太平真君六年（445）九月，北魏关中地区的杏城（今陕西黄陵县），一场规模空前的起义正在酝酿。卢水胡人盖吴，这个出身少数民族的豪杰，利用民族矛盾和阶级矛盾，聚集了十余万民众，公开反抗北魏统治。起义军迅速控制了渭北广大地区，并建立政权，盖吴自称天台王，设置百官，与北魏政权分庭抗礼。
盖吴起义的发生并非偶然。自太武帝统一北方以来，北魏政府对关中地区实行高压统治，特别是对卢水胡、羌、氐等少数民族征收重税，征发徭役，导致民不聊生。与此同时，连年的自然灾害使关中地区饥荒蔓延，而地方官员不仅不加以赈济，反而变本加厉地盘剥百姓。这些社会矛盾最终在太平真君六年秋全面爆发。
起义消息传到平城，太武帝大为震怒。他立即任命西平公寇提为征西大将军，率领精锐部队前往镇压。然而，官军的初期进攻却意外受挫。盖吴起义军利用熟悉地形的优势，采取游击战术，多次击败北魏军队。最严重的是在十一月，起义军在李润堡大败官军，缴获大量武器装备。
太武帝意识到事态严重，决定御驾亲征。太平真君七年（446）正月，太武帝率领十万大军西征。大军行进至长安时，发生了一个改变历史走向的意外事件。据《魏书·释老志》记载，太武帝临时驻扎在长安城内的一处佛寺。随行的士兵在寺内马厩喂马时，意外发现寺内藏有大量兵器、弓箭和铠甲。
这一发现立即引起太武帝的警觉。他下令彻底搜查寺院，结果更加令人震惊：不仅发现了大量武器，还搜出了酿酒器具（当时禁止私人酿酒）、地方官员寄存的财物，甚至还有藏匿妇女的密室。最让太武帝愤怒的是，在寺院的密室中发现了与盖吴起义军往来的书信。
崔浩立即抓住这个机会，向太武帝进言：佛寺表面上宣扬慈悲为怀，暗地里却私藏兵器，勾结叛军，窝藏赃物，淫乱妇女。这些行为已经严重威胁到国家安全，必须彻底清查。太武帝勃然大怒，当即下令将全寺僧侣全部处死，没收寺院所有财产。
这一事件成为全面灭佛的导火索。太武帝命令长安所有佛寺立即接受检查，结果发现类似情况普遍存在。在许多寺院中都发现了私藏的武器、财物和违禁品。这些发现似乎证实了崔浩长期以来的指控：佛教寺院已经成为法外之地，不仅逃避国家赋役，还从事非法活动，甚至与反叛势力勾结。
太武帝在盛怒之下，命令司徒崔浩起草诏书，要求在全国范围内清查所有佛寺。崔浩借机扩大打击范围，在诏书中加入了彻底消灭佛教的内容。他提出：佛图虚诞，为世费害，宜悉除灭。这一建议得到了寇谦之的支持，虽然寇谦之主张采取相对温和的方式，但在当时激昂的气氛下，他的意见未能受到重视。
长安的事件很快传遍全国，引起了不同反响。在平民百姓中，有些人因为长期受到寺院压迫，对灭佛持支持态度；而更多虔诚的佛教徒则感到恐慌和愤怒。在官僚集团内部，也产生了严重分歧。以太子拓跋晃为首的一批贵族官员主张慎重处理，认为不应该因为个别寺院的违法行为就全面否定佛教；而以崔浩为首的改革派则坚持必须采取果断措施。
值得注意的是，盖吴起义军中也出现了佛教徒的身影。一些逃亡的僧侣加入起义军，为盖吴提供精神支持和技术帮助。这种现象进一步加深了太武帝对佛教的怀疑，他认为佛教不仅在经济上损害国家利益，在政治上也已经成为反对势力的同盟军。
太武帝在长安期间，亲自视察了多处被查抄的寺院。据《魏书》记载，在一处寺院中，太武帝看到佛像身上披着锦绣袈裟，而寺外却有饿殍遍野，不禁怒斥：佛法慈悲，何以至此！这句话后来成为灭佛运动的重要口号。
在查抄寺院的过程中，官员们还发现了大量地契和借据，显示寺院通过高利贷和土地兼并积累了巨额财富。一些寺院甚至拥有自己的武装力量，规模达到数百人。这些发现使太武帝下定决心要彻底解决佛教问题。
与此同时，盖吴起义仍在继续。太武帝不得不分兵两路，一边镇压起义，一边推行灭佛。这种双线作战的局面使得灭佛行动显得更加急迫和激烈。太武帝认为，只有彻底清除佛教势力，才能从根本上消除类似盖吴起义的隐患。
太平真君七年二月，在基本控制关中局势后，太武帝开始着手制定全面的灭佛政策。他命令崔浩负责起草详细实施方案，要求各州县同步推进。为了确保政策执行，太武帝还特地调动军队协助地方官员，对那些可能抵抗的寺院采取强制措施。
长安的经验被推广到全国。朝廷派出专门的督查组，分赴各州指导灭佛工作。这些督查组带着长安查抄的战利品——包括武器、账本、书信等物证，用以说服地方官员和民众相信灭佛的必要性。
然而，灭佛政策在执行过程中遇到了许多实际问题。首先是人员安置问题，大量僧尼还俗后需要安排生计；其次是财产处理问题，寺院拥有的土地、财物需要合理分配；最重要的是信仰问题，如何应对虔诚佛教徒的抵抗。这些问题都需要妥善解决，否则可能引发新的社会动荡。
太子拓跋晃在此期间发挥了关键作用。他利用监国的身份，暗中指示一些地方官员放缓执行力度，为佛教徒提供逃亡时间。他还通过自己的佛教导师玄高，秘密组织僧侣保护经卷佛像，将重要法器转移到安全地点。这些措施虽然不能阻止灭佛的大趋势，但为佛教保留了一线生机。
盖吴起义在六月被彻底镇压，盖吴本人战死。但起义的影响远未结束。太武帝从这次事件中得出的结论是：必须加强中央集权，消除一切可能威胁统治的因素，而佛教正是其中之一。因此，即使起义已经平定，灭佛的步伐却没有停止，反而变得更加坚决。
到太平真君七年七月，灭佛运动已经在全国范围内展开。从平城到洛阳，从长安到邺城，到处都可以看到被查封的寺院、被毁坏的佛像、被强制还俗的僧尼。佛教在中国北方似乎面临着前所未有的危机。
然而，深谙政治智慧的太武帝也意识到，过激的宗教政策可能带来副作用。因此，在推行灭佛的同时，他也采取了一些安抚措施。比如规定年老体弱的僧尼可以暂缓还俗，允许保留部分寺院作为道教场所，对配合政策的佛教徒给予一定补偿等。这些措施在一定程度上缓解了社会矛盾。
盖吴起义与灭佛运动的关系是复杂而多维的。起义暴露了北魏统治下的社会矛盾，而佛教寺院在这个过程中扮演了矛盾焦点的角色。太武帝和崔浩利用这个时机推行彻底的宗教改革，既是为了解决现实问题，也是为了推进他们的政治理想。这一系列事件不仅改变了北魏的宗教格局，也对整个中国佛教史产生了深远影响。