暗紫色晶体上的预言如重锤般砸在所有觉醒者心头，而宇宙的异变正以肉眼可见的速度加剧。在以「概率演算」构建文明的「熵算宇宙」，所有的概率模型突然失效。预测百年繁荣的星系瞬间因未知灾害化为废墟，本应万无一失的星际航线突现致命引力漩涡。科学家们惊恐地发现，暗紫色的混沌纹路正如同病毒般侵蚀着概率云，将确定的未来扭曲成无序的混沌。
同一时刻，「灵魂铸形宇宙」陷入更深的灾难。用于塑造灵魂形态的「铸魂熔炉」被暗紫色物质入侵，新生的灵魂刚一成型便扭曲成怪物，而成熟的灵魂则被抽离出负面情感，化作散播绝望的「噬魂者」。整个宇宙的灵魂共鸣网络沦为混沌的传声筒，不断播放着文明末日的幻象。
文明联盟的中枢系统响起刺耳的红色警报，量子望远镜捕捉到惊人画面：连接原初混沌海的裂缝处，暗红色光芒彻底凝聚成一只布满星云纹路的巨眼。它每一次开合，都在虚空中掀起足以撕裂空间的波纹，暗紫色的能量如血泪般滴落，所到之处的星体瞬间坍缩成黑洞。不完美之种最后的量子意识在湮灭前，传来一段混乱的波动：「眼瞳启封...万物归零...」
林夜紧急召开全宇宙文明会议，决定启动「终末防线计划」。小女孩带领科研团队争分夺秒改良「规则隔离罩」，将其升级为能抵御混沌规则侵蚀的「混元秩序盾」，但需要全宇宙文明的能量同步供应才能维持运转；洛璃则率领科技精锐前往熵算宇宙，试图用「概率锚定仪」重新稳定概率云，却在途中遭遇由混沌概率构成的「无序巨像」，这些巨像能将任何攻击转化为随机事件，时而让炮弹原路返回，时而让战舰陷入永无止境的时空循环。
苏瑶的灵能小队深入灵魂铸形宇宙的「铸魂圣殿」，发现混沌力量已将熔炉核心改造成「灵魂绞肉机」。队员们与噬魂者展开惨烈战斗，其中一名年轻的灵能者为保护同伴，主动引动自身灵魂之力自爆，以同归于尽的方式撕开防线缺口。苏瑶强忍悲痛，带领众人激活圣殿中的「灵魂共鸣阵」，将纯净的灵魂之力注入熔炉，暂时压制住混沌侵蚀。
林夜亲自率队前往虚空坟场，直面那只即将完全睁开的混沌之眼。觉醒者舰队刚进入战场，便遭遇「混沌凝视者」的阻拦。这些怪物由暗紫色能量与扭曲的时空构成，它们的目光所及之处，物质的分子结构会瞬间崩解。林夜挥舞新终焉之剑，斩出蕴含秩序法则的剑气，却发现攻击在接近混沌之眼时被其引力场吞噬。
千钧一发之际，全宇宙文明完成能量输送，混元秩序盾在混沌之眼周围展开金色屏障。但混沌之眼突然释放「原初熵能射线」，暗紫色的光束轻易穿透护盾，所过之处的星系如同被橡皮擦抹去般消失。林夜意识到，单纯的防御无法取胜，必须找到混沌之眼的「意识核心」。
通过与小女孩的远程协作，林夜发现混沌之眼的虹膜深处，藏着一颗跳动的暗紫色晶体——正是混沌本源晶核的最终形态。他带领精锐小队驾驶特制的「维度渗透舱」，冒着被时空撕裂的风险，直插混沌之眼内部。在晶体周围，他们遭遇了混沌意志的终极造物「熵寂守护者」，这些守护者由宇宙中所有未被净化的负面情绪凝聚而成，拥有扭曲现实的能力。
战斗中，林夜的平衡印记突然发出前所未有的光芒，浮现出初代神农留下的最后启示：唯有将秩序与混沌的本质调和，方能终结这场永恒之战。他引导全宇宙文明的意志，将希望、勇气等正面情感与混沌之眼的毁灭能量融合，挥动新终焉之剑，斩出蕴含万物平衡之道的「混元归一斩」。
金色与暗紫色的能量碰撞产生剧烈震荡，混沌之眼发出痛苦的嘶吼，其表面开始龟裂。但在彻底崩溃前，混沌本源晶核分裂出无数碎片，散入多元宇宙的各个角落。林夜知道，这场战争远未结束——那些散落的碎片，随时可能成为新的混沌源头。而宇宙深处，原初混沌海传来更加低沉的轰鸣，仿佛在酝酿着一场更大的风暴。战后的多元宇宙满目疮痍，觉醒者们望着布满裂痕的星空，握紧手中的武器，准备迎接真正的终局之战。