一来国之大事，在祀与戎，用兵的决断，是需要专业和经验的，二来就是兵柄对于人君来说，是极为重大的事情，一旦太阿倒持，对于皇帝来说是极为要命的事情，这种人伦惨剧对于皇室来说是极为不利的，虽然朱载坖父子之间不存在这个问题，但是对于后世之君来说，未必父子关系会这些融洽，所以朱载坖现在也只是回复了太子、太孙的幼军，但是对于兵权，朱载坖一直还是看的比较死的。
再加上太子对于用兵，本身也不是很积极的态度，所以在这个问题上父子两人还是有一定的默契的，不过这次朱载坖还是要锻炼太子的军事的，西域的战事自然是不要太子操心，朱载坖主要担心的就是改土归流，之前朱载坖对于广西、贵州等地的土司进行了大规模的打击，也实现了部分的改土归流，但是在湖南、四川、云南等地，还是广泛的存在土司制度，朱载坖认为，是时候开展新一轮的改土归流了。
朱载坖认为，对于滇、黔、桂、川、湘、鄂六省实行的废除土司制度，设立流官治理，对于朱载坖的这个想法，朱翊釴其实还是有一定的准备的，朱载坖早就对于土司制度有所不满了，这次只不过是要大举实施罢了，不过朱翊釴对于朱载坖一下子在六省实施改土归流，动作还是有些大了。
但是朱载坖不是这么看的，朱载坖认为这些土司世代为官，独霸一方，更有一些土司专横不法，对境内人民实行政治压迫和经济掠夺，土司之间为争权夺利挑起械斗或战争，导致生灵涂炭，对朝廷也叛服无常。现在朝廷力量也相对强大，所以趁此机会，大规模的推动改土归流，永绝后患，正当其时。
而且这也是对于朱翊釴能力的一次大考，因为实施改土归流，不仅仅是军事手段，是各各种治理措施综合实施的，对于朱翊釴的行政和军事能力就是一次大考，只要朱翊釴能够将此事解决了，这也就说明朱翊釴已经是一个合格的储君了，已经具备了相关的能力，能够领导大明继续走下去的。
当然这样重大的事情，朱载坖不可能完全放任朱翊釴是做的，事实上这么多年以来，朱载坖一直在为改土归流创造条件，除了对于叛乱土司痛加征缴，树立朝廷在这些土司地区的威信，同时对于这些土司地区，采取温和手段加以教化，在采取驻军、屯兵、修边、筑卡等强硬军事措施的同时，大力推动土司地区的“儒化”，其中主要包括通过设置官学、书院、义学等构建儒家教育体系、给与少数民族士子资助及科举名额优惠、重视对先儒先贤的祭祀、颁令禁止土司地区诸多宗教祭祀活动及风俗习惯、推行三纲五常及忠孝节义观念等等途径。
通过这些举动，在潜意识当中进行潜移默化的推动，同时对于改土归流的总方针，朱载坖也做了规定，就是：改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。对于这些土司和上层人物，也要有针对性的进行安置，或被革除土职后遣送外地安置，或被降为佐贰后留居当地。
要在改土归流地区清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池，设学校；同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地，对于这些地方予以倾斜。
在废除土司世袭制度时，对土司本人，根据他们的态度给以不同的处理。对自动交印者，酌加赏赐，或予世职，或给现任武职。对抗拒者加以惩处，没收财产，并将其迁徙到上述六省以外的省份，另给田房安排生活。在设立府县的同时，添设军事机构，加强朝廷在这些地方的威慑力。
总之就是剿抚并用，正奇兼举，至于临机决断，那就是太子的事情了，什么时候应该用兵进剿，什么该予以招抚，这些事情就是太子的活了，朱载坖对于此事不予干预，不管是内阁还是军机处，一应大权，全部交给太子处理，朱载坖只是明发诏书，要求这六省督抚对于改土归流可以上疏直言，同时也在诏书中明确说明由太子负责此事，皇太孙与闻。
对于皇太孙，由于他现在年纪还是尚小，所以朱载坖用的是与闻政务，也就是在文华殿旁观太子处理政务，召见重臣等事情，学习太子处理政务的方式方法，同时皇太孙也经常居住在西苑，除了讲官们之外，朱载坖也会亲自向皇太孙传授相关的经验。
而朱载坖本人则是关注和北虏、西域的相关事务，以及大明的财政、军费、基础设施建设等事项，而且现在朱载坖已经有了一些空余时间，对于军器监和格物院、文思院的相关研究工作，朱载坖也关注的更多了，钢铁是一切工业的基础，而煤炭则是工业的粮食，对于煤炭的利用是很重要的事情，朱载坖认为炼焦所产生的各种副产品，要仔细研究他们的用途。
除此之外，就是军器的发展了，这点对于朱载坖来说是最为重要的，现在官军所装备的燧发火铳，确实对西夷所用火绳枪有一定的技术优势，但是这种技术优势是非常之小的，自从燧发机出现之后，虽然解决了点火的便捷性，但是其原理依然还是火绳枪时代的点燃外露的引燃药方案，依然会涉及到潮湿天气或者是下雨等恶略天气下无法使用的问题。
要想彻底在科技尤其是军事科技上占据优势的话，还是要依赖于化学和机械加工的发展，对于朱载坖来说，现在大明也掌握了后膛火器的设计原理，要是能够有定装弹药的话，大明就能够在军事科技上占据极大的优势，所以朱载坖对于此事还是十分之清楚的。