夜幕如一块巨大的黑色幕布，沉甸甸地笼罩着米花町。白日里的喧嚣渐渐退去，黑暗中似乎有什么在悄然涌动。
毛利侦探事务所内，毛利小五郎早已喝得酩酊大醉，趴在桌子上鼾声如雷。小兰在一旁无奈地摇了摇头，正在收拾着满桌的啤酒罐。工藤新一和宫野志保坐在沙发上，轻声讨论着最近发生的案件。
突然，一阵急促的电话铃声打破了宁静。小兰接起电话，脸色瞬间变得凝重起来。
“新一，志保，有案子了，是米花医院打来的，说是发生了很奇怪的事情。”小兰放下电话，着急地说道。
新一和志保对视一眼，立刻起身，与小兰一起赶往米花医院。
来到医院，值班的护士脸色苍白地将他们带到了一间病房前。病房的门半掩着，里面透出微弱的灯光。
“就是这里了，今晚已经有好几个护士说听到了奇怪的声音，好像是心跳声，可是这间病房并没有病人。”护士颤抖地说道。
新一推开门，走进病房。房间里弥漫着一股淡淡的消毒水味，一切看起来都很正常，只是那若有若无的心跳声让人感觉毛骨悚然。
“这心跳声好像是从隔壁传来的。”志保敏锐地察觉到声音的来源。
他们来到隔壁病房，发现里面住着一位昏迷的老人。老人身上插着各种仪器，旁边的心电监护仪显示着平稳的心跳线。
“奇怪，心跳声不像是从他这里发出来的啊。”新一疑惑地说道。
就在这时，心电监护仪上的心跳线突然开始剧烈波动，发出刺耳的警报声。医生和护士们迅速赶来，对老人进行抢救。然而，令人惊讶的是，老人的心跳很快恢复了正常，仿佛刚才的一切只是一场错觉。
“难道是仪器出了故障？”小兰问道。
“不太可能，我检查过仪器，没有问题。”一名医生说道。
新一和志保决定留在医院继续调查。他们在医院的走廊里四处查看，发现了一些奇怪的痕迹，似乎有人在半夜里拖着什么东西走过。
“这些痕迹好像是通往地下室的。”志保顺着痕迹来到了地下室的入口。
地下室里阴暗潮湿，弥漫着一股腐臭的气味。他们小心翼翼地走着，心跳声越来越清晰。
“在那里！”新一指着一个角落，只见一个黑色的箱子放在那里，心跳声正是从箱子里传出来的。
他们打开箱子，发现里面竟然是一颗心脏，还在有节奏地跳动着。
“这怎么可能？心脏离开人体怎么还能跳动？”小兰惊恐地说道。
新一和志保仔细观察，发现心脏上连接着一些奇怪的电线和装置，似乎是有人在利用某种技术让心脏保持跳动。
“这一定是人为的，有人在进行非法的实验。”志保说道。
就在他们准备进一步调查时，突然听到了一阵脚步声。一群黑衣人出现在他们面前，为首的人戴着面具，看不清面容。
“你们不该来这里的，既然来了，就别想走了。”面具人冷冷地说道。
黑衣人们立刻向他们扑了过来。新一和志保与黑衣人展开了激烈的搏斗，小兰也在一旁寻找机会帮忙。
在关键时刻，警方赶到了现场，将黑衣人全部抓获。原来，这些黑衣人是一个非法组织的成员，他们在医院的地下室进行着非法的器官移植实验，试图制造出一种可以让人长生不老的方法。
而那颗跳动的心脏，就是他们从一个受害者身上取下来的，利用特殊的装置让心脏保持跳动，以便进行研究。
“这些人太可恶了，为了自己的私欲，竟然做出这种事情。”小兰气愤地说道。
“幸好我们及时发现了，不然还不知道会有多少人受害。”新一说道。
午夜心跳案终于告破，医院也恢复了往日的平静。工藤新一、宫野志保和小兰看着被带走的黑衣人，心中感慨万千。他们知道，在这个世界上，正义与邪恶的斗争永远不会停止，但他们会一直坚守在正义的一方，用自己的力量守护着每一个人的生命和安全。