混沌危机看似平息，宇宙各处却暗潮涌动。在以「信仰之力」构筑神国的「圣歌宇宙」，供奉秩序之神的神殿突然渗出暗紫色黏液，神像的瞳孔转为诡异的紫色。虔诚的信徒们在祈祷时，脑海中不断闪过毁灭的幻象，部分人甚至开始自发雕刻暗紫色图腾，将混沌奉为「真正的主宰」。不完美之种遗留的监测装置在被同化前，传回一段扭曲的祷文：「秩序是枷锁，混沌方为解脱……」
与此同时，机械文明的「星网中枢」再次出现异常波动。维护人员发现，被清除的逻辑病毒竟以量子叠加态的形式卷土重来，它们潜伏在星网的底层协议中，篡改着文明的科技蓝图。新型飞船的反物质引擎在测试时突然失控爆炸，殖民星球的生态穹顶毫无征兆地崩解，这一切都指向某个隐藏在暗处的「混沌编程者」。
秦逸的平衡印记泛起扭曲的锁链纹路，他被召唤至「秩序仲裁庭」——由各宇宙强者组成的最高决策机构。庭上，不同阵营的代表激烈争执：修真者主张彻底毁灭所有混沌能量，科技文明则坚持将其转化利用，而灵韵宇宙的使者担忧情绪失控，提议封锁与外界的联系。正当争论陷入僵局时，仲裁庭的防护罩突然被暗紫色能量击穿，一位身披黑袍、面容模糊的「混沌代言人」现身，他的声音带着令人战栗的蛊惑力：「你们以为驯服了混沌？不过是在养虎为患罢了。」
为了追查混沌力量的新动向，觉醒者们分成四支特遣队。小女孩带领科技小队深入星网的「量子海沟」，这里漂浮着无数废弃的数据残片，暗紫色的逻辑病毒如游鱼般穿梭其中。他们驾驶的「代码净化者」战舰不断遭受病毒群的攻击，船身的防火墙一次次濒临崩溃。关键时刻，小队启用从熵能研究所改良的「秩序算法」，将病毒程序困在无限循环的逻辑陷阱中。
修真者们前往圣歌宇宙，试图净化被腐化的信仰之力。在秩序神殿的地下密室，他们发现了一座由暗紫色晶体构筑的「混沌祭坛」，祭坛中央悬浮着一颗跳动的「信仰核心」，正将信徒们的虔诚转化为毁灭能量。修真长老们结成「万法归一阵」，以自身道基为引，施展净化秘术。但随着仪式推进，祭坛突然释放出「虚妄心魔」，这些心魔化作修士们内心深处最恐惧的事物，有人看到师门覆灭，有人直面道心破碎的场景，阵法险些崩溃。
在灵韵宇宙，情感调控师们组成「心绪防线」，对抗失控的情绪浪潮。他们发现，混沌力量正通过「情绪共鸣网络」传播一种「绝望病毒」，能将最乐观的人瞬间拖入抑郁深渊。调控师们冒险深入情绪风暴的中心，用音乐、诗歌和艺术唤醒人们内心的希望，以积极的情绪对冲混沌污染。
秦逸则追随混沌代言人留下的能量痕迹，来到宇宙边缘的「遗忘星域」。这里布满破碎的星球残骸，暗紫色的雾霭中，矗立着一座由扭曲时空构成的「熵寂堡垒」。堡垒内部，混沌代言人揭开真实身份——他竟是初代神农创造不完美之种时，意外产生的「混沌意识体」。「从诞生起，我就背负着毁灭的使命。」他狞笑着激活堡垒核心，无数暗紫色的「终焉孢子」喷涌而出，这些孢子一旦接触文明，便会引发信仰崩塌、科技失控、情感暴走的连锁反应。
千钧一发之际，秦逸融合全宇宙文明赋予的信任之力，挥动终焉之剑斩出「逆命圣裁」。金色的光芒与暗紫色孢子激烈碰撞，爆发出足以撕裂空间的能量。战斗中，秦逸突然领悟到：真正的平衡不是消灭混沌，而是让其与秩序各司其职。他引导各方特遣队汇聚力量，在孢子扩散前构建起「混元平衡结界」，将混沌能量重新纳入可控范围。
战后，虽然危机暂时解除，但混沌代言人在消失前留下预言：「当文明的裂痕足够深，我将带着真正的毁灭归来。」与此同时，在各个宇宙的角落，零星的暗紫色晶体仍在悄然生长，而部分觉醒者开始对秩序产生动摇，混沌与秩序的较量，正在更深的层面展开。