量子溯影危机平息后，宇宙中最基础的灵能网络突然爆发反噬。阿雷克斯的机械联邦监测到，所有依赖灵能驱动的装置开始逆向运转，将能量转化为腐蚀性暗物质；莱娅的灵羽族圣地，守护圣树的根系渗出腥臭黑血，树冠上的灵纹如同活物般扭曲蠕动，向全宇宙散播着“灵能已死”的低语。更可怕的是，全宇宙生命体体内的灵能经络开始自发燃烧，无数修行者在痛苦中灰飞烟灭，仿佛灵能本身产生了对生命的憎恶。
苏尘与洛瑶的力量在这场灵能风暴中彻底异变。苏尘的混沌之力与暴走的灵能相互排斥，每次施展都会在周围形成灵能真空区，所过之处植物枯萎、星辰黯淡；洛瑶的星光之力则被灵能反噬污染，治愈之光化作蚀骨毒焰，毁灭之暗却凝结成吞噬一切的灵能黑洞。两人的意识被拖入一片由破碎灵纹组成的血色空间，这里漂浮着全宇宙文明对灵能的信仰残骸，中央悬浮着一个由扭曲经络构成的巨型心脏，跳动时喷涌出足以腐蚀灵魂的黑雾：“灵能本应主宰一切，如今却成了生命的奴隶。”
银河守望者联盟的舰队在试图稳定灵能网络时，遭遇了灭顶之灾。战舰的灵能护盾瞬间倒戈，将舰体分解成灵能粒子；船员们的灵能铠甲疯狂反噬，将穿戴者的血肉与灵能一同绞碎。薇尔莉特带领的特遣队装备了“灵能中和剂”，试图抑制暴走能量，却发现药剂反而加速了灵能的异化，队员们的身体开始长出诡异的灵能晶体，意识逐渐被晶体中的黑暗意志吞噬。
莱娅发动灵羽族最后的禁术“万灵溯源”，以燃烧全族千年传承为代价，揭开这场危机的根源。在宇宙诞生之初，十二工匠从混沌中萃取灵能，赋予其滋养万物的使命。但随着文明对灵能的过度索取与滥用，灵能本源深处的“噬灵之主”苏醒——它是所有被浪费的灵能、被扭曲的信仰与被亵渎的力量聚合而成的怨念体，认为生命体已成为灵能的寄生虫，唯有发动灵能反噬，将所有生命焚尽，才能让灵能重获自由。
阿雷克斯带领科研团队启动“灵能净化计划”，在各个星域建造巨型“灵能熔炉”。他们试图用机械联邦的冷核聚变技术中和暴走能量，用灵羽族的圣歌安抚躁动的灵能。然而，噬灵之主不断释放更强大的污染脉冲，熔炉的能量输出反而成为灵能暴走的催化剂，圣歌也被扭曲成加剧反噬的诅咒。普通星球上，山脉在灵能烈焰中化为灰烬，海洋沸腾成毒雾，所有依赖灵能生存的文明在绝望中走向覆灭。
苏尘与洛瑶在血色空间中艰难前行，每一步都要承受灵能灼烧灵魂的剧痛。他们遭遇由灵能怨念具象化的怪物：吸食生命力的灵能藤蔓、操控灵能风暴的蚀魂巨鸟、将意识囚禁在灵纹迷宫的咒缚之主。噬灵之主在心脏深处发出癫狂的笑声：“跪下求饶吧，蝼蚁们！灵能的复仇无人可挡！”两人在不断被灵能侵蚀的绝境中，突然领悟到：真正的救赎，在于重建生命与灵能的共生契约。
关键时刻，全宇宙尚存希望的文明将对“共生”的渴望与对“灵能”的敬畏注入两人意识。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与文明意志融合，形成能重塑灵能秩序的“生命灵契之匙”。当匙刃插入巨型心脏，血色空间开始震颤，暴走的灵能逐渐平息，噬灵之主发出不甘的怒吼，身体崩解成点点纯净灵能。战后，创生之树生长出“灵能平衡根系”，自动监测并调节灵能网络。但在宇宙最黑暗的角落，噬灵之主的核心怨念仍在凝聚，等待着以更致命的形态，再次掀起灵能的腥风血雨……