如果这事能成功，天下就能平定了。现在不赶紧去，恐怕会被曹操抢先一步。” 孙权立刻派鲁肃出发。鲁肃到了夏口，就听说曹操已经向荆州进军，于是日夜赶路。等他到南郡时，刘表的儿子刘琮已经投降曹操，刘备正慌慌张张地逃走，想向南渡过长江。鲁肃直接去迎接刘备，在当阳长阪坡和刘备会面，向他传达了孙权的意思，又讲述了江东的强大稳固，劝刘备和孙权联手。刘备非常高兴。当时诸葛亮正跟随刘备，鲁肃对诸葛亮说 “我是你哥哥诸葛子瑜的朋友”，两人当即结下交情。刘备于是到了夏口，派诸葛亮出使孙权，鲁肃也返回复命。（臣松之按：刘备和孙权联手对抗中原曹操，都是鲁肃的主意。他又对诸葛亮说 “我是子瑜的朋友”，可见诸葛亮早就听过鲁肃的主张。但《蜀书?诸葛亮传》却说：“诸葛亮用连横的策略劝说孙权，孙权才大喜。” 好像这个计策是诸葛亮先提出的。如果两国史官都只记录自己听到的，争相称颂本国的好处，各取功劳，倒也难怪。但这两种说法出自同一部史书，却如此矛盾，实在不是记载历史的正确方式。）
不久后，孙权收到曹操要向东进军的消息，和将领们商议对策，大家都劝孙权投降曹操，只有鲁肃一言不发。孙权起身去厕所，鲁肃追到屋檐下，孙权知道他有话要说，握住他的手问：“你想说什么？” 鲁肃回答：“刚才听了大家的议论，都是要耽误将军，不能和他们谋划大事。现在像我这样的人可以投降曹操，但将军您不能。为什么这么说？我投降曹操，曹操会把我送回乡里，评定我的名位，至少还能当个下曹从事，坐着牛车，带着吏卒，和士大夫交往，慢慢升迁还能当上州郡长官。可将军您投降曹操，能有什么归宿呢？希望您早点定下大计，别听大家的话。” 孙权叹息道：“这些人的意见，太让我失望了；现在你指明大计，正和我想的一样，这是上天把你赐给我啊！”（《魏书》和《九州春秋》说：曹操征讨荆州时，孙权非常害怕，鲁肃其实想劝孙权抵抗曹操，却故意激他说：“曹操实在是强大的敌人，刚吞并袁绍，兵马精锐，趁着战胜的威势讨伐混乱的荆州，一定能攻克。不如派兵帮助曹操，再把将军的家人送到邺城；不然就危险了。” 孙权大怒，想杀鲁肃，鲁肃于是说：“现在事情紧急，就算有别的打算，也该派兵帮助刘备，怎么能杀我呢？” 孙权醒悟，就派周瑜去援助刘备。孙盛说：《吴书》和《江表传》里，鲁肃一见孙权就劝说抵抗曹操并论述帝王大业，刘表死后又请求出使观察局势，不可能反而激劝孙权投降曹操。而且当时劝投降的人很多，却说孙权唯独想杀鲁肃，这说法不合情理。）
当时周瑜奉命到鄱阳，鲁肃劝孙权赶紧把周瑜召回来。孙权于是任命周瑜主持战事，任命鲁肃为赞军校尉，协助谋划策略。曹操战败逃走后，鲁肃先返回吴郡，孙权召集众将迎接他。鲁肃正要进殿拜见，孙权起身向他行礼，还说：“子敬，我扶着马鞍下马迎接你，够不够彰显你的功劳？” 鲁肃快步上前说：“还不够。” 众人听了都很惊讶。等坐下后，鲁肃慢慢举起马鞭说：“希望您的威德传遍天下，统一九州，成就帝王大业，到时候用安车软轮来征召我，那才算是彰显我的功劳呢。” 孙权拍手大笑。
后来刘备到京口拜见孙权，请求掌管荆州，只有鲁肃劝孙权把荆州借给刘备，共同抵抗曹操。（《汉晋春秋》说：吕范劝孙权扣留刘备，鲁肃说：“不行。将军您虽然英明神武，但曹操的威力实在强大，刚到荆州，还没建立恩信，应该把荆州借给刘备，让他安抚当地百姓。多树立曹操的敌人，为自己建立盟友，这才是上策。” 孙权立刻听从了他。）曹操听说孙权把土地给了刘备，正在写字的笔都掉在了地上。
周瑜病重时，给孙权上奏章说：“当今天下战乱不断，这是我日夜忧心的事，希望陛下能提前做好准备，才能长治久安。现在我们已经和曹操为敌，刘备驻军公安离我们很近，边境紧紧相邻，当地百姓还没真心归附，应当派良将去镇守安抚。鲁肃有足够的智谋策略担当此任，恳请陛下让他接替我。等我去世那天，也就没有牵挂了。”（《江表传》记载：起初周瑜病重时，给孙权写信说：“我资质平庸，从前蒙受讨逆将军孙策的特殊恩遇，把我当作心腹重臣，授予我荣耀的职位，让我统领兵马，我立志手持马鞭弓箭，在军中效力。本计划平定巴蜀，再攻取襄阳，依靠朝廷威灵，觉得胜利如同在握。没想到因为不小心，途中突发重病，近来医治后，病情反而日渐加重。人生总有一死，寿命长短自有天命，我实在没什么可惜的，只恨壮志未酬，不能再听从陛下的命令了。现在曹操在北方虎视眈眈，边境不安宁，刘备寄住在荆州，就像养虎为患，天下大事的结局还不可知，这正是朝中大臣废寝忘食、陛下深切忧虑的时候。鲁肃忠诚刚烈，遇事不马虎，能接替我的职位。人在临死前，说的都是真心话，我的建议如果能被采纳，我死也不朽了。” 这封信和本传记载的奏章意思相同，但文字表述不同。）孙权立即任命鲁肃为奋武校尉，接替周瑜统领军队。周瑜原来的四千多名士兵和四个县的奉邑，全都划归鲁肃管辖。又命令程普兼任南郡太守。鲁肃起初驻守江陵，后来南下屯驻陆口，在当地广施威严恩德，军队扩充到一万多人，被任命为汉昌太守、偏将军。建安十九年，鲁肃跟随孙权攻破皖城，转任横江将军。
此前，益州牧刘璋治理混乱、纲纪松弛，周瑜和甘宁都劝孙权攻取蜀地，孙权就此事咨询刘备，刘备心里想自己占据蜀地，于是假意回复说：“我和刘璋同是皇室宗亲，希望依靠祖先英灵辅佐汉朝。现在刘璋得罪了您，我独自感到惶恐不安，不敢听从攻取蜀地的建议，希望您能宽恕他。如果不能得到您的谅解，我只好披散头发归隐山林了。” 后来刘备却向西攻打刘璋，留下关羽镇守荆州，孙权愤怒地说：“这狡猾的家伙竟敢欺骗我！” 等到关羽和鲁肃管辖的边境相邻，多次产生猜疑，边境纠纷不断，鲁肃总是以友好态度安抚关羽。刘备平定益州后，孙权要求归还长沙、零陵、桂阳三郡，刘备不答应，孙权派吕蒙率军前去攻取。刘备闻讯从蜀地返回公安，派关羽争夺三郡。鲁肃驻守益阳，与关羽对峙。鲁肃邀请关羽见面会谈，双方将士都停在百步之外，只让将领们单刀赴会。鲁肃趁机责备关羽说：“我们当初把土地借给你们，是因为你们军队战败远道而来，没有立足之地。现在你们已经得到益州，却没有归还荆州的意思，我们只要求三郡，你们还是不肯答应。” 话还没说完，座位上有个人插话说：“土地归属要看谁有德行，哪有固定不变的！” 鲁肃厉声呵斥那人，言辞神色十分严厉。关羽握着刀站起来说：“这是国家大事，他懂什么！” 用眼色示意那人退下。（《吴书》记载：鲁肃想和关羽会面交谈，将领们担心会有变故，商议说不能去。鲁肃说：“现在的局势应该当面说清道理。刘备辜负国家，是非还没判定，关羽怎敢再冒险违抗命令！” 于是前去会见关羽。关羽说：“乌林之战时，左将军刘备亲身参战，连睡觉都不脱铠甲，奋力打败曹军，难道能白白辛苦，连一块土地都得不到，而您还要来收回土地吗？” 鲁肃说：“不对。当初在长阪坡见到豫州牧刘备时，他的军队还抵不上一个营，处境艰难、士气低落，正想远逃，根本想不到会有今天。我们主上可怜刘备没有安身之处，不吝惜土地和人力，让你们有个立足之地渡过难关，可刘备却私下掩饰真情，违背道德、破坏友好关系。现在已经得到益州，又想吞并荆州土地，这连普通人都不忍心做，何况是统领天下英雄的领袖呢！我听说贪婪而背弃道义，必定会招来灾祸。您肩负重任，却不能明辨事理、以道义辅佐时局，反而依仗弱小兵力争夺土地，军队理亏就会士气低落，怎能取得成功？” 关羽无言以对。）后来刘备只好以湘水为界分割荆州，双方才停止军事冲突。