吴石被暂停与机要档案相关的职权，如同一颗信号弹，在参谋本部乃至整个国防部高层引发了轩然大波。消息不胫而走，各种猜测和流言蜚语迅速蔓延开来。有人扼腕叹息，认为吴石是遭了小人暗算；有人冷眼旁观，静待事态发展；更有人暗中窃喜，觉得扳倒这位素以清廉干练着称的参谋长，自己便有了上位的机会。
风暴中心的吴石，却表现出异乎寻常的平静。他每日准时上班，处理着被限定范围内的日常军务，批阅文件，参加不涉及核心机密的会议，言行举止一如往常，甚至比以往更加沉稳低调。对于同僚或明或暗的探询，他均以“服从组织决定，静待调查结果”淡然回应，不露丝毫破绽。这种泰山崩于前而色不变的气度，反而让一些心怀叵测之人更加忌惮，也让不少正直之士暗暗佩服。
然而，树欲静而风不止。毛人凤系统既然已经出手，就绝不会半途而废。暂停职权只是第一步，真正的杀招，在于如何将“档案安全问题”这把火，彻底引燃到吴石个人身上，坐实其“失职”乃至“通共”的罪名。
几天后，一份由保密局精心炮制的“初步调查报告”，经由侍从室一处，直接呈送到了蒋介石的案头。这份报告避重就轻，对档案清单是否真的不符、封装是否被开启等关键实物证据含糊其辞，却浓墨重彩地渲染了几点“可疑迹象”：
其一，报告指出，在档案封装前的最后核查环节，吴石曾以“最高机密”为由，支开了其他核查人员，独自在库房内停留了“不同寻常的”长时间，其间库房监控记录“恰好”出现故障。报告暗示，吴石有可能在此期间对档案动了手脚。
其二，报告援引“匿名举报”，称吴石的已离职副官聂曦，行踪诡秘，背景复杂，其突然“探亲离职”的时间点与档案风波高度吻合，疑为“畏罪潜逃”。报告进一步揣测，吴石对聂曦的“可疑行为”可能知情不报，甚至有意包庇。
其三，报告还翻出旧账，提及吴石在之前多次军事决策中，曾提出过一些“不合时宜”的“保守”建议，并暗示其与某些“立场暧昧”的学界、商界人士过往甚密。
这份报告，通篇充斥着“可能”、“疑似”、“不排除”等模糊字眼，几乎没有一项确凿的证据，但却通过精心编织的逻辑暗示和恶意引导，将吴石的形象描绘成一个身处要职、却行为可疑、可能通敌的危险人物。其用心之险恶，手段之卑劣，令人发指。
蒋介石阅后，震怒异常。他未必完全相信报告中的具体指控，但在国民党兵败如山倒、内部极度混乱猜忌的当下，任何一点“不稳定因素”都足以触动他敏感的神经。尤其是“通共”嫌疑，更是宁可信其有，不可信其无。他当即在报告上批下“严查彻究，限期呈报”八个大字，并将批件直接转给了毛人凤。
得到了“尚方宝剑”的毛人凤，更加肆无忌惮。调查的锋芒，从对“事”的核查，迅速转向对“人”的围攻。吴石的办公室被变相软禁，电话受到监听，往来信件被秘密检查，甚至其住所周围也布下了暗哨。一些与吴石关系较好的同僚、旧部，也陆续被保密局以“协助调查”为名带走谈话，实为施加压力，逼迫他们提供对吴石不利的“证词”。
一时间，吴石陷入了孤立无援的境地。往日门庭若市的办公室，如今变得门可罗雀。空气中弥漫着无形的恐惧，每个人都生怕与这位“问题人物”扯上关系，引火烧身。
面对这铺天盖地的构陷和日益严峻的处境，吴石依旧保持着惊人的冷静。他深知，在这种非常时期，任何激烈的辩驳和反抗，都可能被对方曲解为“心虚”或“负隅顽抗”，从而招致更残酷的打击。他选择以沉默和事实作为武器。
他闭门谢客，深居简出，将所有精力都投入到对过往工作的梳理中。他仔细回忆并记录下档案封装、转运每一个环节的详细经过、参与人员、时间节点，整理出完整的、有据可查的工作日志。对于报告中提及的所谓“疑点”，他逐条准备书面说明，用确凿的时间记录和程序规定来反驳其中的不实之词。例如，关于独自滞留库房一事，他明确指出当时是在处理另一项绝密级装备的验收，有相应的审批记录和在场卫兵可以作证，监控故障更是常见的技术问题，与己无关。
同时，他也在暗中积极活动。他通过一条极其隐秘的、仅有极少数人掌握的渠道，将南京发生的变故以及自己所处的险境，秘密传递了出去。他知道，在更高的层面，在敌人内部，并非没有正义之士和可以争取的力量。这场斗争，不仅仅是他个人的生死荣辱，更关系到未来大局的走向。他必须坚持住，等待转机的出现。
罗网正在收紧，构陷步步紧逼。吴石如同一棵屹立在狂风暴雨中的青松，独自承受着来自四面八方的压力，根基却愈发沉稳。他知道，最黑暗的时刻，往往也预示着黎明即将到来。这场围绕着他展开的惊心动魄的高层博弈，才刚刚进入白热化阶段。