江古田旧天文台宿舍的安全屋内，时间在凝重的空气中缓缓流淌。宫野明美在悠真专业的照料和强效镇定剂的作用下，昏睡了整整一天一夜。当她再次睁开眼时，意识还有些模糊，映入眼帘的是陌生的、带着陈旧木质气息的天花板，以及床边一盏散发着柔和暖光的台灯。
记忆如同潮水般涌回——银行的爆炸、琴酒冰冷的枪口、那千钧一发的死亡威胁……以及那个如同天神般降临、挡在她身前的黑色身影！
“你醒了。”一个冰冷、毫无情绪起伏的声音在床边响起。
明美猛地转头，看到了坐在阴影中的悠真。他依旧穿着深灰色的连帽冲锋衣，帽子拉得很低，遮住了大半张脸，只露出线条冷硬的下颌。他手里正擦拭着那把漆黑的战术匕首，动作沉稳而专注，仿佛在对待一件艺术品。
“你……你是谁？”明美的声音干涩沙哑，带着劫后余生的惊恐和巨大的疑惑，“这里是哪里？我妹妹……志保她……”
“你的命暂时保住了。”悠真没有回答她的问题，声音如同机器般陈述，“至于你妹妹，宫野志保，代号雪莉，情况很危险。”
“志保！”明美挣扎着想坐起来，牵动了手臂的伤口，痛得倒吸一口凉气。
“别动。”悠真放下匕首，目光如同实质般落在明美脸上，带着一种不容置疑的穿透力，“组织已经对外宣布你死于银行劫案后的‘黑吃黑’。他们故意让这个消息传到雪莉耳中。”
明美的脸色瞬间变得惨白如纸，眼中充满了巨大的恐惧和绝望：“不……他们不能……志保她……她会崩溃的！”
“这正是组织的目的。”悠真的声音冰冷地剖析着，“击垮她的精神，让她更加依赖组织。或者……更可能的是，利用她的绝望，诱使她叛逃。”
明美猛地睁大了眼睛：“叛逃？志保她……她一直想离开那个地方！为了我……”
“一旦她离开研究所的严密保护，就是组织抓捕甚至处决她的最佳时机。”悠真打断她，语气加重，“他们布下了陷阱，等着她，也等着任何可能接应她的人。”
明美死死咬住嘴唇，泪水无声地滑落。她明白了组织的险恶用心，也明白了自己此刻的处境。她看着眼前这个神秘莫测的男人，声音带着哀求：“求求你……救救志保！我知道她一定在想办法逃出来！我不能让她为了我……”
“救她，需要你的配合。”悠真站起身，走到窗边，掀开窗帘一角，警惕地观察着外面，“第一，你必须在这里绝对隐匿，不能与外界有任何联系，尤其是雪莉。任何试图寻找你或联系她的行为，都会暴露她的位置，让她死得更快。”
明美用力点头，泪水涟涟：“我明白！我什么都听你的！”
“第二，养好伤，恢复体力。未来可能需要你的帮助去说服和安抚雪莉。”悠真放下窗帘，目光重新投向明美，“她的安全，由我们负责。记住，你的存在，是她活下去最大的希望。所以，你必须活着。”
冰冷的话语，却带着沉甸甸的承诺。明美看着这个将自己从地狱边缘拉回来的男人，心中涌起一股难以言喻的复杂情绪——恐惧、感激，以及一丝渺茫却无比重要的希望。
“我……我知道了。”明美擦掉眼泪，眼神逐渐变得坚定，“我会好好活下去，等志保……等你们带她回来。”
悠真微微颔首，不再言语。他将食物和水放在明美够得着的地方，然后再次隐入房间的阴影角落，如同一个沉默的守护者，只留下监视器屏幕上微弱的光标在跳动，显示着他对研究所外围监控节点的持续渗透。
与此同时，杯户市药物研究所深处，代号“雪莉”的宫野志保，正经历着炼狱般的煎熬。
姐姐“死讯”如同淬毒的冰锥，狠狠刺穿了她的心脏。那个唯一支撑她在黑暗中前行的光，熄灭了。组织冷酷的通知、伪造的新闻画面、以及那些研究员们刻意回避或带着虚假同情的目光……这一切都如同钝刀割肉，让她痛不欲生。
叛逃的念头从未如此强烈！她要离开这个地狱！哪怕只有万分之一的机会，她也要逃出去，查清姐姐死亡的真相！哪怕……是去陪她！
然而，宫野志保并非普通的科学家。她敏锐地察觉到了研究所气氛的异常。安保等级被提升到了前所未有的级别，一些陌生的、气息冰冷的面孔出现在监控室和关键通道。琴酒那辆标志性的保时捷，曾短暂地出现在研究所外围的监控盲区。这一切都指向一个冰冷的结论——组织在等她行动！姐姐的“死”，是一个诱饵！一个针对她的、精心布置的陷阱！
绝望如同冰冷的潮水，淹没了她最后的希望。她被困在了一个无解的牢笼里。向前，是组织布下的天罗地网；原地不动，是永远失去自由，在痛苦中沉沦，甚至可能被组织怀疑而秘密处决。
实验室冰冷的灯光下，宫野志保看着试管架上那一排排她亲手合成的Aptx4869样品。一个疯狂而决绝的念头，如同藤蔓般缠绕上她的心。
既然生路已绝……那至少……她可以选择自己的死亡方式。用一种……姐姐可能也经历过的方式。或许……在另一个世界，她们能重逢？
她颤抖着，拿起一支装有浓缩Aptx4869原液的特制注射器。冰凉的玻璃触感让她打了个寒颤。她走到洗手间，锁上门，看着镜中那张苍白、绝望、写满哀伤的脸。
“姐姐……对不起……我来陪你了……” 她闭上眼，泪水滑落，将针尖猛地刺入自己的手臂静脉，用力推入了那致命的液体！
剧烈的、仿佛要将身体撕裂的剧痛瞬间席卷全身！细胞在哀鸣，骨骼在扭曲！她蜷缩在冰冷的地面上，痛苦地翻滚着，意识如同风中残烛，迅速被黑暗吞噬……
不知过了多久，仿佛一个世纪般漫长。剧痛如同潮水般退去，取而代之的是一种极致的虚弱和……一种无法理解的轻盈感？
宫野志保艰难地睁开眼。视野变得异常高大！洗手池如同悬崖，瓷砖的纹路如同沟壑！她惊恐地看着自己变得无比小巧、稚嫩的手……身上原本合身的白大褂，此刻像巨大的帐篷般将她裹住……
Aptx4869……它……没有杀死她？！
它……让她变小了？！
巨大的震惊和荒谬感冲击着她残存的意识！但求生的本能瞬间压倒了所有混乱！变小……意味着她能够穿过研究所那些为成人设计的通风管道！意味着她有机会逃出这个地狱！
她挣扎着，用尽最后一丝力气，扒下巨大的白大褂，只穿着单薄的实验服衬衣。她凭着对研究所结构的熟悉，找到了一个废弃的、通往外部垃圾处理通道的狭小通风口。那狭窄的通道，此刻对于她小小的身体来说，却是唯一的生路！
她咬紧牙关，忍受着身体缩水带来的虚弱和不适，如同受伤的小兽般，艰难地爬进了黑暗、肮脏、散发着恶臭的通道……
江古田安全屋内。
悠真如同雕塑般坐在黑暗中，面前展开的虚拟屏幕上，无数数据流如同瀑布般倾泻而下，监控着杯户研究所及其周边的所有异常信号。
突然！
屏幕一角，一个极其微弱、频率独特、如同濒死心跳般的生物电波信号，猛地从研究所核心区域——宫野志保的私人实验室位置爆发出来！信号强度瞬间飙升到峰值，随即又如同断线的风筝般急剧衰减，最终……稳定在一个极其微弱、却异常顽强的、与Aptx4869实验记录中某个“特殊成功样本”（工藤新一）高度吻合的生命波动模式上！
【警告！检测到高强度Aptx4869代谢反应！】
【警告！目标个体：宫野志保（代号：雪莉）生命体征发生剧烈异变！】
【警告！目标个体生命信号微弱但稳定！位置：杯户市药物研究所——＞正在移动！移动轨迹分析：非正常路径！符合……逃脱模式？！】
【综合判定：目标个体宫野志保已成功触发Aptx4869细胞退化效果！身体退化至幼年期！并已脱离研究所核心区域！正在向城市外围移动！】
冰冷的系统提示音在悠真意识中尖锐响起！
成功了！她服用了Aptx4869！并且……活了下来！变小逃出来了！
悠真猛地站起身！阴影中，那双冰冷的眼睛瞬间爆发出锐利如实质的光芒！没有丝毫犹豫，他立刻启动紧急通讯！
【给柯南（侦探徽章最高优先级加密）：【目标b（雪莉）已触发退化！位置：杯户町三丁目附近，信号微弱，正在移动！立刻前往接应！重复！立刻前往接应！】】
【给快斗（专属加密频道）：【KId！紧急！目标b（雪莉）幼化逃脱！坐标已同步！启动‘白鸽’预案！空中掩护与地面接应！立刻！】】
信息发出的同时，悠真已如同鬼魅般冲出安全屋，身影瞬间融入外面沉沉的夜色和渐渐沥沥的冰冷雨幕之中！目标直指杯户町三丁目！
冰冷的雨水无情地冲刷着杯户町湿漉漉的街道。昏暗的路灯在雨帘中晕开模糊的光圈。一个穿着明显过大、沾满污秽的白色衬衣的茶发小女孩，赤着双脚，摇摇晃晃地走在无人的小巷里。
雪梨……不，现在应该叫她志保。她小小的身体在寒雨中瑟瑟发抖，每一步都走得无比艰难。变小带来的虚弱感，失血（爬出通道时被尖锐金属划伤了小腿），以及巨大的精神冲击，让她几乎到了极限。视野开始模糊，意识如同风中残烛。
姐姐死了……自己变成了怪物……世界之大，却无处可去……冰冷的绝望如同这雨水，浸透了她的骨髓。
就在她眼前发黑，几乎要栽倒在冰冷的雨水里时，一个小小的身影猛地冲进了巷子！
“喂！你没事吧？！”一个带着急切和担忧的童音响起。
宫野志保费力地抬起头。雨水模糊了她的视线，只看到一个戴着眼镜、穿着蓝色小西装的小男孩正焦急地跑到她面前。那男孩的眼神……清澈、锐利，带着一种不属于孩童的成熟和……一丝难以言喻的熟悉感？
“工……藤……？”宫野志保的意识模糊中，喃喃地吐出一个名字，随即眼前一黑，身体软软地向后倒去。
“小心！”柯南（新一）眼疾手快，一把扶住了这个虚弱不堪、浑身冰冷的小女孩！当他的目光落在女孩那标志性的茶色短发和苍白精致的小脸上时，心脏猛地一缩！
是她！雪莉！宫野志保！她真的变小了！而且……她刚才叫出了自己的名字？！
来不及细想，柯南立刻脱下自己那件相对干燥的蓝色小西装外套，裹在灰原哀湿透冰冷的身上。他看着她小腿上还在渗血的伤口，小脸上充满了凝重。
就在这时！
“咻——！”
一声极其轻微的破空声从头顶传来！
柯南猛地抬头！只见一个穿着白色礼服、戴着高礼帽的身影，如同优雅的大鸟般，乘着滑翔翼，悄无声息地降落在巷子尽头的矮墙上！正是怪盗基德——黑羽快斗！
快斗收起滑翔翼，轻盈地跳下矮墙，快步走到柯南身边。他看着柯南怀中昏迷的小女孩，又扫了一眼周围寂静的雨巷，压低声音：“就是她？比想象中还要小啊……情况怎么样？”
“失温，虚弱，腿部有伤，可能还有内伤。必须立刻转移！”柯南快速说道，语气带着不容置疑的急切。
“明白！跟我来！车子就在巷口！”快斗立刻转身带路。
柯南抱起轻得几乎没有重量的宫野志保，紧跟其后。就在这时，巷子另一端的阴影里，一个穿着深灰色风衣、浑身散发着冰冷气息的高大身影如同幽灵般出现——正是悠真！他锐利的目光扫过被柯南抱着的灰原哀，确认她还有呼吸，然后如同磐石般挡在了他们身后，面朝着巷子入口方向，警惕地感知着周围的动静。他的存在，如同一道无形的屏障，隔绝了所有可能追踪而来的危险。
快斗拉开一辆不起眼的黑色商务车后门（显然是精心准备的“白鸽”预案用车）。柯南小心翼翼地将灰原哀抱进温暖的车厢，放在铺着柔软毯子的后座上。
悠真最后确认了一下巷子内外安全，才迅速闪身坐进副驾驶。快斗立刻发动引擎，车子平稳而迅速地驶离了这片冰冷的雨巷，汇入都市的车流之中。
车厢内一片寂静，只有引擎的嗡鸣和宫野志保微弱的呼吸声。柯南坐在后座，看着身边这个昏迷的、如同瓷娃娃般脆弱的小女孩，心中五味杂陈。她就是Aptx4869的研发者，自己身体变小的始作俑者……也是姐姐明美用生命去保护的妹妹，一个刚刚逃离组织魔爪的可怜女孩。
悠真透过后视镜，看着后座上的两人，冰冷的眼神深处，闪过一丝难以察觉的波动。他拿出通讯器，发出了一条信息：
【给明美：【目标b安全。已接应。】
然后，他放下通讯器，目光投向车窗外依旧迷蒙的雨夜。风暴暂时平息，但更严峻的考验即将到来。如何安置和保护好变小的雪莉（灰原哀），如何利用她掌握的组织核心机密，以及如何应对组织必然会发起的疯狂反扑……新的棋局，才刚刚开始。而他们手中，终于握住了一张足以撼动整个黑暗根基的关键王牌。