停战协议达成后，联盟与域外文明划定了宇宙边界线，域外文明不再发射基因干扰波，联盟也承诺不向边界外扩张基因网络。但和平并没有持续太久，联盟的 “基因多样性监测站” 发现，边界线附近的多个边缘文明，出现了 “基因单一化” 现象 —— 生物的基因链逐渐向非共生型转变，失去了原有的多元特性，变得封闭而僵硬。
“这是‘非共生基因侵蚀’！” 艾拉在紧急会议上展示着检测数据，“域外文明的排斥场虽然没有直接攻击，但长期接触下，会潜移默化地改变共生型基因的结构，让其向非共生型转化。如果不阻止，这种侵蚀会沿着基因网络扩散，最终导致联盟的基因多样性消失，多元共生体系崩溃。”
王启看着屏幕上逐渐失去活力的生物影像，脸色凝重：“域外文明可能不是故意的，但这种基因侵蚀，对我们来说是致命的威胁。我们必须研发‘基因多样性保护装置’，抵御非共生基因的侵蚀，同时找到化解侵蚀的方法。”
多元共生科研团队立刻投入研发。李明提出了 “基因多样性锚点” 的理念：“每个文明的原生基因都有一个‘核心锚点’，只要加固这个锚点，就能抵御外来基因的侵蚀。我们可以研发一种装置，提取每个文明的核心锚点基因，制成‘锚点晶体’，部署在边缘节点，形成保护场。”
这个理念得到了团队的认可。克里尔负责锚点晶体的硅基结构设计，确保晶体能稳定释放保护场；艾拉负责提取各文明的核心锚点基因，利用星核感知技术，精准定位锚点位置；虚渊负责将虚空能量融入晶体，增强保护场的抗侵蚀能力。
研发过程中，团队遇到了一个难题：边缘文明的基因已经出现初步侵蚀，核心锚点变得不稳定，无法直接提取。“我们可以用‘本源基因能量’先修复锚点，再进行提取。” 王承平建议道，“本源基因能量是所有共生型基因的源头，能强化核心锚点的稳定性。”
团队按照这个方法，先将本源基因能量注入受侵蚀的生物体内，修复他们的核心锚点，再成功提取出锚点基因。经过一个月的努力，第一代基因多样性保护装置研发成功 —— 外形如同一个小型的金色灯塔，内部镶嵌着各文明的锚点晶体，能释放出 “多样性保护场”，抵御非共生基因的侵蚀，同时修复已受轻微侵蚀的基因。
共生守护队立刻将保护装置部署在边界线附近的所有边缘节点。装置启动后，淡金色的保护场覆盖了边缘星系，受侵蚀的生物基因逐渐恢复稳定，失去的多元特性也慢慢回归。“保护场效果显着，非共生基因侵蚀速度下降了 90%！” 监测员兴奋地报告。
但域外文明很快发现了保护装置的存在，认为联盟在 “主动对抗” 他们的基因特性，再次发出警告：“立刻拆除保护装置，否则我们将视你们为战争挑衅。”
“这不是对抗，是自我保护！” 王启通过基因编码回应，“你们的基因侵蚀正在破坏我们的文明，保护装置只是为了守护我们的基因多样性，没有任何攻击意图。”
“基因多样性？那是基因不纯的借口。” 域外首领的回应带着强硬，“要么拆除装置，要么我们摧毁它。”
话音刚落，三艘域外小型战舰越过边界线，朝着最近的一个保护装置飞去，准备摧毁它。“不能让他们破坏保护装置！” 王启下令，“共生守护队出击，拦截域外战舰，但不要主动攻击，尽量驱赶。”
共生守护队的战舰迅速出击，形成防御阵型，阻挡域外战舰的去路。域外战舰没有退缩，发射出黑色的能量束，击中了守护队的一艘战舰，战舰的防护盾出现裂纹。“他们先动手了！” 队员大喊道。
“启动基因防火墙，防御能量束；用虚空能量干扰他们的导航系统，让他们失去目标。” 王启下令。虚空能量能干扰非共生型基因的能量传导，域外战舰的导航系统果然出现紊乱，失去了对保护装置的锁定。
就在双方僵持时，边界线附近的一个边缘文明突然发出求助信号：“我们的聚居地出现严重的基因侵蚀，保护装置被一场意外的宇宙风暴摧毁了！”
这个意外打破了僵局。王启立刻下令：“守护队暂停拦截，优先修复保护装置；同时向域外文明发送求助信号 —— 边缘文明的基因侵蚀已经影响到他们的领域边缘，希望他们能暂时放下分歧，一起化解危机。”
域外首领犹豫了片刻，最终同意了。域外战舰和联盟守护队一起前往边缘文明的聚居地，看到了基因侵蚀的严重后果：生物们变得僵硬而狂暴，失去了理智，不仅攻击同类，还攻击域外战舰，他们的基因链已经半非共生化，既失去了共生特性，也没有非共生基因的稳定性，处于崩溃边缘。
“这是基因转化失败的后果。” 域外首领的声音第一次带着凝重，“非共生基因和共生基因强行融合，会导致基因链崩溃，这是我们之前没有预料到的。”
“这就是我们守护基因多样性的原因。” 王启说道，“每个文明的基因都有其适配的发展模式，强行改变只会导致灾难。我们可以合作，用你的非共生基因稳定技术，结合我们的共生基因修复技术，化解这场危机。”
域外首领没有拒绝。联盟团队用本源基因能量修复生物的基因链，域外团队用非共生基因稳定技术，阻止基因链进一步崩溃。经过两天的合作，边缘文明的基因侵蚀终于得到控制，生物们逐渐恢复理智。
这场危机让域外文明看到了基因多样性的重要性，也让他们意识到，共生与非共生并非绝对对立。停战协议得到了进一步巩固，联盟与域外文明建立了 “基因危机联合应对机制”，为后续的沟通与合作奠定了基础。
王启站在修复后的保护装置旁，看着边界线两侧和平共处的战舰，心里明白：基因多样性是宇宙的瑰宝，守护多样性，就是守护宇宙的平衡。而与域外文明的这场博弈，也让联盟的多元共生理念，有了更广阔的内涵 —— 不仅要包容不同的共生型文明，还要学会与非共生型文明共存，在差异中寻找平衡。