户部鲸吞辽东军饷一案，很快部分细节就浮出了水面，而其中最先被查出来的问题便是挪用公款。要知道，这种行为对于明朝户部来说早已不是什么新鲜事，可以说是他们两百年来屡试不爽的惯用伎俩了。
之所以会出现这样的情况，说到底还是因为朝廷面临着极其严重的财政赤字。如果不采取拆东墙补西墙的办法来应急周转资金，恐怕户部衙门早就被其他五部给挤得水泄不通、门庭若市了。在这次事件中，总计一百六十万两军饷里竟有多达二十万两被挪用到了补发宣府和大同边军的军饷上。
紧接着，三司一厂迅速顺着这条线索展开深入调查，前往大同和宣府两地彻查到底有多少银两真正落到了官兵们的手中。
然而，事情并没有就此结束，除了挪用之外，还有一个更为恶劣的现象——巧立名目克扣军饷！经过一番仔细核查后发现，原本应该按照实际人数十二万人计算的辽东镇官兵数量，户部只认可其十万人额度，硬生生地没了两万将士；
按照万历朝定下的规定，辽东镇每名将士每年十八两银子的军饷标准也遭到大幅削减，变成了仅仅十五两。如此这般操作下来，原本每年需要向辽东拨发一百八十万两军饷的计划，最终实际上仅拨付了区区一百五十万两而已，这意味着平均每名战士都足足少领了二两五钱的军饷啊！
随着三司一厂针对边饷去向的调查逐步推进，越来越多不为人知的细节开始暴露在众人眼前。当那笔数量庞大的边饷从户部起运之时，其数额原就只有三百万两白银了。
当其刚刚离开顺天府的管辖范围之时，便被顺天府扣下了足足二十万两！紧接着，当这批军饷途经蓟州镇时，再度出现了相同的情况——又有二十万两银子被蓟州镇扣下。待到运抵山海关时，再次被扣下二十万两。就这样，当这笔至关重要的边饷历经千辛万苦终于被运送到辽阳的时候，所剩下的数目仅仅只有可怜的二百四十万两而已。
很显然，从京城一路出发，各个地方政府以及军镇似乎都有人暗中插手，从中分一杯羹。这种现象已然形成了一条隐蔽至极的利益链条，而这条产业链背后的操纵者几乎无一例外皆是文官集团。至于那些身处低位的武将们？他们的地位实在太过卑微，根本没有资格让文官们与之共同分享这份诱人的“大蛋糕”。
如今，第一阶段的调查结果已然水落石出，徐光启、王纪和薛国用这三位负责此事的官员不敢有丝毫耽搁，匆匆忙忙地入宫面圣，向当今圣上朱由校禀报详细情况。
当朱由校仔仔细细地看完那份详细奏折后，脸上露出了一阵无奈和无语的神情。只见那奏折上清清楚楚地记载着户部竟然私自挪用并扣发了整整一百万两银子，而顺天府、蓟州镇以及山海关也各自截留了多达二十万两之巨！这简直就是雁过拔毛啊！
朱由校气得浑身发抖，怒目圆睁地对着面前的三人吼道：“这简直就是窝案！给朕去彻查此事，务必一查到底！不管牵涉到什么人，一个都不许放过！朕在此给定下一个基调：凡是胆敢伸手贪污受贿者，一经查实，立刻斩首示众；
若是贪墨金额特别巨大的，不仅要处死本人，还要诛灭其三族以儆效尤！至于那些只是挪用公款，但确有急需之由的，可以根据实际情况酌情给予降级处分，但前提必须是其主管官员没有从中插手谋取私利。另外，李汝华与李长庚是否涉案？”
王纪和薛国用对视了一眼后，彼此都从对方的眼神中看到了一丝紧张。只见王纪不自觉地抬手擦了擦额头上渗出的冷汗，但即便如此，身为三司之中级别最高的官员，此时也唯有他最有资格回答朱由校的询问。
王纪深吸一口气，恭恭敬敬地向朱由校拱手行礼道：“陛下息怒，请听微臣一言。臣等深知此次事件事关重大，绝不敢有丝毫懈怠之心，定会竭尽全力调查清楚其中原委，揪出所有隐藏在暗处的害群之马，以正朝纲！
经过臣等数日来的一番深入调查，我等已经查明，户部尚书李汝华在政务上他兢兢业业，任劳任怨，可在本案上，他知情不报，对下属疏于管教，负有主要领导责任。而户部右侍郎李长庚自万历四十七年二月起便就任户部右侍郎兼右佥都御史一职后，主要在天津出督辽饷，其工作成绩可谓相当出色，兢兢业业不曾出现任何纰漏，与本案毫无关联之处。”
朱由校听闻此言，原本紧蹙的眉头微微舒展了一些，双眼微微眯起，目光落在了王纪身上，似乎在思考着什么。过了片刻，他缓缓开口说道：“朕知道此人乃是一位不可多得的能臣，不仅从不植党援，而且为人刚直不阿，敢于直言进谏。若当初朝廷能够采纳他所提出的方略行事，恐怕如今辽东地区的欠饷问题也不至于发展到如此严峻的地步啊！只要其与本案无瓜葛，明日即可官复原职，户部关系着天下漕运、边饷重任，需要他这样的干吏坐镇，朕才能放心。”
李汝华是位通晓事理、勤勉机敏，入朝为官以来，既不结党营私又不相互勾结偏袒；并且在户部任职已久，从主事一路高升至尚书。其对于国家财政的盈亏状况、边防储备的虚实情形，乃至盐业、漕运、屯田、牧业等各个方面的大政方针，皆能殚精竭虑地加以裁度调剂。可以说是财政线上的一位干吏。
朱由校不禁轻轻叹了口气，说道：“倘若最终证实这位李汝华果真如你们所言，对于下属疏于管教，朕许他告老还乡。”
他恨不能将所有能臣干吏都招致麾下替他卖命，可有些人一旦没有边界感和原则性，那么即使他再能干，朱由校也不敢任用。
这就是君天下还是士天下的矛盾。