暗尘星云和时空裂隙的残敌被歼灭后，联盟启动了 “全域清剿收尾计划”，重点清理虚空教团隐藏在多元宇宙各个角落的小型据点和废弃设施。这些据点大多规模狭小，兵力在数十人以内，分散在废弃空间站、小行星洞穴、边缘星球的地下深处，虽然无法构成大规模威胁，但仍可能对周边文明造成骚扰，甚至隐藏着虚空教团的核心机密。
张川将联盟部队分为五十个清剿小组，每个小组由一艘战舰、二十台机甲和五十名地面战士组成，分头前往各个目标区域。他亲自带领第一清剿小组，前往 “废弃科研空间站”—— 这是虚空教团早期的科研基地，位于 “死寂星球” 的轨道上，根据情报，里面隐藏着三十名虚空科研人员和二十名守卫，还可能存放着虚空教团的实验数据和未销毁的危险武器。
废弃科研空间站的外观残破不堪，外壳布满了陨石撞击的痕迹和岁月的锈迹，部分舱段已经暴露在宇宙真空环境中。空间站的能量系统早已瘫痪，仅靠内部的应急能源维持着基础的生命保障和防御机制。“所有成员注意，空间站内部结构复杂，可能布满陷阱和未稳定的实验装置，行动务必谨慎！” 张川下令道，机甲部队率先进入空间站，地面战士紧随其后。
空间站内部一片漆黑，只有应急灯发出微弱的红光，照亮了布满灰尘的通道。空气中弥漫着淡淡的化学药剂气味和虚空能量残留，通道两侧的实验室大门紧闭，部分舱门被锁死，显然有人在里面活动。“暗影潜行，探查内部情况！” 莫尔的暗影族战士融入黑暗，沿着通道快速前进，很快传回了内部结构和敌人分布的情报。
“空间站的中央实验室是核心区域，三十名科研人员正在销毁实验数据，二十名守卫在通道两侧设防，内部还有三台未关闭的虚空实验装置，能量波动不稳定。” 暗影战士的全息投影显示，中央实验室的大门紧闭，周围有能量护盾保护，守卫们手持虚空武器，警惕地盯着通道入口。
“分三路行动：机甲部队正面突破通道防线，吸引守卫注意力；暗影战士潜入中央实验室后方，破坏能量护盾；地面战士负责清理两侧实验室，排查危险装置。” 张川部署完毕，元初机甲的灵能长剑亮起绿色光芒，率先冲向通道防线。
“有入侵者！开火！” 虚空守卫发现了联盟部队，立刻启动防御武器，虚空能量炮和能量刃从通道两侧射出。张川的机甲灵活闪避，平衡能量刃劈向防御武器，将其逐一摧毁。机甲部队同时发起攻击，灵能炮、星刃能量束密集地射向守卫，二十名虚空守卫在联盟的优势火力下节节败退，很快就被斩杀过半。
暗影战士趁机潜入中央实验室后方，暗影能量刃精准切割能量护盾的线路。“咔嚓！” 能量护盾瞬间失效，中央实验室的大门被联盟战士强行打开。三十名虚空科研人员见状，有的试图继续销毁数据，有的则拿起身边的实验器材作为武器，试图抵抗。
“放下武器，停止销毁数据，我们可以保证你们的安全！” 张川的声音传遍实验室，“虚空教团已经彻底覆灭，你们的抵抗毫无意义。只要配合我们，交出实验数据，我们不会伤害你们。”
部分科研人员眼中闪过犹豫，但为首的 “虚空博士” 却疯狂地喊道：“你们不懂！这些实验数据是伟大的虚空事业的结晶，绝不能落入你们手中！” 他启动了实验室中央的 “虚空裂变装置”，装置的核心开始闪烁着不稳定的暗紫色光芒，一旦爆炸，整个空间站都会被摧毁。
“多元平衡?封印！” 张川反应极快，平衡能量形成一道结界，将虚空裂变装置包裹其中，稳定住即将爆发的能量。他冲到虚空博士面前，灵能长剑抵住他的胸口：“你想让所有人都为你的疯狂陪葬吗？”
虚空博士看着被封印的装置，眼中闪过绝望：“虚空主宰会回来的，你们的和平不会长久！”
“虚空主宰早已被我们击退，多元宇宙的和平由我们自己守护！” 张川的声音坚定，“这些实验数据如果落入不法分子手中，会给多元宇宙带来巨大灾难。我们需要这些数据，不是为了延续虚空教团的邪恶，而是为了防范类似的威胁。”
在张川的劝说和联盟部队的威慑下，剩余的科研人员逐渐放下了抵抗，停止了销毁数据的行为。虚空博士虽然仍有不甘，但在看到虚空裂变装置被彻底封印后，也放弃了挣扎。联盟部队成功收缴了所有实验数据和未销毁的实验装置，解救了被关押在空间站内的三名平民俘虏。
清理完中央实验室，地面战士也传来捷报：两侧实验室的危险装置已全部排查、销毁，没有发现其他隐藏的敌人。第一清剿小组带着俘虏和缴获的物资，返回了空间站的战舰。
在返回灵源星的途中，张川对虚空科研人员进行了审讯。通过他们的供词，联盟获得了大量重要情报：虚空教团在多元宇宙边缘还隐藏着三个小型武器库，以及一份详细的虚空能量实验记录，这份记录详细记载了虚空能量的特性和克制方法，对联盟未来的防御建设具有重要价值。
与此同时，其他清剿小组也陆续传来捷报：第二小组在 “陨石洞穴” 清理了一个二十人的据点，解救了十名俘虏；第五小组在 “边缘星球” 的地下深处摧毁了一个虚空武器库，收缴了大量未激活的虚空炸弹；第十小组在 “废弃矿场” 清剿了最后一股十人的残敌，没有出现任何伤亡。
三天后，全域清剿收尾计划圆满结束。五十个清剿小组共清理了一百二十个虚空教团小型据点，销毁武器库五个，解救俘虏三百余人，收缴实验数据、武器图纸等机密文件数十份，彻底肃清了多元宇宙内所有虚空教团的残余势力。
当张川的第一清剿小组返回灵源星时，灵源星的上空已经汇聚了大部分清剿小组的战舰。被俘的虚空科研人员和守卫被送往专门的收容中心，经过教育和引导，大部分人都认识到了虚空教团的邪恶本质，愿意为联盟提供更多关于虚空能量的情报，甚至加入联盟的科研团队，用自己的技术为多元宇宙的和平做贡献。
张川站在元初号旗舰的观测甲板上，看着灵源星上逐渐恢复秩序的城市，看着清剿归来的联盟战士们脸上的笑容，心中充满了感慨。从最初的危机四伏，到决战的惊心动魄，再到如今的清剿收尾，联盟一步步走向胜利，胜利的曙光已经完全照亮了多元宇宙。他知道，和平的时代已经到来，而这只是一个开始，未来的多元宇宙，将在联盟的守护下，迎来前所未有的繁荣与安宁。