宇宙同盟的整合计划在各星域同步推进。萧辰前往西部星域，说服那里的“岩魔族”加入同盟。岩魔族世代居住在小行星带，擅长炼制矿石武器，他们的熔岩能量对黑色晶体有一定的克制作用。
初次会面时，岩魔族族长对宇宙同盟的提议并不感兴趣。岩魔族与世无争数万年，从不参与宇宙间的纷争。萧辰没有强行劝说，而是展示了黑影战士侵蚀星球的影像，以及灵曦本源晶核的能量样本。
当看到自己世代守护的矿石被黑色晶体腐蚀的画面时，岩魔族族长的脸色终于变了。他沉默片刻后，同意带领族群加入同盟，但提出一个条件：宇宙同盟需协助岩魔族迁移至资源更丰富的星域，避开黑暗势力的第一波冲击。
萧辰立刻答应，机械帝国的工程舰队随后抵达西部星域，帮助岩魔族搭建新的聚居地，同时学习岩魔族的矿石炼制技术，将熔岩能量融入混沌能量导弹，提升武器威力。
与此同时，阿炎前往南部星域的“水域族”寻求合作。水域族生活在气态行星的海洋中，掌握着水之本源能量，能够净化多种有害能量。但水域族内部正爆发内乱，老族长与年轻的反叛者争夺统治权，反叛者认为应该投靠噬界族群，以换取生存空间。
阿炎抵达时，水域族的都城正被反叛者围攻。老族长率领 loyal 派战士顽强抵抗，但反叛者拥有少量黑色晶体武器，防线逐渐崩溃。阿炎当机立断，率领随行的灵曦族舰队介入，灵火能量与水之能量结合，形成强大的蒸汽冲击，将反叛者的阵地冲垮。
反叛者的首领是一名水域族的年轻将领，他被黑色晶体的力量诱惑，认为只有投靠噬界族群才能让水域族强大。阿炎与他展开激战，灵火能量克制黑色晶体，很快就将其击败。老族长感激之余，宣布水域族全面加入宇宙同盟，提供水之本源能量的修炼法门，协助净化被黑暗能量污染的区域。
凌云则负责清理宇宙中的黑色晶体矿脉。这些矿脉是噬界族群的能量来源，分布在各个星域的偏僻角落。凌云的侦查小队凭借空间秘术，精准定位矿脉位置，然后引导舰队进行定点清除。
在清理一处矿脉时，凌云发现了一件奇怪的事情：矿脉深处隐藏着一个小型传送阵，传送阵的另一端连接着宇宙边缘的黑暗裂缝。更令人震惊的是，传送阵周围有人类修士的足迹，似乎有人在暗中帮助噬界族群运输黑色晶体。
凌云采集了足迹样本，返回总部后交给苏沐雪分析。分析结果显示，足迹中残留的能量波动与宇宙同盟中的某个新加入势力——“影月族”完全吻合。影月族擅长隐匿和暗杀，加入同盟时曾表示愿意提供情报支持，但一直保持着神秘。
林风得知后，没有立刻采取行动。他怀疑影月族中有人被噬界族群策反，或者整个族群都心怀不轨。为了不打草惊蛇，林风下令凌云暗中监视影月族的动向，同时调查它们加入同盟的真实目的。
暗流在宇宙同盟内部悄然涌动，外部的噬界族群也在积蓄力量。黑暗之门开启的时间越来越近，林风知道，接下来的三年，不仅要提升战力，还要清理内部的隐患，否则在终极之战中，很可能会腹背受敌。