董卓刚进入洛阳时，他的步骑加起来不过三千人。他心里明白，这点兵力很难让远近的人信服。于是，他想出了一个计策。每隔四五天，他就会在夜里悄悄派兵从四个城门出城，第二天再大张旗鼓地打着旌旗、敲着战鼓进城，还故意宣称：“西边的援兵又到洛阳了！”旁人都没有察觉，还以为董卓的军队源源不断，多得数都数不清。就这样，董卓凭借着一系列手段，在洛阳站稳了脚跟，开启了他权倾朝野的时代，也将东汉王朝推向了更加黑暗的深渊 。
在大将军何进谋划铲除阉官之时，曾派遣骑都尉太山鲍信到各地招募兵马。鲍信刚刚带着招募的士兵赶回洛阳，就敏锐地察觉到董卓心怀不轨。他心急如焚地找到袁绍，焦急地说道：“董卓如今手握强兵，看他的架势，恐怕有篡逆的野心。如果不趁早想办法对付他，我们迟早会被他控制。现在他刚到洛阳，军队还很疲惫，正是我们突袭他的好时机，若能把握，定能将他擒获！”
然而，袁绍心中对董卓的势力十分忌惮，他瞻前顾后，犹豫不决，终究还是不敢发动突袭。鲍信见袁绍如此胆小怯懦，心中失望至极，无奈之下，只好带着自己招募的士兵返回了家乡。
此时的洛阳城，因为一场久旱不雨的天灾，朝廷上下人心惶惶。董卓趁机利用这个机会，以久旱为由，迫使皇帝策免了司空刘弘，自己取而代之。没过多久，他又凭借各种手段升任太尉，还获得了假节钺虎贲的权力，一时间权势滔天。
手握大权的董卓，野心愈发膨胀，竟然打起了废立皇帝的主意。他在朝堂上召集群臣，商议道：“天地为大，君臣次之，这是治理国家的根本。如今的皇帝昏庸懦弱，根本无法承担起供奉宗庙、君临天下的重任。我想效仿伊尹、霍光的先例，废掉当今皇帝，改立陈留王，各位意下如何？”
此言一出，朝堂上顿时一片哗然。尚书卢植挺身而出，义正言辞地反对道：“当年太甲被立为帝后，昏庸无道，伊尹才将他放逐到桐宫；昌邑王在位仅仅二十七日，就犯下了千余条罪行，霍光这才废了他。可如今的皇帝年纪尚轻，行为并无过失，怎能与之前的情况相提并论？”董卓听后，顿时怒目圆睁，他猛地站起身来，拂袖而去，还扬言要诛杀卢植。幸好侍中蔡邕赶忙上前劝阻，卢植才得以保住性命。
到了九月甲戌日，董卓再次大会群臣。他一脸阴沉地说道：“太后逼迫永乐太后，致使太后忧愤而死，这违背了婆媳之间的礼仪，毫无孝顺的美德。当今天子年幼，性格软弱，根本没有君主的威严。从前伊尹放逐太甲，霍光废掉昌邑王，这些事都记载在典籍之中，众人皆认为是正确之举。如今太后就应该像太甲一样，皇帝也应如同昌邑王。而陈留王仁爱孝顺，应当继承皇位。”
说罢，他命人宣读早已准备好的策书：“孝灵皇帝未能尽享长寿之福，早早离世。皇帝继承皇位，天下人都寄予厚望，可他生性轻浮，举止没有威严，在守丧期间懈怠懒惰，毫无哀伤之情；恶行昭彰，淫秽之事也传了出来，损害了皇位的尊严，玷污了宗庙。皇太后缺乏母仪天下的风范，执政混乱不堪。永乐太后突然驾崩，众人议论纷纷，疑虑重重。三纲之道，是天地间的根本法则，如今却出现了如此大的缺失，这是极大的罪过。陈留王刘协，品德高尚，举止合乎规矩，天庭饱满，地阁方圆，有尧帝之相；守丧期间哀伤悲痛，言语从不涉及邪念，聪慧过人，有周成王的美好品德。他的美名，天下皆知，理应继承大业，成为万世之主，继承宗庙的祭祀。因此，废掉皇帝，降为弘农王。皇太后也应归还政权。”
尚书读完策书后，朝堂上一片死寂，群臣面面相觑，谁也不敢说话。这时，尚书丁宫站出来说道：“上天降祸于汉室，致使国家丧乱不断。昔日祭仲废掉郑昭公忽，改立郑厉公突，《春秋》都称赞他的权宜之计。如今大臣们为了国家社稷着想，做出这样的决定，实在是顺应天意民心。让我们为新君的即位欢呼万岁！”
就这样，董卓成功废掉少帝，改立陈留王为帝，即汉献帝。随后，他又将弘农王和何太后残忍杀害。董卓自任相国，被封为郿侯，还享有赞拜不名、剑履上殿的特权。他的母亲也被封为池阳君，家中还设置了家令、丞等官职。
董卓率领着精锐之师来到洛阳，恰逢帝室大乱，他得以独揽废立大权，占据了武库中的兵器和国家的珍宝，一时间威震天下。然而，他生性残忍不仁，为了树立自己的权威，常常使用严刑峻法来威慑众人。哪怕是一点小小的仇怨，他也必定会报复，弄得朝中人人自危。
有一次，侍御史扰龙宗前去向董卓汇报事情，因为进宫时没有解下佩剑，董卓便认为他冒犯了自己的威严，当场下令将扰龙宗打死。这一暴行震惊了整个京城，人们对董卓更加畏惧。
不仅如此，董卓还对何苗的尸体进行了惨无人道的报复。他派人挖出何苗的棺材，将尸体拖出，残忍地肢解后扔在路边。何苗的母亲舞阳君也未能幸免，被董卓派人抓起来杀害，尸体被随意丢弃在苑中的枳落里，无人敢去收敛。
还有一回，董卓派遣军队到阳城。当时正值二月社日，百姓们都在社下举行祭祀活动。董卓的军队一到，就将所有男子的头全部砍下来，然后驾着他们的车牛，抢走妇女和财物。士兵们把砍下的头颅系在车辕轴上，一辆辆车接连不断地返回洛阳，还谎称是攻打贼寇大获全胜，一路上高呼万岁。进城后，他们将那些头颅焚烧，把抢来的妇女赏给士兵们做婢妾，甚至还做出奸淫宫中宫女和公主的恶行。董卓的种种暴行，实在是令人发指。
起初，董卓对尚书周毖、城门校尉伍琼等人极为信任，听从他们的举荐，让韩馥、刘岱、孔伷、张咨、张邈等人分别出任各州郡的长官。董卓本以为这些人会对自己感恩戴德，成为他在地方上的助力，却没想到，韩馥等人到任之后，竟然联合起来，集结兵力，准备一同讨伐他。
董卓得知这个消息后，暴跳如雷，他认定是周毖、伍琼等人与这些人串通一气，背叛了自己。盛怒之下，他下令将周毖、伍琼全部斩杀。
其实，这其中还有些不为人知的故事。周毖，字仲远，是武威人；伍琼，字德瑜，汝南人。说起伍琼，还有另外一种说法。在谢承所着的《后汉书》中，记载着一个叫伍孚的人，他年少时就有着高尚的气节。伍孚曾担任郡里的门下书佐，当时他家乡的邑长犯了罪，太守让伍孚去传达命令，让督邮将邑长收押。伍孚却伏地劝谏道：“即使君主不遵守为君之道，臣子也不能不恪守为臣之礼。大人怎能让我去传达命令，抓捕自己家乡的邑长呢？恳请大人换其他人去。”太守觉得他很有骨气，便听从了他的请求。后来，大将军何进征召伍孚为东曹属，他逐渐升迁，担任了侍中、河南尹、越骑校尉等职。董卓祸乱朝政时，满朝文武都惊恐万分。伍孚身穿小铠，在朝服里藏着佩刀去见董卓，打算找机会刺杀他。谈话结束后，董卓送他到阁中，伍孚趁机拔刀刺向董卓。可惜董卓力气很大，向后一闪，伍孚没能刺中，反而被董卓抓住。董卓怒喝：“你竟敢谋反？”伍孚大声骂道：“你不是我的君主，我也不是你的臣子，谈何谋反？你祸乱国家，篡夺君位，罪恶滔天。今日就是我的死期，但我就是来诛杀你这个奸贼的，只恨不能将你在街市上车裂，以谢天下！”最终，伍孚被董卓杀害。至于伍孚到底是伍琼的别名，还是另有其人，就不得而知了。
与此同时，河内太守王匡也对董卓的恶行忍无可忍，他派遣泰山兵屯驻在河阳津，准备起兵讨伐董卓。董卓得知消息后，心生一计。他先派出疑兵，装作要从平阴渡黄河的样子，吸引王匡军队的注意力，暗中却派遣精锐部队从小平津北岸渡河，绕到王匡军队的后方发动突然袭击。王匡的军队毫无防备，在津北被打得大败，士兵死伤殆尽。
接连的变故让董卓意识到，山东的豪杰们纷纷起兵反对他，这让他整日惶恐不安。于是，在初平元年二月，董卓做出了一个大胆的决定——迁都长安。他召集公卿大臣们商议此事，司徒杨彪第一个站出来反对：“从前盘庚五次迁都，殷地的百姓都满心怨恨，盘庚为此作了三篇文章来开导天下百姓。如今海内还算安稳，无缘无故迁都，恐怕会惊扰百姓，让他们像沸腾的蚂蚁一样聚集起来闹事。”董卓却不以为然，反驳道：“关中土地肥沃富饶，当年秦国就是凭借这里的优势吞并了六国。现在迁都西京，要是关东的豪强敢有所动作，我就用强大的兵力去逼迫他们，让他们死无葬身之地！”杨彪依旧坚持：“让天下动荡很容易，可想要安定下来却难如登天。而且长安的宫室早已破败不堪，短期内根本无法修复。”董卓不耐烦地说：“汉武帝时在杜陵南山下有几千处瓦窑，我们再从凉州运来木材，建造宫室并非难事。”见杨彪还是不同意，董卓脸色一沉，威胁道：“你是想阻挠我的计划吗？边章、韩约来信，都要求朝廷必须迁都。要是他们的大军东下，我可就救不了你了，你大可以和袁绍他们一起西行！”杨彪毫不畏惧，回应道：“我本就来自西方，只是担心天下局势罢了！”
这场商议不欢而散，董卓怀恨在心，他命令司隶校尉宣璠以灾异为由弹劾杨彪，随后便罢免了杨彪的官职。