此时，指挥室里。
“怎么回事，墨尘为什么还没出来？”美里看着律子着急的说道。
律子此时正在目不转睛的盯着屏幕上的数据。
站在一旁的真嗣和明日香显得有些担心，可真希波和绫波丽却是一脸轻松的样子。
“眼睛妹，那可是你男朋友，你怎么一点都不担心啊？”明日香问道。
真希波微微一笑“因为我相信他。”
“律子！”美里着急的说道。
律子松了口气，缓缓说道“应该没事了，数据波动十分平稳，而且...同步率出奇的高。”
除了真希波以外众人看着屏幕上的同步率都十分惊讶，连绫波丽都没想到墨尘的同步率竟如此之高。
随后，初号机的舱门打开，墨尘从中走了出来。
美里连忙上前查看“你怎么样，没事吧？”
“放心吧美里小姐，我能出什么事。”
“你在里面那么长时间，感受到了什么？”真嗣问道。
“嗯...没什么感觉，好像在里面睡了一觉。”墨尘略显轻松的说道，然后走到了真希波身旁。
“辛苦了，小墨。”真希波拍了拍墨尘的头。
“还好吧，挺轻松的。”
“切，神气什么。”明日香撇了撇嘴。
美里和律子对视了一眼后转头说道“接下来就该真嗣了。”
真嗣走进了零号机的插入栓。
“怎么样？”美里看向律子。
“真嗣看起来有点紧张啊，但神经曲线没有问题，毕竟不是自己的Eva，这也难怪。”律子说道。
“笨蛋，那么在意干嘛？放轻松点不就行了。”明日香说道。
“真嗣这孩子就是做不到这点。”美里转过头对着明日香说道。
“我知道，所以才说他是笨蛋嘛。”
美里尴尬一笑，随后用无线电对着真嗣说道“零号机的插入栓感觉怎么样，真嗣。”
“有种很奇怪的感觉。”真嗣缓缓说道。
“觉得不协调吗？”
“不，只是有些熟悉的味道。”
“这个笨蛋！”明日香暗暗的骂了一句。
“果然还是达不到与初号机一样的同步率，但从数据看还是不错的。”律子说道。
“呃啊....”真嗣的头突然开始痛了起来。
此时的零号机也开始挣扎了起来。
“怎么回事？”美里大叫道。
“驾驶员神经脉冲发生异常，脉冲发生逆流，开始发生精神污染。”
“怎么会？这种栓体深度是不可能的。”律子说道。
“不是栓体，是来自Eva的侵蚀！”
零号机的动作越来越大，很快就摆脱了墙上的控制器。
“零号机失去控制！”
“关闭所有回路，切断电源！”
插入栓断开掉到了地上，零号机捂着头不断的挣扎着，缓缓的朝着指挥室走去，几人看着捂着头挣扎的零号机，脸上全是担心的神情。
“Eva切换到备用电源，仍在运作。”
“真嗣呢？”美里问道。
“回路断线，无法侦测！”
“零号机是在拒绝真嗣吗？”律子不敢相信的说道
“不行！自动弹出装置无法启动！”
“难道又和那时一样？这次想要吞噬真嗣吗？”律子看着不断靠近的零号机说道。
零号机一拳打向了指挥室的玻璃，随后玻璃上出现了无数的裂纹，然后接着一拳又一拳，特制的玻璃直接被打碎。
众人向后退了几步，零号机有一拳挥了上来，墨尘刚想变身阻止，结果左边的墙壁直接碎了一个大洞，一个拳头打中了零号机的下巴，使零号机撞到了右边的墙壁。
“是...是三号机！三号机自己动起来了！”
“什么！切断三号机的电源！”
“三号机...并没有连接电源...而且也不是备用电源...”
“怎么会这样？”律子震惊的看着面前的两台EVA。
除了指挥室里的众人，墨尘也感到十分惊讶，他不明白三号机为什么会自己动起来，原剧情没这段啊，当然原剧情三号机也到不了这。
零号机被三号机一拳打翻，随后三号机直接压在了零号机的身上，摁住了它的双手，使其无法动弹，零号机还在挣扎，用头部不断撞击这三号机，可任凭零号机怎么撞击，三号机都不为所动。
“三号机这是...在帮我们压制零号机？”美里震惊的说道。
“零号机距离停止活动还有10...9...8......3...2...1...0”
话音刚落，零号机便没了动静，就在此时三号机也不再行动，无力的倒在了零号机的身上。
“零号机、三号机停止活动！”
“快去救驾驶员！”美里连忙说道。
——一段时间后——
美里单独找到了律子“刚才的事件，和之前的暴走事故有关系吗？就是丽那次。”
“现在还不能确定，不过必须还原丽的数据，尽快做跟零号机的追加测试，同步测试很有必要。”
“作为作战部长，我希望在还没对工作造成影响之前，尽快处理完此事。”
“我明白了，葛城上校。”
“另外，关于三号机的事，有什么想法吗？”
律子摇了摇头“我们之后重新检测过三号机，什么异常都没有。”
“那它为什么....尽快查明原因。”说完美里径直离开了。
律子则是站在原地思考着。
晚上，真嗣睁开双眼，发现自己正躺在医院的病床上，真嗣呆呆的看着天花板。
“真讨厌，又是这个天花板。”
——指挥室——
“真嗣恢复了意识，没有留下污染的后遗症，他好像什么都不记得了。”
“是吗。”美里浅浅的说道。
另一边，碇源堂正在和冬月下着棋。
“预定之外的使徒和怪兽的入侵，知道这个事情后，人类补完委员会会不断施压，虽然他们只是一群把抱怨当工作的无聊的人，但也有些难办啊。”冬月说道。
“杀手锏都在我们这边，他们什么也做不了。”
“就算是这样也没必要把他们惹急了，seele现在出面会闹出许多麻烦来的。”
“一切都在可控范围内。”
“那零号机的事故是怎么回事？我的剧本里可没有这一项，虽然也没有怪兽和奥特曼。”
“不会有妨碍的，丽和零号机的在同步试验已经成功。”
（你太执着于丽了，碇）冬月心里想道。
“亚当计划怎么样了？”冬月接着问道。
“很顺利，延迟还不到2%”
“那么朗基努斯之枪呢？”
“一切都在按照预计进行。”
冬月听后微微一笑“对了，今天试验还有一个小插曲。”说着冬月拿出了几人测试中的同步率记录。
“这怎么了？”
“你看看这个叫墨尘的孩子，他驾驶初号机时的同步率高达90%”
碇源堂看着数据稍微有些吃惊，但很快就恢复了一脸严肃的样子。
“和初号机居然有这么高的同步率，他的来源查清楚了吗？”
冬月摇了摇头“什么都查不到，他就像是突然来到这个世界一样，什么信息都没有。”
“他到底...是哪来的？”碇源堂的神情变得越来越凝重。
“说到信息，这个孩子也一样。”说着冬月拿出了泽洋的照片。
“他是...丽经常提到的那个男孩。”
“没错，他当初也是三号机的候选人之一。”
“他们...难道跟那两个奥特曼有关？”碇源堂拿起二人的照片仔细端详着。
“你打算怎么做？”
碇源堂紧紧的皱着眉头，没有说话。
——又过了几天——
律子在指挥室照例对Eva进行着测试“加大电压。”律子说着摁了一个开关，随后屏幕上的字开始不断消失，直到完全黑屏，房间里的灯也全都闭掉了。
“主电源停止工作，电压为零。”所有实验人员都同时看向律子。
“不...不是我干的...”律子被盯得有点紧张。“赶快切换到备用电源。”
“不行，备用电源连接不上。”
“怎么会这样，还有能用的线路吗？”
“只有1.2%而且还是2567号以后的旧线路。”
“将剩下的电力全部供给mAGI和中央教条。”冬月不知何时来到了指挥室。
“这将对整个建筑内的生命维持造成影响的。”
“无妨，这件事最重要。”
此时，真嗣、明日香、绫波丽、墨尘和真希波走在前往NERV总部的路上。
“我刚才给父亲打电话，还没说完电话就没声音了。”真嗣有些郁闷的说道。
“估计是因为碇司令确实很忙吧。”墨尘安慰道。
“是吗？我感觉电话不是挂断了，应该是出了什么故障吧。”
“真是的，一个大男人，不要老在乎这些细节好不好。”明日香抱怨的说道。
“公主殿下，不是所有人都像你一样大大咧咧哦。”真希波把手放到了明日香的肩膀上。
“你说谁大大咧咧的！”明日香大叫道。
“你猜～”
“切，本小姐心胸宽广，不和你计较。”
很快，几人就到达了NERV总部的门口，真嗣掏出Id卡，在门禁上刷了一下，可并没有什么反应。
“咦？”
接着绫波丽也在门禁上刷了一下，还是没有反应。
“你们干什么呢？让我来。”明日香走上前，拿着Id在门禁上刷了好几次，可依旧没有什么反应。
“我想，我俩就不用试了吧。”墨尘说着，看向了真希波，真希波对着他点了点头。
“真是的，这东西居然坏了！”