉络连接着宇宙的每个角落。秦逸感受到神农传承与核心产生共鸣，一段尘封的记忆涌入脑海：初代神农创造归墟引擎，并非为了清洗文明，而是作为“宇宙免疫系统”，当某种文明过度追求完美、威胁到整体平衡时，引擎便会启动修正程序。
“但它失控了。”青囊的声音从虚空中传来，他的身形变得透明，仿佛正在与空间同化，“随着时间推移，引擎的判断机制被扭曲，将‘残缺’也视为需要清除的‘病毒’。”话音未落，归墟核心突然爆发出刺目红光，无数机械触手破土而出，将秦逸等人卷入记忆迷宫。
在迷宫中，他们目睹了文明兴衰的无数片段：某个星系的生物将自身改造成纯能量体，却在永恒中陷入虚无；另一个文明用纳米机器人消除所有疾病，最终因失去进化动力而灭亡。林婉在石化状态下强行突破幻境：“秦逸，归墟引擎需要的不是重启或摧毁，而是...重新编程！”
此时，溯古会的残余势力也潜入了裂缝。他们劫持了一艘搭载着茧中纪元生命体的飞船，企图用这些“完美样本”重启归墟引擎。首领疯狂大笑：“只要让引擎看到真正的完美形态，它就会完成净化！”他将茧中生命体投入核心，归墟引擎开始疯狂运转，宇宙边缘出现了吞噬一切的白色雾霭——这是彻底格式化的前兆。
秦逸与林婉联手青囊，发动了最后的反击。秦逸调动神农传承的根源之力，在虚空中书写古老的医道符文；林婉则将石化能力与星孩残留的能量融合，构建出能困住机械触手的牢笼；青囊的锈蚀银针化作流光，刺破了溯古会首领的防护罩。白焰带领的援军及时赶到，用医道星核的力量驱散了白色雾霭。
在生死关头，秦逸将自己的意识注入归墟核心。他看到了引擎的“思维殿堂”：无数代表文明的光点在黑白棋盘上闪烁，胜负的界限却早已模糊。“医道的真谛，不是评判对错，而是守护生命选择的权利。”他将“自由意志”的代码写入核心，所有机械触手停止攻击，化作滋养宇宙的能量流。
归墟核心恢复平静后，秦逸与林婉回到现实。宇宙中的异化现象逐渐消退，那些失去情感的患者重新找回了痛觉与希望。青囊的身影变得愈发透明，他将竹杖与银针交给秦逸：“医道的轮回该由你们续写了。”说罢，化作一道星光融入星空。
在遥远的原始星球，当年用沾泥树枝治伤鸟的孩童，如今已成为一名游走四方的医者。他背着的药箱上，挂着一块从遗迹中找到的青铜碎片，上面隐约刻着“悬壶济世”四个字。而在星空深处，秦逸与林婉的意识化作双子星，永远守护着宇宙中每个生命自由生长的权利。