之后，为了权势，
多尔衮也开始对两黄旗大臣动手。
郑亲王济尔哈朗与肃亲王豪格倒台后，多尔衮便变得更加肆无忌惮，毕竟除了礼亲王代善（多尔衮二哥）外，并没有能威胁到多尔衮的亲王了。
更何况此时的代善年迈，卧病在床，对多尔衮的威胁有限。
很快在顺治五年，十月，代善便也抑郁而终了。
对于此刻的顺治帝而言，最坚强的后盾就是其父皇太极留下的两黄旗大臣，
而两黄旗大臣恰恰也是让多尔衮最为头疼的。
两黄旗大臣对顺治小皇帝忠心不二，而且坚决不屈服，
多尔衮篡位最大的障碍就是两黄旗大臣。
面对两黄旗大臣，多尔衮采取的策略是：
威逼利诱，分化瓦解！
尽可能地将其中一部分人拉到自己这里
确实多尔衮的策略也起到了一些作用，一些势利小人，比如巩阿岱、锡翰、拜音图兄弟三人，便投靠了多尔衮；
但除此之外，其他的两黄旗大臣们仍旧是坚如磐石。
巩阿岱兄弟三人，又帮多尔衮拉了一位同盟，此人便是谭泰。
多尔衮直接授予谭泰一等公的爵位，让谭泰感激涕零，对多尔衮死心塌地。
就是这样几位害群之马，确实也给两黄旗带来了很多的麻烦。
因为这几个人对索尼、鳌拜等人的事情了解的非常清楚，为多尔衮陷害两黄旗大臣提供了证据。
索尼、鳌拜以及图赖等两黄旗大臣，不管多尔衮如何威逼利诱，都坚决不肯依附多尔衮。
比如索尼，
在满清入关的第二年，多尔衮便将索尼晋封为二等子爵位，但索尼不为所动。
与此同时，很多的亲王、贝勒、大臣等都开始向摄政王多尔衮献媚，并不将年幼的皇帝放在眼里。
尤其是多尔衮的同母胞兄阿济格，竟然直接称呼顺治帝为“八岁幼儿”。
索尼便直接将此事告知多尔衮，希望多尔衮能秉公处置阿济格，但是多尔衮丝毫不在意。
见索尼不肯依附于自己，多尔衮便改变策略，让归顺自己的谭泰搜罗证据（莫须有的罪名）攻讦索尼。
比如：
索尼说：多尔衮夸大了攻下京城的功劳，京城不过是一座空城，有什么功劳？
索尼还曾私下里将内库的琴送给了旁人；
还让手下的仆人在禁桥下捕鱼
.....
总之为了能陷害索尼，谭泰费尽心思找了很多鸡毛蒜皮的小事。
虽然图赖、鳌拜等人极力为索尼开脱，但多尔衮的目的很明显，自然不会放过索尼，直接将索尼革职。
再比如图赖：
图赖是大清五大开国功臣之一费英东的儿子，跟父亲费英东一样骁勇善战，立下不少战功。
顺治二年，图赖跟随豫亲王多铎一起前去征讨南明弘光政权，回京城以后，看到多尔衮日渐跋扈，不将皇上放在眼里。
图赖实在是不能容忍，便直接发誓：
我图赖当年效忠太宗皇帝，睿亲王是知道的；
如今我还效忠于太宗皇帝，不避讳诸位王爷、贝勒等人的嫌隙怨恨，
若是见到有人对太宗之子当今皇上不忠心的，我是不能容忍的；
我图赖对天发誓，要尽忠职守。
图赖的誓言掷地有声，不仅他自己的心声，也是众位两黄旗大臣们想要说的话。
他们都对多尔衮等人的行为不满，在索尼、图赖等人的一再提醒下，
多尔衮终于对诸位王公大臣们说道：
“如今诸位王爷、贝勒以及大臣，只知道谄媚我，还不知道尊重皇上，我怎么能容忍呢？”
多尔衮的话很明显的言不由衷，所以很快便故态重发。
图赖在跟随多铎一起出征的时候，谭泰正在西北领兵，对此很不满意，觉得自己失去了一个立功的好机会，所以便让人对图赖说：“请将南京留下，让我军来攻取！”
见谭泰如此不顾全大局，图赖很看不惯，便直接将此事告知了多铎。
多铎便将此事写在信中，交给了赛尔特，让赛尔特交给索尼，然后让索尼交给摄政王多尔衮。
没想到赛尔特居然在希思翰的指使下，直接将信给扔到了河里。
图赖回到京城以后，便问多尔衮信的事情，赛尔特撒谎说信已经交给了索尼。
多尔衮觉得可以趁着这次机会好好整一整索尼，将其处死，没想到索尼说道：
“我以前的时候就曾经揭发过谭泰藏匿谕旨，如今为何要将信藏起来，庇护他呢？”
如此，多尔衮便不能再说什么，再次审问赛尔特，赛尔特才说出实情。
并且赛尔特还告诉多尔衮：是谭泰不让他说实话的。
多尔衮也没想到“偷鸡不成蚀把米”，
不得不恢复了索尼的职位，将谭泰下狱治罪，
不过谭泰是多尔衮的心腹，自然不会真的杀了他，没多久便重新得到了重用。
差不多在顺治四年到顺治五年，
多尔衮曾提出一个大胆的想法：
将福临立为皇太子，他自己则称帝。
并且多尔衮还带着这样的方案直接前往皇宫内院，告诉孝庄与顺治：
太祖原本就是想要将汗位传给我，是他皇太极篡夺了汗位；
如今应当物归原主，让福临坐享其成做太子即可，将来我宾天福临便可以继承皇位。
多尔衮强迫孝庄母子同意他的方案，但是并没有如愿；
多尔衮又找到两黄旗大臣，两黄旗大臣也是誓死不同意。
如此，多尔衮的计谋没有成功。
但是经历此事，多尔衮对两黄旗大臣是恨之入骨。
顺治五年，多尔衮便加紧打击两黄旗大臣的步伐：
鳌拜免死赎身，
索尼被革职，被迫前往盛京昭陵守陵。
不仅如此，多尔衮将索尼所有的家产、赏赐全部没收，索尼的子侄们也全部被牵连革职。
图赖虽然已经去世，但仍旧被论罪。兄弟子侄一律被革职；
遏必隆免死革职，没收其一半的家产。
索尼、鳌拜等人是两黄旗大臣中坚决维护孝庄母子的忠臣，
没有了他们的庇护，孝庄母子的日子可见有多艰难。
可以用“风雨飘摇”四个字来形容，
好在两黄旗大臣以及将领，不肯屈服于多尔衮，宁死也要保全孝庄母子，时时刻刻关心皇上与太后的安危。
顺治五年三月，索尼鳌拜被革职后，
多尔衮曾想要重新启用，便派人去劝说鳌拜、索尼能够归附他多尔衮，但是被言辞拒绝了。
顺治七年七月，多尔衮生病卧病在床，嫌弃顺治帝不亲自亲往摄政王府探望。
没想到锡翰等人竟然直接将顺治帝身边的随从、侍卫等遣散，直接将顺治帝带到了多尔衮的面前。
恰好当时正黄旗蒙古护军参领喀兰图，刚刚值完班回到家中，得到顺治帝前往摄政王府、而且身边随从不多的消息，
即刻拿起弓箭、带着部众一起前去护卫顺治帝。
正是因为喀兰图的及时“护卫”，保住了顺治帝。
由此也可以看得出多尔衮是“司马昭之心，人尽皆知”，
通过此事多尔衮没有达到自己的目的，便拿鳌拜撒气，追究鳌拜的庇护之罪，准许鳌拜免死赎身，降低爵位。
在顺治朝初期，两黄旗大臣最大的功劳就是成功阻止了多尔衮篡位称帝。
虽然确实过程很艰难，索尼、鳌拜等人不是被革职就是被没收家产，
但好在结果是好的，他们的坚持也得到了应有的回报。
顺治七年十二月，多尔衮突然去世。
顺治八年，顺治帝将那些被多尔衮革职的大臣们都召了回来，并予以重任：
索尼被晋封为一等比，并且被提拔为内大臣兼议政大臣，一跃成为首席满洲大臣。
鳌拜因为忠心耿耿，而被顺治帝视为心腹大臣。
自此以后鳌拜便成为顺治帝身边，协助处理朝政事务的重臣。
顺治帝亲政后，恢复了遏必隆的职位，并且准许其兄长图尔格承袭祖上一等公的爵位；
将遏必隆授予议政大臣、领侍卫内大臣等职；
顺治十四年的时候，遏必隆加封太子太保。
图赖虽然早就已经病逝，但是顺治帝亲政后，还是感念图赖的功劳与忠心，
准许其配享太庙，建碑纪念。
顺治十八年，顺治帝病逝之前，
还留下遗诏：
将索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，四人任命为辅政大臣，
辅佐年幼的康熙即位称帝，直到康熙亲政。
四人之中，除了苏克萨哈外，
另外三位顾命大臣都是庇护孝庄母子的两黄旗忠臣。