自由残缺派与火种重启派从神秘空间返回后，各自阵营因《医道起源》记载陷入巨大震动。火种重启派高层将古籍视为对“完美基因”理论的亵渎，连夜召开紧急会议，白发苍苍的首席科学家怒拍桌面：“所谓平衡不过是弱者的借口！我们必须在星孩成型前彻底摧毁病毒载体！” 他们迅速启动“清墟计划”，将散布在各星系的二十三个秘密实验室改造成能量增幅站，准备用归墟引擎的残余力量构建一道能够抹杀病变病毒的能量屏障。
自由残缺派领袖在病榻上强撑身体，召集智囊团解读古籍。当读到“善恶同源，缺一不可”时，年轻学者突然抬头：“这意味着星孩的善恶双体或许本就不该被分割！” 这个大胆推测让整个房间陷入死寂。领袖剧烈咳嗽着抓住对方手腕：“立刻...把这个消息传给所有潜伏在火种重启派的眼线。” 他的身体正在加速衰竭，病毒在摧毁引擎核心时也在他的基因链上刻下致命伤痕，每一次呼吸都伴随着撕心裂肺的疼痛。
宇宙中，那些游离的神秘组织终于按捺不住。名为“熵蚀会”的极端团体突袭了银河边缘的医疗物资中转站，他们的飞船涂装着扭曲的蛇形图腾，用高能粒子炮将仓库炸成碎片。监控画面显示，他们疯狂收集着带有病变病毒抗体的血清，领头人面罩下的声音充满癫狂：“完美与残缺都是谎言！唯有混乱才能重塑医道！” 这场袭击导致七个星球的重症患者断药，无数生命在痛苦中消逝。
在偏远星球“青黎星”上，年轻医修白焰救治了一名重伤的星际流浪者。当他为对方处理伤口时，意外发现其体内残留着归墟引擎的能量波动。流浪者临终前将一枚刻满符文的金属牌塞给他：“去...找‘观星阁’...” 白焰还没来得及追问，对方已停止呼吸。金属牌在他掌心发烫，浮现出一串指向猎户座悬臂的坐标。
此时，宇宙深处的星孩胚胎正在经历惊人蜕变。善恶双体在能量漩涡中彼此撕扯，黑星孩的触手状能量体缠绕着白星孩的光茧，试图将其吞噬。两股力量碰撞产生的量子风暴席卷周边星域，导致五艘正在跃迁的星际货船偏离航道，坠入未知的黑洞。更诡异的是，风暴所过之处，部分陨石开始产生生命迹象——它们的表面生长出类似神经脉络的纹路，发出类似婴儿啼哭的高频声波。
在太阳系火星的一处地下遗迹，考古学家发现了与《医道起源》相似的壁画。壁画中，初代神农脚踏阴阳鱼，左手持莲右手握剑，下方刻着“以病为镜，照见本心”的古老文字。消息不胫而走，火种重启派和自由残缺派几乎同时派出杀手，试图毁灭这些可能动摇根基的证据。遗迹守护者——一位隐居千年的老医仙挥动拂尘，将双方人马困在由草药幻化的迷雾中：“医道岂容尔等亵渎？” 但他很快发现，这些杀手体内都植入了能够吞噬草药能量的纳米机器人。
自由残缺派的间谍传回重要情报：火种重启派计划在月球背面启动“湮灭矩阵”，利用月球的引力场将病变病毒压缩成奇点。领袖强撑着启动全息投影，向分散在各星系的成员下达指令：“不惜一切代价，阻止他们！但记住...不要伤害星孩。” 他的全息影像突然剧烈闪烁，病毒正在侵蚀他的意识，画面中闪过无数扭曲的面孔，最后定格成一句模糊的低语：“残缺...才是真实...”
白焰循着坐标找到“观星阁”时，这里已是一片废墟。满地破碎的星图间，奄奄一息的阁主用最后力气指向天空：“星孩...会带来新的...平衡...” 话音未落，一支刻着火种重启派徽记的箭矢贯穿其胸膛。白焰愤怒地握紧金属牌，却发现牌面纹路与星图上的某个星座完全重合——那正是星孩胚胎所在的方位。
此刻，月球背面的“湮灭矩阵”已完成80%充能。巨大的环形装置上，归墟引擎的残片散发出妖异的紫光，将月球表面的尘埃都染成晶体状。火种重启派指挥官看着能量读数狞笑着按下启动键：“再见了，该死的病毒！” 但就在矩阵全力运转的瞬间，星孩胚胎突然释放出一道跨越光年的精神波动，所有参与计划的科学家脑海中同时响起两种声音：一个温柔如春风，一个冰冷如蛇信，它们反复吟诵着同一行古老咒语：“成住坏空，医道无穷。” 矩阵的能量输出开始不受控制，紫色光束在月球表面肆意扫射，将环形山熔成沸腾的岩浆海。
而在更遥远的虚空，神秘老者望着剧烈震荡的宇宙星图，从袖中取出两枚棋子——一黑一白，轻轻落在棋盘上。棋子接触盘面的刹那，整个棋盘泛起波纹，化作微型宇宙，善恶双生的星孩在其中缓缓睁开双眼。