康熙十六年刚开年，天下便大战不断，在西北，去年王辅臣投降之后，康熙下令恢复王辅臣原官职，并加太子太保，升为“靖寇将军”，留图海与其一起“留镇陕西”，令其立功赎罪，抽调满蒙精兵补充荆州、赣北等地，同时令佛尼勒领张勇、王进宝等部陕甘绿营攻击吴军吴之茂、王屏藩等部，试图收复汉中，彻底解除西北地区的威胁。
吴之茂听闻王辅臣投降，引军自秦州南撤，遭到清军追击后大败，吴之茂仅携十余骑越山而逃，清军一口气收复阶州、礼县、固原、庆阳、嘉峪关等地，行侧翼将汉中的王屏藩半包围起来。
此时吴三桂的精力却没有放在情势危急的西北，而将注意力放在了吞并广西之上，自潮州之战后，胡国柱和马雄在领军返回广东之时突然发难，裹挟孙延龄将随之出征的孙部亲清将领及部众戮杀，随即以孙延龄的名义骗开广西各处关口直捣桂林，留在桂林的孔四贞毫无准备，被吴军擒获，依附孔四贞的孙部官将亦大半被吴军所杀。
至此，孙部只有傅弘烈一部领兵在赣州城，吴三桂逼令孙延龄和孔四贞写信招抚傅弘烈，傅弘烈得知吴军进占桂林，勃然大怒，回信斥责吴三桂：“先攻刘进忠、后攻我桂林，口口声声反清，所行皆屠戮盟友，何其卑劣？”
但吴三桂根本懒得跟他去打嘴仗，他现在早已没有了抗清之心，只希望借助清廷把围剿重点放在红营之上的这些时间，赶紧吞并周围大大小小的军头，彻底稳固吴藩对治下诸省的统治，于是一面派人出重金买通驻扎南安府的祖泽清所部，一面令马雄回兵广东，一面令吴世综进兵赣州府。
傅弘烈早有投清之意，但四面不是红营的地盘就是吴军的兵马，可谓孤立无援，傅弘烈又担心降吴之后早晚被吴三桂所杀，干脆抛弃赣州城和所部兵马，只带少数亲信和不愿投诚吴三桂的官将乔装逃跑，逃去福建投降清廷，随即吴世综进入赣州城，吞并了群龙无首的傅弘烈所部。
相比于吴军在南方的进展，在汉中的王屏藩却过得很艰难，被兵力优势的清军压缩在汉中一线，屡屡向吴三桂请援，吴军之中反倒有动议，蜀道艰难、补给困难，如今王辅臣已经投降，再陈重兵于汉中已无意义，不如干脆收兵返回四川，凭借蜀地地势据守。
好在吴三桂虽然不愿主动抗清，但好歹也没有弃地自守的打算，清楚汉中乃是四川屏障，怎能一仗不打就将其丢弃？没有采纳他们的意见，传令王屏藩死守汉中，西北清军与王辅臣便一直对峙攻伐至今。
东南方向，清耿联军于兴化以北的太平山包围郑军赵得胜所部二十六营官兵，赵得胜向附近的何佑求援，但何佑一直信不过赵得胜这个后来投降的辽东人，怀疑他与清军勾结施展诱敌之计，赵得胜指天发誓，何佑仍然不信，只是登高远望，坐看赵得胜所部被清军歼灭、赵得胜战死。
随后清军又集兵击溃何佑部，何佑“蓬发而逃”，郑军本部精锐损失殆尽，郑军军心大乱，清军轻易攻取泉州，郑军几乎全线溃退，放弃漳州、海澄等地逃回厦门，自康熙十五年耿精忠降清、清耿联军对郑军展开攻击以来，不到半年时间，郑军在福建等地占据的地盘几乎全部沦陷，只剩厦门一隅还在手中。
郑军退回厦门，士气低迷、军心涣散，杰书亲自领大军驻扎泉州，与厦门咫尺之遥，陈绳武、冯锡范二人劝说郑经放弃厦门逃回台湾，郑经心中生惧，本来想撤回台湾，但在路上看到百姓嚎哭挽留、声如海涛，也许是回想起永历年间被清军击败狼狈逃回台湾的耻辱，决定坐镇厦门，与厦门共存亡。
就在此时，刘国轩领所部人马抵达厦门，郑军士气复振，郑经心中稍安，收拢福建各部郑军，集兵数万，赐刘国轩尚方宝剑，令其统辖全军，副将以下任其处决，郑军军势复振。
正在泉州的杰书本就担忧厦门难攻，厦门四面环水，乃是一座岛城，最利于郑军水师发挥，明末清军便是在占据整个福建之后于厦门被郑成功挫败，数万大军土崩瓦解。
如今听闻郑军军势复，杰书自然不想重蹈覆辙，又得知建宁、邵武等福建西部地区有大量红营人马和政工干部活动，甚至跨境“肆虐”浙南，急于领军往闽西围剿红营、布置封锁，不想再与郑军纠缠，便派人招抚郑经，甚至承诺只要郑经退出厦门，可以任其“仿朝鲜例”建藩开国。
但郑经已下定决心留在厦门，也知道杰书又不是大清皇帝，根本做不了主，便复书曰：“夫万古至纲常之论，而千秋严华夏之辨……我家世受本朝之恩，每思克复旧业，以报高深……幸遇诸藩举义，诚欲向中原而共逐鹿之。倘天意厌乱、人心思汉，则一戎一旅，亦可转祸为福，何必裂冠毁冕，然后为识时务之俊杰哉？先王在日，只有二岛，尚欲大举征伐以复中原，况今又有台湾，进战退守权操自我，岂以一败易夙志！”
杰书无奈，只能令福建总督郎廷相、副都统胡图为主将分兵往闽西而去，自己则领主力分布于厦门一线，准备攻取厦门，与此同时，郑军也正从台湾征调兵马渡海来闽，郑经向天下发布延平王旨“……红营者，山贼野寇之辈、李闯流寇之遗孤，尚有复汉之心，举抗清之义帜、日夜肆虐于乡间村野、宣扬抗清之事，以至于其以游而不击之实，反攫取反清复汉之名…..”
“…….本王为大明正朔，反弃中原而就孤岛，与夷虏媾和，情何以堪？今虽有情穷势孤之势，然则亦有置之死地而后生之机，本王当大举众军，与清军决一死战，即便天不予我，亦可振奋士民之心，亦不负先王之夙愿！”
一时之间福建风云涌动，大战一触即发。