在成功摧毁引发能量旋涡的黑色晶体，拯救了这个星系后，联合小队并没有立刻离开，而是留下来协助当地文明处理这场危机的余波。虽然能量旋涡已经消失，但星系内各星球遭受的破坏十分严重。许多星球的生态系统濒临崩溃，科技设施也大多毁于一旦。
科研人员迅速与当地的科研力量合作，制定了详细的星球修复计划。他们利用先进的基因修复技术，帮助那些受到能量冲击影响的生物恢复正常的基因序列。在一颗绿色植被几乎全部枯萎的星球上，科研人员通过基因改造的微生物，将它们播撒在土壤中。这些微生物能够分解土壤中的有害物质，并释放出促进植物生长的营养物质。没过多久，原本荒芜的土地上便重新长出了嫩绿的新芽。
同时，科研人员还致力于修复星球的能源系统和通讯网络。他们在各个星球上建立起临时的能量转换站，为居民提供基本的能源供应。对于受损的通讯网络，他们采用了一种分布式的通讯技术，利用星球间的自然能量场作为信号传输介质，重新建立起了星系内各星球之间的联系。
特战队员们则协助当地的防御部队，对星系进行全面清查，确保没有因能量旋涡引发的其他潜在威胁。在清查过程中，他们发现一些星球的地下隐藏着奇怪的能量波动。经过深入探测，这些波动来自于一些残留的黑暗晶体碎片。这些碎片似乎受到了之前能量旋涡的影响，蕴含着不稳定的能量。特战队员们小心翼翼地收集这些碎片，将它们集中起来，由科研人员进行研究和妥善处理，防止它们再次引发危险。
神秘守护者们在精神层面安抚着当地居民的情绪。许多居民在这场危机中受到了严重的精神创伤，对未知的恐惧深深地烙印在他们心中。神秘守护者们通过举办精神力疏导讲座和一对一的精神辅导，帮助居民们驱散心中的阴霾，重拾生活的信心。在一个遭受重创的城市中，神秘守护者们运用精神力营造出一种温暖、宁静的氛围，让居民们在这种氛围中逐渐平复紧张的情绪，重新燃起对未来的希望。
然而，在处理余波的过程中，联合小队发现了一些新的隐患。科研人员在对黑色晶体碎片进行分析时，发现其中蕴含着一种与黑暗势力能量截然不同，但同样具有强大破坏力的能量形式。这种能量似乎具有自我复制和进化的能力，即使在晶体破碎后，依然能够在一定条件下重组。而且，通过对古老遗迹中更多信息的解读，他们得知这个古老文明的禁忌实验并非孤立事件，在宇宙的其他角落，可能还存在着类似的危险隐患。
神秘守护者们在精神探测中，也感受到了一种若有若无的精神波动，这种波动与之前在能量旋涡中感受到的恶意有所关联，但更加隐晦和难以捉摸。这让他们担心，或许还有其他隐藏的势力在暗中观察着这一切，等待着合适的时机再次引发灾难。
联合小队意识到，虽然他们成功解决了眼前的危机，但宇宙面临的潜在威胁依然存在。他们需要更加深入地研究这种新出现的能量形式，加强对宇宙的监测，寻找可能存在的其他危险隐患。一场新的挑战或许正在悄然降临，联合小队将再次肩负起守护宇宙的重任，为了全宇宙的和平与安宁，继续踏上充满未知的征程。