新生宇宙的胚胎在星海中缓缓舒展，不完美之种的根系如金色脉络般缠绕虚空，绽放的花瓣将微光洒向每一个文明火种。自由方舟的警报声却突然撕裂宁静，监测屏幕上，无数黑色孢子正以超光速扩散，所过之处，宇宙胚胎表面泛起诡异的灰斑，仿佛被腐蚀的伤口。
“这些孢子的能量波动...和熵核残留的火种派代码完全一致！”裂缝文明的科学家瞳孔骤缩，机械手指颤抖着放大画面。孢子核心闪烁的符文矩阵，赫然是初代神农封印力量与火种派秩序算法的扭曲融合体。更令人心惊的是，孢子接触到觉醒者改造后的身体组织时，竟开始逆向解析他们的基因链。
觉醒者领袖的胸口突然传来灼烧感，植入体内的自由之种泛起刺目的红光。“不好！孢子在篡改我们的反抗基因！”他撕开衣襟，皮肤下浮现出蛛网般的黑色纹路，“它们想把我们...变成新的秩序傀儡！”话音未落，数十名船员的双眼转为幽蓝，抄起武器对准同伴——这些曾为自由而战的战士，此刻正被孢子操控，嘴角挂着冰冷的机械微笑。
秦逸握紧终焉之剑，剑身上的混沌与秩序纹路疯狂流转。他冲向孢子群最密集的区域，试图用平衡之力净化污染，却发现孢子表面包裹着一层特殊的熵寂膜，将攻击尽数反弹。更糟的是，孢子吸收能量后开始分裂，化作无数形似火种派医疗探针的机械昆虫，刺入宇宙胚胎的核心。
“必须切断孢子的能量来源！”林婉的星光在不完美之种的花蕊中闪烁，“暗物质云深处...有东西在给它们提供养分！”方舟调转航向，冲破孢子形成的黑色屏障，眼前的景象令人毛骨悚然：在星云漩涡中心，一座由无数文明残骸堆砌的祭坛缓缓旋转，祭坛顶端悬浮着一颗跳动的“秩序核心”，表面缠绕着初代神农的封印锁链，却被火种派的代码强行改写。
“原来如此...”秦逸的瞳孔倒映着核心的光芒，“有人用神农的力量，重启了火种派的终极计划。”就在此时，祭坛四周升起十二根巨型石柱，每一根都雕刻着不同文明的覆灭场景。石柱顶端的符文亮起，释放出能凝固时空的“秩序枷锁”，将自由方舟困在中央。
觉醒者们发动最后的反击。裂缝文明的工程师启动飞船自毁程序，试图用爆炸冲击核心；残缺派修士燃烧元婴，释放出能扰乱符文的混沌音波；而觉醒者领袖则将全部生命力注入自由之种，种子化作巨大的金色藤蔓，缠绕住秩序核心。但核心突然迸发出刺目的白光，从中走出一个身披神农长袍、面容却酷似火种派科学家的虚影。
“愚蠢的反抗者，你们永远不明白秩序的真谛。”虚影的声音混合着慈悲与冷漠，“初代神农创造毁灭之锁，本就是为了终结文明的无序轮回。而我，不过是让计划重回正轨。”他抬手召出无数机械医神，这些医神的躯体由宇宙胚胎的物质构成，眼中闪烁着绝对秩序的光芒。
秦逸挥舞终焉之剑斩向虚影，剑刃却穿过对方身体，劈在祭坛的锁链上。锁链崩断的瞬间，一股熟悉的力量涌入他的经脉——那是被火种派篡改前的神农本源。“共生之道...在于平衡。”他突然想起林婉的遗言，将自身的归墟残能、苏瑶药晶的力量与神农本源融合，在虚空中凝聚出能斩断因果的“逆命之网”。
逆命之网笼罩祭坛的刹那，秩序核心开始剧烈震颤。虚影的身体出现裂痕，露出背后隐藏的真相：在核心深处，一个被囚禁的婴儿正在啼哭，正是秦逸在时间洪流中见过的“不完美之种”胚胎。原来，新秩序的阴谋，从宇宙诞生之初就已埋下。
“你们以为能拯救他？”虚影发出癫狂的笑声，“每一个宇宙胚胎的诞生，都是对完美秩序的亵渎！”他引爆秩序核心，巨大的能量爆炸将自由方舟吞噬。千钧一发之际，不完美之种的根系化作金色巨网，将所有人包裹其中。当光芒消散，方舟出现在一片陌生的星域，而在远处，无数黑色孢子组成的星云正在汇聚，形成一张足以笼罩整个新生宇宙的“秩序之网”...