深夜一个男子拿起刀将女尸的脸皮剥下来把海象的脸缝合上了女人的人脸，周围则是被剥掉脸皮的尸体，男子似乎打算做一只缝合海象长着人脸的海象一定会更加吸引人们来海族馆观看，这样也能为海族馆赚钱。
直到早晨阳光明媚的早晨这条传闻很快传遍米花镇上吸引无数游客前来观看海象表演原来黑手早把海象送入米花水族馆了依靠海象来赚取费用。
米花镇的水族馆迎来了一只稀有的海象，吸引了众多游客前来参观。柯南、灰原哀和少年侦探团也在阿笠博士的带领下一同前往。
这只海象体型巨大，模样有些奇特，当它靠近玻璃时，孩子们发现它的面部花纹看起来竟有些像人脸，仿佛带着一种诡异的神情，让人毛骨悚然，步美吓得躲在了光彦身后。
参观过程中，水族馆突然发生了一系列奇怪的事情。先是灯光开始闪烁，接着是一些水族箱的玻璃出现了裂纹，里面的鱼类惊恐地游来游去。工作人员们忙作一团，试图查明原因。
柯南敏锐地察觉到事情不对劲，他和灰原哀开始在水族馆内四处查看。在一个偏僻的角落，他们发现了一些奇怪的工具和一些写满看不懂符号的纸张，灰原哀推测这些可能与某种神秘的仪式有关。
就在这时，他们听到了一阵低沉的咆哮声，似乎是从海象所在的区域传来的。两人急忙赶过去，发现海象变得异常暴躁，在水池里不停地翻滚撞击。而在海象的背上，似乎有什么东西在闪闪发光。
柯南利用他的眼镜仔细观察，发现那是一个奇怪的金属装置，好像在向海象发送着某种信号，刺激它发狂。灰原哀则在一旁寻找信号的来源，最终在控制室里发现了一个可疑的人正在操作着一台电脑。
这个人看到柯南和灰原哀后，试图逃跑。柯南用足球挡住了他的去路，灰原哀则冷静地说：“你为什么要这么做？是想利用海象制造混乱吗？”
原来，这个人是一个疯狂的动物保护组织成员，他认为水族馆囚禁了海象，剥夺了它的自由，所以想要制造混乱让水族馆关闭。他在海象身上安装了刺激装置，想要让海象看起来像传说中的“人面海象”怪物，引起人们的恐慌。
柯南和灰原哀劝说他，这样的行为不仅会伤害海象，还会危及到其他游客的生命安全。在两人的劝说下，这个人终于认识到了自己的错误，关闭了刺激装置，海象也逐渐恢复了平静。
离开水族馆时，灰原哀看着水族馆的招牌说：“有时候，人们总是以爱的名义去做一些错误的事情。”柯南点点头：“嗯，但只要能及时认识到错误，就还有挽回的余地。”
人们总为了自己心中的正义不惜把一只海象做成人面海象错误的方法只会受到海象疯狂的撞击也许这个案子只是希望我们让你能爱护动物不要伤害和恶意改变一只海象。