吴方琪对改土归流有自己的想法，既不能靠以前的做法，千篇一律地实行改土归流，他有所选择，分而治之，他的宗旨是自己能在云贵有所建树，初次出道，想有一个好的开端，同时在他到云南的一年多的时间内所看到的少数民族确实是生活在水深火热之中，有些完全处在一种原始生活的状态。
第二天吴方琪单人单骑，到了大理段王爷府中，以大理民族的礼节与段王爷相见，两人坐在王宫的一间接待室，把闲杂人等都请了出去，段王爷说“布政使大人，我能帮你做点什么，云南三大土司都与我交情，需要我帮你协调什么，你尽管说无妨，只要我能帮得上。”
吴方琪对段王爷说，皇帝要自己在三年内做好云南一带的改土归流的国策“改土归流不是三年内能够做得到了，涉及到少数民族的民风，习俗，我到云南一年多的时间里，也到过很多的少数民族部落，土司的产生，最初是出于一种善意的自我保护，人与自然，人与人之间，时间久了，一些生存能力强的土司逐步扩大了，一些小的，弱的自我生存能力抵下的土司要不就无形地消失了，纷纷都依附在生存能力强的土司部落，逐渐就形成了相互兼并的趋势，经过长期的演变就形成了现在最大的三大土司的格局，一些小的，弱势的土司依旧还是生活在那种原始生活状态，我们大明想帮助他们，但又受到大土司的限制，这些大土司又经常不受大明的管制，所以从洪武皇帝开始就实行了改土归流的国策。”
大明云南承宣布政使司吴方琪与大理段王爷在商榷着云南土司形成的原因，段王爷远比刚来云南的吴方琪清楚。对云南承宣布政使司说“土司的形成也不是这么简单，有着很长的历史，你说的不错，最初土司的形成是出于自我保护意识的，但所谓的自我保护意识界线很难分的清楚，强取豪夺也是一种自我保护意识，极大多数的少数民族都生活在深山老林里，自然灾害经常发生，人类赖以生存的资源在深山老林里十分的稀缺，为了能够使自己的部落长治久安地生存，不得不对自然资源进行强取豪夺，他们也是出于一种自我保护意识。云贵一带大土司的形成是一种规律，一种社会发展的规律，人以群分，大家都想抱团，来抵抗外来的侵略，也可以说是一种自我保护意识。在大土司的部落里出现的一些奴隶，在一定的程度上是一种自愿行为，一日为奴，世代为奴，在部落里是永恒的。”
吴方琪说“奴隶是社会不发达，不进步的产物，随着社会的发展，像少数民族中这样的奴隶现象也将会取缔，早在秦始皇时期开始奴隶现象已经慢慢地消失了，而在西南，西北的边陲现在仍然很普遍，这与地方的社会进化，文化的传播有很大的关系，越封闭的地方奴隶现象越严重。要消除这种现象不是我能力所及，责职所及的，然而，大量土司的存在不仅影响到边陲人民的生活，已经影响到大明对云贵川地方的统治。元朝的残余势力仍在，大明多次回剿不清，前两天蒙古人不是就出现在大理的比武场上吗，这些现象与土司的存在有一定的关系，虽然不能确定这些蒙古人是不是在土司的庇护下。”
段王爷说“那你对云贵川一带土司的存在有什么治理的思路，改土归流有什么具体的措施，如果按照以前的那种方法，恐怕会激起土司们的民变，就我们云南大小不等的土司有数十近百个，还不包括不在我的视野里的那些刚刚发展起来的，我们云南的三大土司对这些中小土司那是一呼百应的，这我不得不提醒你一下。”
吴方琪说“我不想在自己手上彻底消除云南所有的土司，不是不想去做，而是不可能做到，尽我的所能想将云南的土司加以一系统的，土司们能够愿意接受的民族改良政策，从现在的实际情况来看如果一味地消除土司不仅不可能，也是不理性的，土司的存在一定程度上也是社会安定的因素之一。云贵大部地区经济发展落后、加上交通不便、民族文化差异巨大的情况下，土司制度的存在也起到一定的积极作用。但是，土司世代独霸一方，一些土司专横不法，对管辖内的族民实行压迫和经济掠夺，各土司之间也为争权夺利挑起械斗或战争，致至一方人民生灵涂炭，虽大明的政令，却也屡教不改。”
吴方琪又说“经我一年多时间的走访调查，社会底层有很大的一批小土司们对一些大土司独霸一方的行为也非常不满。我想从几个方面进行改良，一是对云贵经济，文化，交通落后的现象进行改良，经济发达地区出资源，物资，人员深入云贵野蛮地区进行改造，改良，所发生的一切资源均由朝廷负担，前提条件是要所到的地区给予配合，并保证援助人员的人身安全，我想对这个条件各大土司们不会有反对意见吧。二是由云南三大土司协助云南承宣布政使司，提刑按察使司，都指挥使司共同制订出云贵川的民族政策，由大明皇帝颁发，云南三大土司来实施。三是云南三大土司以及一些对地方有影响的土司由大明皇帝授官职，穿大明官服，领朝廷奉禄。”
段王爷听着，思考着，云南承宣布政使司吴方琪这三个方面的措施以前没有听到过，恐怕是他个人的一种设想，云南提刑按察使司，都指挥使司都没有提起过，当即就向吴方琪问了起来“布政使大人，这是你个人的一些设想吧，在你来云南来的时候，大明皇帝授权你了没有，这三个方面的措施你们云南三司之间商榷过了没有。”
吴方琪说“那到没有，皇帝让我先做调查，拿出方案再以云南承宣布政使司上奏，如果从这三个方面同时进行，在云南实行改土归流能行得通的话，我就上奏皇上，估计差不了。至于云南提刑按察使司，都指挥使司那里等皇上下旨之后再去理论，或者他们会来找我的。”