星尘号抵达星盟母星时，大气层下的景象触目惊心——曾经繁华的都市如今只剩断壁残垣，地面被银白色的机械藤蔓覆盖，藤蔓上的金属尖刺不断捕捉逃亡的星盟居民，将他们拖向远处的巨型机械建筑。“那是机械神教的‘改造站’，他们在把星盟人改造成机械傀儡！”星盟首领卡伦的声音从通讯器传来，带着绝望的颤抖，“我们的防线已经崩溃，就快撑不住了！”
云航握紧操控杆，目光锁定改造站旁的一座球形建筑——它表面布满能量管道，正不断向机械藤蔓输送能量：“那应该是机械藤蔓的能量源，先毁掉它，阻止改造！”星尘号俯冲而下，主炮同时发射，蓝色光束击中球形建筑。建筑瞬间爆炸，机械藤蔓的光芒迅速黯淡，瘫软在地面上。
“太好了！”卡伦的声音透出一丝希望，“但机械神教的主力在母星背面的‘机械母巢’，那里才是他们的核心！”云航立刻调转航向：“艾文，检测母巢的能量反应；雷蒙，带领舰队清理沿途的机械傀儡，掩护我们！”
舰队展开阵型，朝着母星背面推进。沿途的机械傀儡源源不断地袭来，它们有的是改造后的星盟人，保留着人类的轮廓却布满机械部件；有的是纯机械构造的“猎杀者”，速度极快，能发射追踪导弹。雷蒙下令舰队释放“电磁脉冲弹”，脉冲波扫过之处，机械傀儡纷纷失控瘫倒。
星尘号趁机突破防线，抵达母星背面。机械母巢的全貌展现在眼前——它如同一座巨大的金属山峰，表面布满蜂巢状的孔洞，不断有机械飞行器从中飞出，巢顶的巨型能量炮正对准星盟的残余阵地，蓄势待发。“母巢的核心在顶部的能量炮下方，必须毁掉核心才能停止母巢运作！”艾文调出母巢的结构分析图。
就在星尘号准备攻击时，母巢的能量炮突然发射，一道暗红色光束朝着星尘号袭来。云航迅速操控飞船侧身躲避，光束擦着舰体掠过，击中远处的小行星，小行星瞬间化为齑粉。“这炮的威力太强，不能硬抗！”云航盯着母巢表面的孔洞，“我们从孔洞潜入母巢内部，近距离攻击核心！”
星尘号调整姿态，钻进一个直径数十米的孔洞。孔洞内部是复杂的金属通道，通道两侧的机械臂不断组装着机械傀儡。“小心通道内的防御系统！”艾文刚说完，通道顶部突然降下激光网。云航立刻启动飞船的“能量护盾”，同时释放时空之力，将激光网暂时冻结，快速穿过通道。
经过数分钟的穿梭，星尘号终于抵达母巢核心室。核心室中央悬浮着一颗暗红色的“能源晶核”，周围环绕着数十根能量管道，连接着母巢的各个部位。“就是它！”云航刚要下令开火，核心室的大门突然关闭，四周的墙壁上弹出数十门能量炮，对准星尘号。
“欢迎来到机械母巢，外来者。”一个冰冷的机械音在核心室回荡，“你们以为能毁掉母巢？这里的一切，都会成为机械神教改造宇宙的基石！”随着声音，一道穿着金色机械战甲的身影从阴影中走出——正是机械神教的首领，摩多。
摩多抬手按下按钮，核心室的地面突然裂开，数根机械触手朝着星尘号袭来。“启动时空护盾！”云航大喊，同时操控飞船避开触手。艾文则瞄准能源晶核，准备发射主炮：“云航，我来攻击核心，你拦住摩多！”
摩多冷笑一声，手臂化作一把能量剑，朝着星尘号劈来。云航立刻释放时空之力，在飞船前方形成一道金色屏障。能量剑击中屏障，剧烈的冲击让星尘号连连后退。就在这时，艾文抓住机会，主炮同时发射，蓝色光束朝着能源晶核飞去。
“不！”摩多怒吼着，转身试图阻挡光束，却为时已晚。光束击中能源晶核，晶核瞬间炸裂，母巢的能量管道纷纷断裂，整个母巢开始剧烈震动。“机械神教不会就此消亡！”摩多不甘心地大喊，乘坐逃生舱从母巢的紧急出口逃离。
云航立刻操控星尘号冲出母巢，此时母巢已开始崩塌，机械飞行器纷纷失控坠毁。雷蒙带领的舰队也清理完了剩余的机械傀儡，星盟母星的危机终于解除。
卡伦带着星盟居民前来感谢，云航却看着摩多逃离的方向，眉头紧锁：“摩多没被消灭，他肯定还会卷土重来。而且，我总觉得机械神教的背后，还有更强大的势力在支持。”
此时，艾文的探测仪突然亮起，屏幕上出现一段陌生的能量信号，来源指向宇宙深处的“禁忌星域”：“这信号……和机械母巢的能量波动很相似！”云航眼神一凛：“看来，我们得去禁忌星域一探究竟了。”