不完美之种与秩序湮灭炮相撞的刹那，整个宇宙的时空如同被投入巨石的湖面，泛起层层扭曲的涟漪。秦逸的意识在能量风暴中震荡，他看到无数个自己在平行宇宙中挥剑斩向秩序之网，每一道剑光都带着对自由的渴望，却又在即将成功时被网丝吞噬。“不能重蹈覆辙！”他怒吼着将神农本源与归墟残能彻底融合，终焉之剑爆发出超越维度的光芒。
秩序之网的裂痕以不完美之种为中心迅速蔓延，幽蓝符文在强光中扭曲崩解。被孢子侵蚀的宇宙胚胎开始苏醒，原本黯淡的生命火种重新燃起，化作千万道金色流光射向秩序之网。裂缝文明的科学家突然高呼：“是胚胎的反击波！它们在利用自身的创生之力对冲秩序代码！”然而，虚影却在此时挥动权杖，秩序之网的核心处浮现出一个巨大的“秩序熔炉”，将所有反击能量吸入其中。
“你们太天真了。”虚影的声音混着机械轰鸣，“这熔炉本就是为炼化宇宙本源而造，就用你们的反抗，来铸就新秩序的基石！”熔炉表面的符文亮起，释放出能将能量转化为秩序之力的“熵锁光束”。自由方舟的量子护盾在光束中滋滋作响，觉醒者们的身体也开始出现符文化的迹象，仿佛即将被强行改写成秩序傀儡。
千钧一发之际，林婉的星光突然暴涨，她的虚影从花蕊中升起，白发化作星链缠绕在秦逸腰间：“还记得共生之道的真谛吗？不是对抗，而是接纳所有可能性！”她引导秦逸将苏瑶药晶的“不完美”力量注入熔炉——药晶碎片在高温中分解，化作无数蕴含矛盾与希望的能量颗粒，打乱了熔炉的秩序转化程序。
熔炉内部传来剧烈震动，虚影的身体开始变得透明。他疯狂地将秩序核心的残骸嵌入熔炉，嘶吼道：“启动最终净化协议！”刹那间，秩序之网的所有网丝收缩成一把巨大的“秩序镰刀”，刀刃上流转的能量足以将整个宇宙切割成完美的几何碎片。觉醒者领袖见状，毅然将自由之种抛向镰刀：“我们的生命，就是最锋利的逆命之刃！”
自由之种与秩序镰刀相撞的瞬间，爆发出的能量将方舟掀飞。秦逸在混乱中抓住终焉之剑，发现剑身上浮现出初代神农最后的记忆——远古时期，神农为阻止绝对秩序的诞生，将自己的半缕元神封印在毁灭之锁中，而这缕元神，此刻正与剑中的本源产生共鸣。“原来，真正的共生之力...”他眼中闪过顿悟的光芒，将自身意识沉入剑中，与神农元神合二为一。
当秦逸再次睁开眼，他的周身环绕着混沌与秩序交织的光晕。他挥动终焉之剑，斩出一道横跨宇宙的“共生之刃”。刀刃所过之处，秩序镰刀寸寸崩解，网丝化作飞灰。虚影发出不甘的怒吼，身体被共生之力分解成数据流。但在彻底消散前，他将秩序核心的残骸掷向最近的宇宙胚胎——核心穿透胚胎表面，开始疯狂吸收创生能量。
“不好！他要把胚胎改造成新的秩序核心！”残缺派修士发动禁术，试图延缓核心的侵蚀。秦逸立刻冲向胚胎，不完美之种的根系也随之延伸，在胚胎周围形成保护屏障。但核心释放的“秩序腐蚀液”太过强大，屏障表面不断冒出青烟。
此时，星孩的锈蚀银针突然从虚空中飞来，刺入核心表面。银针残留的时间之力与胚胎的创生之力产生共振，形成能回溯物质本源的“时光漩涡”。秦逸抓住机会，引导共生之力注入漩涡。在时空逆流中，秩序核心的残骸逐渐还原成最初的形态——一颗纯净的宇宙胚胎种子。
危机暂时解除，自由方舟悬浮在满目疮痍的星空中。不完美之种的根系轻轻包裹住所有胚胎，叶片上的白发纹路流淌着治愈的光芒。但在宇宙的暗面，被分解的虚影数据流正在悄然重组，他的意识附着在一片孢子上，冷笑道：“这场游戏...还远没有结束。”而秦逸望着怀中的终焉之剑，剑身上的神农元神微微闪烁，仿佛在预示着下一场更严峻的挑战。