联盟空间站“天枢号”像一颗孤独的金属巨兽，在浩瀚宇宙中缓缓旋转。年轻的生物学家艾琳正专注地盯着培养舱内的微生物样本，突然，监测仪器发出了尖锐的警报声。她猛地抬起头，只见原本稳定的数据曲线如同发疯般剧烈跳动，一种未知的变异菌正以超乎想象的速度繁殖，迅速污染了整个实验区。
站长陈岩接到消息后，立刻下达了紧急封锁指令。他透过监控屏幕，看着那团不断蔓延的诡异菌丝，眉头紧锁。仅仅三天时间，这些菌丝就穿透了三层防护甲板，所到之处，金属都被腐蚀得千疮百孔。与此同时，两名进入污染区域的宇航员出现了幻觉，他们眼神迷离，口中胡言乱语，仿佛被某种邪恶的力量控制了一般。
就在这时，地球总部发来加密电报，语气严肃且不容置疑：“就地建立‘异常收容舱’，代号‘黑箱’。”随舰而来的特派员陆昭站在指挥室里，神情冷峻。他出示了一份分类档案，上面详细记录着过去百年间类似的外星生命体引发的灾难，那些触目惊心的图片和数据让在场的人都倒吸一口凉气。而此次事件的危险性评级竟高达SSS级，这是最高级别的警告。
工程队接到命令后，迅速行动起来。他们在空间站外开始焊接球形密闭舱，火花四溅。这个直径只有十米的狭小空间，将成为囚禁未知恐怖存在的牢笼。舱壁镶嵌着中子盾层与反重力场发生器，据说能够抵御绝大多数极端危险的物质和能量波动。
当转移污染源时，意外发生了。一名技术员的操作稍有不慎，导致一些孢子状物体飘入了通风系统。瞬间，备用氧气罐被引爆，巨大的冲击力将周围的设备炸得七零八落。陆昭果断出手，他用液态氮冻结了扩散路径，才避免了一场更大的灾难。他的手套在极低的温度下结满了冰晶，却依然坚定地完成了任务。
艾琳主动申请入驻观察室，她想近距离研究这种神秘的变异菌。透过防弹玻璃，她目睹了令人毛骨悚然的景象：那些菌丝如同有生命一般，在微弱的光线下扭动着，逐渐组成了类似神经网络的结构。而且，它们似乎对电磁波产生了响应，每当有电磁信号经过时，菌丝的活动就会变得更加频繁
平静的日子并没有持续太久。被感染的工程师突然变得力大无穷，他疯狂地撕扯着自己的宇航服，露出了布满发光血管的身体。安保组长见状，立即拿起脉冲枪进行射击。然而，子弹射入他的身体后，竟然被吸收并转化为了更强大的能量。最终，安保组长也未能幸免于难，倒在了血泊之中。
陆昭决定启动应急协议——向黑箱注入神经麻痹气体。但让他没想到的是，这一举动反而加速了污染物的进化。菌毯上长出了类似昆虫复眼的器官，闪烁着诡异的光芒。与此同时，空间站的人工智能突然中断了与地球的联系，导航系统也开始出现紊乱，将他们引向了一颗废弃行星的方向。
陈岩在查看日志时发现了一个惊人的秘密：陆昭的真实身份竟是前代收容任务的唯一幸存者。五年前某次任务中，整支科考队人间蒸发，而只有他穿着染血的防护服从废墟中爬了出来。这个消息就像一颗重磅炸弹，在空间站内部引起了轩然大波，大家对陆昭的信任开始动摇。
艾琳没有放弃研究。她利用光谱分析仪仔细分析菌株样本，终于破译出其dNA中隐藏着地外文明的信号编码。原来，这种变异菌并非单纯的破坏者，而是某种跨星系预警系统的载体。它们来到这里，是为了传递一个重要的信息。
受创的黑箱内发生了更加奇特的变化。菌落开始分泌绿色黏液，这些黏液具有神奇的修复功能，能够治愈辐射灼伤和细胞坏死。医疗官抱着试一试的心态，将濒死的伤员放入黏液中浸泡。奇迹发生了，伤员的生命体征逐渐稳定下来，伤口也开始愈合。
然而，此时的空间站已经失控，朝着太阳冠状云坠去。陆昭知道，他们的时间不多了。他做出了一个大胆的决定：打开所有气闸阀，将自身作为活体培养基接入主菌核。在他的意识融合过程中，看到了银河系悬臂上密密麻麻的同频信号光点，仿佛是一场宏大的宇宙交响曲的前奏。
彻底异变的陆昭成为了半透明的晶体生物，他的躯体内流转着星云般的光芒。他操控着空间站残骸重组为生物飞船，朝着信号源方向跃迁。艾琳发现，菌毯正在重构真空环境，创造出可呼吸的等离子大气层，这让他们在宇宙中生存了下来。
当他们接近信号源所在的戈特利布带小行星时，眼前的景象让所有人都为之震撼。那里矗立着由无数有机质构成的戴森云环，每块岩石都刻满了与菌丝结构相同的几何图案。这显然是一个高度发达的外星文明留下的痕迹。
通过脑机接口翻译古老铭文后，他们得知了一个惊人的真相：该文明因过度开发黑暗森林法则而自我毁灭，临灭前发射的“宇宙疫苗”实为播种新生态系的种子。而他们手中的变异菌，正是这颗种子的一部分。
完全态的黑箱展开成直径百公里的能量膜结构，将整个行星系包裹其中。菌丝深入地核唤醒沉睡的量子计算机阵列，算力指数级暴涨。艾琳站在控制台前，看着那些复杂的数据和图表，心中涌起一股使命感。她必须引导这场可控链式反应，重建星际网络枢纽。
陈岩带领剩余队员驾驶改造后的工程船突入核心区域。在那里，他们见到了悬浮在光子风暴中的陆昭意识体。他的周围环绕着全息星图，标注着其它正在觉醒的收容单元坐标。原来，这并不是结束，而是一个新的开始。
随着最后一块拼图归位，银河悬臂亮起珍珠项链般的光带。菌毯组成的生物神经网络首次接收到来自人类回复的问候信号。而在地球轨道上，新生的空间站正孵化着透明蛹壳中的下一代守护者，他们将继承前辈的使命，继续守护这片神秘而危险的宇宙。