终焉之主崩解后的余波尚未消散，宇宙各处的暗物质云团中突然泛起诡异的暗紫色光晕。在以「声波构建现实」的「和声宇宙」，维系文明存续的「天籁共鸣塔」毫无征兆地迸裂，纯净的声波频率被扭曲成尖锐的混沌音波。城市在音波的撕扯下化为齑粉，居民的耳膜被震碎，鲜血混着暗紫色雾气弥漫天际。更可怖的是，那些暴露在混沌音波中的幸存者，身体开始逐渐透明，最终化作传播混沌的「音骸幽灵」。
与此同时，「机械中枢宇宙」的核心智脑「寰宇枢机」突然发出刺耳的警报。暗紫色的数据流如同活物般在电路中穿梭，篡改着所有机械生命体的底层协议。曾经守护宇宙的星际战舰调转炮口，将激光束射向自己的母星；自动化工厂批量生产出布满混沌纹路的「熵化机甲」，这些机甲所到之处，金属迅速锈蚀，能量装置爆炸成吞噬一切的黑洞。
文明联盟仅存的量子监测站在超负荷运转中发出红光，屏幕上不断跳出乱码：「混沌残核...共鸣启动...原初复苏倒计时」。不完美之种最后的记忆晶体在焚毁前，投射出令人心悸的画面——宇宙中散落的暗紫色光点正以量子纠缠的方式连接，逐渐勾勒出一个巨大的混沌图腾，图腾中心，隐约可见终焉之主未完全消散的残影。
雷恩召集残存的觉醒者，启动「灰烬防线」计划。但经历数次大战后，可用资源已濒临枯竭。声能学家艾莉丝带领小队奔赴和声宇宙，他们携带的「音序重构器」仅有一次充能机会，却要面对无数音骸幽灵的围堵。在穿越被腐蚀的共鸣塔时，队员们发现这些幽灵的弱点在于对特定频率的声波过敏，他们冒险利用废墟中的古老乐器，拼凑出一段失传的「净魂乐章」，勉强开辟出一条通路。
机械工程师洛克斯的团队深入机械中枢宇宙，试图夺回寰宇枢机的控制权。他们驾驶的「秩序修复者号」战舰刚进入核心星域，就遭到熵化机甲群的自杀式袭击。洛克斯发现，这些机甲的控制系统中植入了混沌核心，只有切断其与混沌图腾的连接，才能停止攻击。他冒险将自己的意识接入寰宇枢机，在数据洪流中与混沌病毒展开惊心动魄的博弈。
雷恩则带领精锐部队，循着暗紫色能量的波动，追踪混沌图腾的核心。在一片被称为「虚空坟场」的死寂星域，他们发现了一座由暗紫色晶体构筑的祭坛，终焉之主的残影正悬浮在祭坛中央，吸收着宇宙各处传来的混沌能量。混沌原始意志的残识凝聚成锁链，缠绕在残影周身，发出刺耳的尖笑：「雷恩，你们以为打碎一个躯壳就能胜利？混沌是永恒的轮回！」
和声宇宙中，艾莉丝的团队成功抵达共鸣塔顶端，却发现混沌音波的源头是一枚正在孵化的「暗音卵」。当他们试图摧毁卵体时，暗音卵突然爆裂，释放出足以震碎空间的「终焉咏叹调」。千钧一发之际，艾莉丝将音序重构器与自身声能共鸣，以燃烧生命为代价，发出「创世清音」，与混沌音波同归于尽。
机械中枢宇宙内，洛克斯在寰宇枢机的核心深处，找到了连接混沌图腾的「熵化接口」。他编写了一段自毁程序注入接口，却引发了整个机械网络的剧烈震荡。为防止系统崩溃，洛克斯选择将自己的意识永久留在中枢，用最后的意志维持秩序代码的运行。
雷恩在虚空坟场与终焉之主的残影展开决战。他挥动秩序曙光剑，每一次斩击都被混沌锁链化解。关键时刻，他回想起初代神农留下的古老预言：「平衡非静止，乃秩序与混沌共舞」。雷恩尝试引导自身的秩序之力与混沌残影共鸣，在两种力量的碰撞中，他找到了微妙的平衡点。
当雷恩将全宇宙残存的信念之力注入剑身，斩出「混元共舞斩」时，金色与暗紫色的光芒交织成绚丽的光网。终焉之主的残影发出不甘的嘶吼，彻底消散在虚空中。但在祭坛的裂缝中，雷恩发现了一颗跳动的暗紫色心脏——混沌的核心仍在，它的每一次搏动，都预示着下一场灾难的降临。战后的宇宙一片狼藉，雷恩握紧破碎的剑柄，深知这场守护文明的征程，永远没有终点。