黑衣组织覆灭后，柯南和灰原哀本以为能迎来平静生活，然而，一系列诡异事件打破了这份安宁。警方在城市边缘一处废弃工厂进行后续清查时，意外发现了一些用黑色塑料袋包裹的人体残肢。消息传来，柯南和灰原哀立刻赶到现场。
踏入工厂，一股腐臭气息扑面而来。警方已拉起警戒线，法医正在对残肢进行初步检查。柯南和灰原哀戴上手套，小心翼翼靠近。看着那些血腥且令人作呕的残肢，灰原哀不禁皱眉，柯南则一脸严肃，眼神中透露出坚定的决心。
“这些残肢似乎是被精心切割的，手法很专业，不像是普通凶案。”柯南低声说道，同时仔细观察着周围环境，试图寻找线索。
“而且选择在废弃工厂这种隐蔽地方丢弃，凶手是想隐藏什么。”灰原哀补充道，她蹲下身子，仔细查看残肢切口，“从切口的平整程度来看，使用的工具应该很锋利，类似手术刀之类的专业器械。”
警方初步经过检验，发现这些残肢来自不同个体，男女老少皆有，且死者死亡时间并不一致，似乎凶手在长时间内持续作案。柯南和灰原哀决定深入调查，他们从工厂周边开始，询问附近居民。但这里大多是废弃建筑，鲜有人居住，调查陷入僵局。
回到阿笠博士的研究所，柯南和灰原哀开始整理线索。柯南在白板上画出关系图，将残肢发现地点、死者可能身份等信息一一罗列。
“会不会和黑衣组织余党有关？也许他们想通过这种方式制造恐慌，报复社会。”灰原哀猜测道。
柯南摸着下巴，思考片刻后说：“有这种可能，但目前没有直接证据表明两者关联。我们还需要更多线索，比如找到死者身份，了解他们之间的联系。”
于是，他们开始借助警方数据库，对残肢的dNA进行比对。经过漫长等待，终于有了结果。其中一名死者是一位曾经参与医学研究的研究员，而其他几名死者也都或多或少与医疗行业有所关联。
“看来这些死者的身份并非巧合，凶手的目标似乎是医疗相关人员。”柯南说道，眼中闪过一丝光亮。
他们顺着这条线索，调查该研究员生前参与的研究项目。发现他曾在一个秘密基因改造项目工作，而这个项目因违反伦理道德被紧急叫停。
“也许凶手认为这些人是基因改造项目的帮凶，所以展开报复。”灰原哀推测道。
随着调查深入，他们逐渐锁定了一个嫌疑人——曾经在基因改造项目中失去亲人的男子。柯南和灰原哀立刻将线索提供给警方，并协助警方展开追捕。在一处破旧公寓内，警方成功将嫌疑人抓获。
嫌疑人对罪行供认不讳，他痛恨那些参与基因改造项目的人，认为是他们间接害死了自己的亲人，所以策划了这场残忍的报复行动。随着嫌疑人落网，人体残肢案终于告破，柯南和灰原哀也暂时松了一口气，然而他们知道，未来也许还会有新的挑战等待着他们。