星链监测网建成后的数十年间，多元宇宙在警惕中维持着脆弱的平衡。然而，暗紫色丝线在暗物质层的渗透从未停止。在以「概率演算」为根基的「算星宇宙」，精密的概率预测仪开始输出自相矛盾的结果。本该万无一失的星际航行路线突然出现致命的时空漩涡，精心计算的能源开采计划引发星球爆炸，暗紫色的概率云团如同癌细胞般在星空中扩散，将确定的未来扭曲成混沌的迷雾。
「灵魂契约宇宙」同样陷入危机。维系生命与灵魂的契约石碑被暗紫色藤蔓缠绕，契约精灵们的瞳孔染上诡异紫光，它们背弃与人类的约定，将祝福转化为诅咒。新生儿的灵魂刚诞生便被腐蚀，化作徘徊在阴阳两界的怨魂；而逝去的灵魂无法安息，从轮回中挣脱，在现实世界掀起腥风血雨。整个宇宙的灵魂共鸣频率被篡改，奏出令人毛骨悚然的死亡乐章。
文明联盟的量子预警系统突然全线瘫痪，最后捕捉到的画面令人窒息：暗紫色丝线在暗物质层编织成一张覆盖整个多元宇宙的巨型网络，节点处的混沌碎片正在融合，形成一个散发着毁灭气息的「暗网核心」。不完美之种遗留的量子记忆库自动解锁，浮现出警示：「暗网觉醒...混沌将以秩序之名重生...」
雷恩带领新一代觉醒者启动「断网行动」，但暗网的渗透远超想象。概率学家艾柯率领团队前往算星宇宙，驾驶装备「概率锚定炮」的「星轨号」战舰。他们发现，暗紫色概率云团能将攻击转化为随机事件，有时炮弹会原路返回，有时武器系统会突然失灵。艾柯在绝境中逆向推演混沌算法，利用云团的随机性制造出「概率悖论场」，暂时压制住云团的扩散。
灵魂导师莉娅深入灵魂契约宇宙，试图净化被污染的契约石碑。她与队员们组成「灵魂共鸣阵」，以自身纯净的灵魂之力为引，驱散缠绕石碑的暗紫色藤蔓。然而，当石碑即将恢复光明时，怨魂们突然汇聚成巨大的「噬魂巨灵」，它每一次咆哮都能震碎灵魂防线。莉娅冒险发动禁忌的「灵魂回溯术」，将巨灵的意识拉回未被腐蚀的状态，才化解危机。
雷恩亲自率队直捣暗网核心，在宇宙夹缝中的「混沌渊薮」，他们见到了正在成型的暗网中枢。混沌原始意志的残识与暗网深度融合，化作一个由暗紫色数据流构成的人形：「雷恩，你们守护的秩序本就千疮百孔，而暗网将赋予宇宙全新的‘秩序’！」她挥手间，暗网爆发出强大的精神脉冲，让队员们陷入各自最恐惧的幻境。
算星宇宙中，艾柯的团队发现概率云团的根源是深埋在恒星核心的混沌碎片。他们设计出「超新星引爆计划」，利用恒星的能量将碎片彻底摧毁，但需要精准计算爆炸当量，否则整个星系将化为灰烬。在惊心动魄的操作中，团队成员们争分夺秒地调整参数，终于在碎片暴走前完成引爆。
灵魂契约宇宙内，莉娅的小队成功净化契约石碑，唤醒了被腐蚀的契约精灵。他们联合精灵之力，发动「灵魂净化风暴」，将游荡的怨魂送回轮回。但在清理战场时，莉娅发现仍有少量暗紫色孢子残留在宇宙角落，如同等待发芽的邪恶种子。
雷恩在混沌渊薮与暗网意识展开最终对决，他挥舞着融合全宇宙信念的秩序之剑，却发现攻击被暗网吸收并转化为防御。千钧一发之际，他领悟到暗网以秩序之名行混沌之事的本质，于是引导全宇宙文明重新定义秩序——秩序不是一成不变的枷锁，而是包容与平衡的动态系统。当新的秩序之力注入剑身，雷恩斩出「混元秩序破」，金色剑光撕裂暗网核心。
暗网崩塌的瞬间，混沌原始意志发出不甘的怒吼：「只要文明存在矛盾，混沌便会永恒轮回！」她的残识消散后，暗网核心分裂成无数更微小的碎片，渗入宇宙的每一个角落。雷恩望着布满裂痕的星空，深知这场战争永远不会真正结束。他下令重建文明联盟，制定更完善的预警机制，并将「平衡与包容」的理念传递给每一个宇宙——或许唯有如此，才能在混沌与秩序的永恒博弈中，为文明争取一线生机。