洪承畴接到朝廷准其“犁庭扫穴”并拨付专项钱粮的旨意后，精神大振。
这位明末能臣，其能力在得到充足授权和资源支持后，开始淋漓尽致地展现。
他不再满足于被动追剿，而是采取了更为主动和系统的策略。
一方面，他利用朝廷拨付的“信用债”资金，联合部分陕商，在西安、延安等地设立“平准仓”，平价收售粮食，既稳定了粮价，安定了部分民心，也切断了流寇轻易获取粮食的渠道之一。
另一方面，他严格整肃麾下官兵，斩杀了两名纵兵抢掠的千总，重申军纪，并利用沈渊推广的“标准化”理念，优先为嫡系部队更换、补充了制式火器，提升了装备水平。
在军事上，洪承畴改变了以往分兵把守、被动应敌的做法。
他准确判断出李自成、张献忠等部虽合流，但内部派系林立、指挥不一的弱点。
他集中优势兵力，采取“猛虎掏心”战术，不再纠缠于小股流寇，而是以精锐骑兵为前锋，步卒跟进，利用内卫提供的情报（沈渊早已将陕西内卫侦知的流寇活动规律及主要头目信息共享给了洪承畴），长途奔袭，直扑李自成、张献忠的老营。
崇祯三年夏，洪承畴部将曹变蛟率铁骑突袭延安府甘泉县，大破张献忠部，迫使其残部南窜入川。
秋，洪承畴亲率主力，于庆阳府一带咬住李自成部，激战数场，虽未能将其全歼，但也重创其主力，李自成仅率少数亲信逃入商洛山中隐匿。
陕西境内的大股流寇之患，暂时得到了遏制。
洪承畴在报捷奏疏中，再次肯定了“以工代赈”和番薯推广在稳定后方、减少流民来源上的作用，并请求将此法在陕西常态化。
他的成功，不仅稳固了西北边陲，更在客观上为沈渊的新政提供了来自军方前线最有力的支持。
洪承畴的捷报，让朝中守旧势力企图利用陕西乱局扳倒沈渊的图谋彻底破产。
他们意识到，直接攻击沈渊个人，在拥有“读心术”且态度日益坚定的皇帝面前，难以奏效。
于是，他们的策略开始转变，从针对个人的攻讦，转向对改革制度本身的质疑和阻挠。
这一次，他们选择了沈渊改革中看似最“温和”，实则影响最深远的领域——皇明格物院。
以翰林院一位资深讲官为首，数名清流官员联名上疏，不再空谈“奇技淫巧”，而是引经据典，从儒家正统出发，对格物院的“合法性”提出质疑：
“陛下，治道在明人伦，格物致知，原为修身正心之阶，非为钻研机巧之途。今格物院所为，舍本逐末，专务器数，长此以往，恐士子趋利忘义，工匠恃技傲物，礼崩乐坏，圣学不彰！请陛下明诏，限定格物院仅为翻译西书、考据古籍之所，不得妄言创新，更不得以官爵俸禄引诱士人沉溺此道，以维世道人心！”
这一攻击，更为阴险。
它不再纠缠于具体事务的对错，而是上升到“道统”之争，试图从根本上否定科技探索的价值，将格物院限制在故纸堆里。
与此同时，在具体事务上，阻力也以更隐蔽的方式出现。
工部在拨款给“军械司标准化实验局”时，开始以“库银紧张，需优先保障陵寝修缮、百官俸禄”等理由拖延；漕运系统对登莱水师请求协助进行“海运漕粮试验”的公文，则采取“研究研究”、“条件不成熟”等官僚手段进行软抵制。
面对这种更高级别的阻击，沈渊的应对也更具策略性。
对于格物院的“道统”之争，沈渊没有选择在经义上与之纠缠。
他再次请朱由检亲临试验田和京郊新建的、采用新式水力鼓风机的冶铁坊。
在冶铁坊，朱由检亲眼看到，采用焦炭和新式鼓风技术后，生铁的日产出的质量和数量都远超旧式作坊。
沈渊指着那奔流的河水和轰鸣的机械，对皇帝说道：“陛下，此物之力，可抵百名健夫！若将此力用于打造农具，则耕地倍增；用于打造兵甲，则军力强盛！格物院所究之‘理’，便是驾驭此等力量，富国强兵之‘理’！这与圣人所言‘利用厚生’，‘开物成务’，有何相悖？”
实证面前，任何空泛的道理都显得苍白。
朱由检当即下旨，褒奖格物院“学以致用，功在社稷”，并明确其“探究天地万物之理，以利国计民生”的职能，从官方层面肯定了其地位。
对于工部、漕运的软抵制，沈渊则采取了分化瓦解和另起炉灶的策略。
他通过内卫，摸清了工部内部哪些官员是单纯的守旧，哪些是与勋贵利益捆绑过深。
对于前者，他让孙承宗、徐光启等人私下接触，展示标准化和新技术带来的效率提升和潜在利益（如节省的银两可用于其他工程，或作为部门绩效），试图争取其中立甚至支持。
对于后者，则继续搜集其贪腐或不法证据，以备不时之需。
同时，他加大了对登莱孙元化的支持，利用“信用债”资金和皇帝内帑，帮助其在登莱建立相对独立的军工和造船体系，并鼓励其与南方海商直接接触，采购原料，部分绕开工部和漕运系统的掣肘。
尽管阻力重重，但沈渊推动的维新种子，还是在帝国板结的土壤中，艰难地扎下根来。
“标准化”理念在京营和部分边军中得到认可，火器质量与维护效率的提升是实实在在的。
“信用债”虽然规模不大，但初步建立了国家信用的概念，为朝廷开辟了新的融资渠道。
“皇明格物院”在皇帝的背书下，吸引了一批真正对科技感兴趣的年轻士子和工匠，薄珏等人对农业气象和水利的研究，开始在局部地区产生效益。
高产物作和以工代赈，在陕西等地一定程度上缓解了民困。
然而，沈渊和朱由检都清楚，这一切仅仅是开始。
改革的根基远未牢固，反对势力只是暂时改变了策略，并未消失。帝国的财政依然捉襟见肘，北方的皇太极在舔舐伤口，陕西的李自成、张献忠等残余力量仍在暗中积蓄。
更重要的是，随着改革触及的利益层面越来越深，潜在的反对力量也越来越庞大。
下一次风暴，或许将不再局限于朝堂的奏章攻讦，而是更加激烈和不可预测的形式。
朱由检看着案头堆积的、关于清丈田亩、改革税制的初步构想（沈渊已开始悄悄准备下一阶段的改革蓝图），再“听”着沈渊心中那份既要步步为营、又渴望加速前行的焦灼，深深感到，驾驭这艘帝国巨轮转向的艰难。
“先生，前路漫漫，你我当更加谨慎，亦需更加坚定。”皇帝的声音在寂静的西暖阁中响起，带着一丝不易察觉的疲惫，但更多的，是破釜沉舟的决心。