太平真君七年（446）三月，平城皇宫气氛肃穆。太武帝拓跋焘端坐正殿，面对满朝文武，正式颁布了历史上着名的灭佛诏书。这份由崔浩起草的诏书开篇即定调：彼沙门者，假西戎虚诞之言，充中夏饥馑之役，损国害民，莫此为甚。诏书列举佛教五大罪状：耗费国家财富、逃避兵役徭役、破坏人伦纲常、勾结叛乱势力、传播虚妄之言。最后宣布：有司宣告征镇诸军、刺史，诸有佛图形像及胡经，尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之。
诏书的颁布标志着中国历史上第一次大规模的宗教迫害运动正式开始。为了确保诏令执行，太武帝建立了一套严密的组织实施体系。中央由司徒崔浩总揽全局，下设灭佛司专门负责；地方上各州刺史为第一责任人，军队提供武力支持；同时还设有督查组巡回检查。
诏书下达后，最先在平城及其周边地区实施。羽林军奉命查封城内所有寺院，僧侣被集中看管，佛像经卷被运往城外销毁。据《魏书·释老志》记载，平城最大的永宁寺内，官兵砸毁丈八金佛像时，声闻数里，观者无不泣下。寺内收藏的数千卷佛经被堆放在广场上焚烧，烟火三日不绝。
灭佛行动很快推向全国。各州县按照统一部署，首先张贴告示宣布诏令，然后派兵包围寺院，强制僧侣还俗。年轻力壮者立即编入军队或发送边疆屯田，年老体弱者暂时安置在官府指定的场所。寺院财产全部没收，土地并入官田，金银法器熔铸为货币，粮食布匹充作军需。
在执行过程中，各地出现了不同的应对方式。在中央政府控制较强的地区，如河北、山西等地，地方官员执行得较为彻底。冀州刺史崔徽在一月内就查封了辖区内全部87所寺院，迫使二千余名僧侣还俗。而在佛教根基深厚的关中地区，则遇到了较大阻力。长安附近的多所寺院联合抵抗，僧侣们据守寺门，与官兵发生冲突。
最激烈的抵抗发生在洛阳。当地僧侣在名僧昙曜的带领下，组织护法团，誓死保卫白马寺。官兵围攻三日不下，最后动用攻城器械才攻入寺内。据记载，这场冲突造成数百人伤亡，成为灭佛运动中最为惨烈的事件。
太子拓跋晃虽然无法公开反对诏令，但利用监国的职权采取了多种缓和措施。他首先以恐生变乱为由，建议分批分期执行诏令，为僧侣逃亡争取时间。其次，他暗中指示亲信官员对某些着名寺院网开一面，如少室山的少林寺就因为得到特殊关照而损失较小。最重要的是，太子通过玄高等高僧组织了一条秘密通道，帮助许多僧侣携带重要经卷逃往南朝或西域。
佛教徒们也采取了各种应对策略。一些僧侣选择隐居山林，等待风波过去；有的则改换道服，伪装成道士；还有的逃入少数民族地区，继续弘法活动。许多虔诚的居士冒着生命危险，将佛像经卷藏匿在家中密室或山洞中。这些努力为后来佛教的复兴保留了大量火种。
灭佛运动的经济影响十分显着。据当时统计，全国共没收寺院土地约千万亩，相当于北魏耕地总面积的三分之一；获得金银财物价值绢帛数百万匹；解放僧侣劳动力近百万人。这些资源大大增强了北魏的国力，为后续的军事行动提供了物质基础。
但是，灭佛运动也带来了严重的负面影响。首先是对文化艺术的破坏。无数精美的佛教造像、壁画、经卷被毁，许多建筑杰作付之一炬。其次是社会秩序的动荡。大量僧侣还俗后无法妥善安置，成为流民，增加了社会不稳定因素。最重要的是精神层面的创伤，许多虔诚的佛教徒因为信仰被迫害而心灵受创。
崔浩在推行灭佛过程中采取了极端手段。他要求各地官员每十日上报执行情况，对进度缓慢者严加惩处。他还组织了一支特殊的灭佛队，由狂热的道教徒组成，专门负责摧毁佛教遗迹。这些人的行为往往超出诏令范围，连与佛教无关的文化遗产也遭波及。
寇谦之对灭佛运动的态度值得玩味。作为道教领袖，他乐见佛教失势，但对崔浩的极端手段并不完全认同。据《魏书》记载，寇谦之曾劝崔浩：除害当渐，不可骤也。昔孔子诛少正卯，犹待其时。今遽行之，恐生他变。但崔浩不听，反而更加激进。
到太平真君七年末，灭佛运动已经取得显着成效。表面上，北魏境内的佛教组织几乎被彻底清除：寺院被毁、经卷被焚、僧侣还俗或逃亡。但实际上，佛教信仰仍在民间秘密流传，许多佛教元素被道教吸收，以变相的方式保存下来。
太武帝对灭佛成果感到满意，但在太子和部分大臣的劝谏下，也意识到需要适当调整政策。太平真君八年（447）初，颁布补充诏令，规定年七十以上僧侣可免于还俗，允许保留少量寺院改为道观使用。这些措施在一定程度上缓解了社会矛盾。
灭佛运动的推行过程中也暴露出北魏统治的一些深层次问题。首先是民族矛盾，灭佛主要针对汉人信仰的佛教，而鲜卑传统的萨满信仰未受影响，这加剧了民族间的隔阂。其次是中央与地方的矛盾，一些地方官员对灭佛持消极态度，执行诏令时大打折扣。最后是统治集团内部的矛盾，以崔浩为首的汉人官僚与鲜卑贵族之间的权力斗争因灭佛而更加激烈。
纵观灭佛诏令的颁布与实施过程，我们可以看到这是一场经过精心策划、组织严密的宗教整顿运动。太武帝和崔浩通过这场运动，不仅解决了佛教过度发展带来的经济社会问题，也进一步强化了中央集权统治。但是，采用暴力手段解决宗教问题，也埋下了许多隐患，为后来的政治动荡埋下了伏笔。