混沌之种的危机平息后，秦逸与林婉并未迎来预想中的安宁。宇宙暗网突然流传出一段加密影像：林婉石化期间的意识曾被熵蚀会截取，她的记忆深处藏着足以重启归墟引擎的“女娲密钥”。这则消息如投入死水的巨石，让刚刚结盟的自由残缺派与火种重启派再次陷入猜忌，各方势力的目光重新聚焦在林婉身上。
“他们不会放过我的。”林婉轻抚着仍未完全恢复的石化手臂，月光透过飞船舷窗洒在她苍白的脸上，“女娲密钥根本不存在，可没人会相信。”秦逸将她轻轻揽入怀中，神农传承的温厚力量顺着掌心流入她体内：“有我在。我们先去观星阁遗址，那里或许藏着破解记忆封印的线索。”
然而，当他们抵达时，观星阁废墟已被神秘组织“织夜者”占领。这些身着银黑战甲的战士周身缠绕着量子丝线，所过之处空间如布料般被割裂重组。“秦逸，林婉。”为首的织夜者掀开面罩，露出半张机械义脸，“交出女娲密钥，否则你们将永远困在时间褶皱里。”话音未落，无数银丝如蛛网般笼罩过来，将两人拖入扭曲的时空夹缝。
被困在时间乱流中的秦逸与林婉，发现自己不断穿梭在过去与未来的片段中。他们目睹了初代神农创造医道星核的场景，也看到了某个未来里宇宙被机械文明吞噬的末日景象。在一个破碎的时空中，林婉突然抓住秦逸的手：“你看！”只见年幼的林婉正在接受神秘老者的传承，老者手中握着的玉牌，竟与秦逸在青山村获得的神农信物一模一样。
“这不是巧合。”秦逸运转医道之力，试图稳定紊乱的时空，“我们的命运从一开始就被编织在一起。”就在此时，时空裂缝中传来白焰的呼喊。原来白焰感应到两人的危机，带着剩余的医道星核赶来。星核的光芒与秦逸的神农之力共鸣，在乱流中开辟出一条通道，三人终于脱困。
织夜者的真实目的逐渐浮出水面。他们是一群被熵蚀会改造的“时间难民”，因承受不住混沌能量的侵蚀，企图利用女娲密钥重启归墟引擎，将时间拨回宇宙初始状态。首领的机械义眼闪烁着疯狂的红光：“只有归零，才能终结所有痛苦！”他操控着时间丝线，将整片星域的时间流速调至极致——恒星的诞生与毁灭在刹那间循环，行星如尘埃般湮灭重生。
林婉的记忆封印在时间风暴中意外松动。她头痛欲裂地抱住脑袋，大量陌生的信息涌入脑海：女娲密钥确实存在，却是初代神农为防止医道力量被滥用而设下的“伪钥匙”，其真正作用是触发归墟引擎的自毁程序。“原来...我们一直被谎言推着走。”林婉虚弱地笑了笑，眼中却燃起坚定的光，“这次，该由我们来书写真相。”
秦逸、林婉与白焰兵分两路。白焰带着星核吸引织夜者的主力，在不断变幻的时空战场中游走；秦逸与林婉则直捣织夜者的母舰，寻找解除时间禁锢的核心装置。途中，林婉石化的手臂突然产生共鸣，指引他们来到存放时间引擎的舱室。舱室内，巨大的齿轮装置正在吞噬星辰的光芒，每一次转动都伴随着时空的震颤。
“让我来。”林婉走上前，石化的手掌按在齿轮表面。她的意识顺着纹路深入引擎核心，却发现内部藏着无数被困在时间循环中的灵魂。“他们都是被熵蚀会抛弃的实验品...”林婉哽咽着，调动体内残留的星孩能量，“不能再让悲剧延续。”她将神农医道与星孩之力融合，在时间洪流中开辟出一条救赎之路，被困的灵魂如飞鸟般四散而逃。
与此同时，秦逸与织夜者首领展开生死对决。首领的时间丝线愈发凌厉，将秦逸的战甲割裂出无数伤口。千钧一发之际，林婉完成了对时间引擎的逆转。齿轮开始反向转动，失控的时间流速逐渐恢复正常。首领看着自己逐渐消散的身体，终于露出解脱的笑容：“或许...我们从一开始就错了。”
当一切尘埃落定，秦逸与林婉站在修复后的观星阁遗址上。林婉将“女娲密钥”的真相公之于众，宇宙各方势力终于放下猜疑。白焰带来消息，那些被解救的时间难民在星核的帮助下，正在重建家园。“医道的意义，终究是守护生命的可能。”秦逸握紧林婉的手，远处，新生的恒星正在星云中闪烁，如同希望的灯塔。