在经过一番周折后，佐助一行人终于抵达了北秘所。这里是一个神秘而危险的地方，隐藏着释放咒印力量的源头——重吾。重吾是一个具有特殊能力的人，他体内的咒印力量非常强大，但同时也给他带来了双重性格的困扰。
平时，重吾的性格温和，与人相处融洽，但当咒印爆发时，他就会失去理智，被杀人的冲动所控制。这种状态下的重吾极其危险，任何人都可能成为他的攻击目标。
佐助深知重吾的危险性，但他并没有退缩。相反，他决定利用自己的实力来震慑住处于咒印状态的重吾。当佐助展现出强大的实力时，重吾被他的气势所压制，逐渐恢复了理智。
重吾对于佐助的实力感到惊讶，同时也对他产生了浓厚的兴趣。作为君麻吕生前的好友，重吾一直想知道君麻吕不惜牺牲生命抓来的佐助究竟是个什么样的人。经过一番交流，重吾决定加入佐助的队伍，一起去实现他们的目标。
就这样，佐助的四人小队正式组成。他们给这个小队取名为“蛇”，寓意着他们像蛇一样狡猾、灵活，并且充满着致命的威胁。他们的目标只有一个，那就是杀死鼬，为君麻吕报仇。
随着“蛇”的出现，整个世界都将因为他们的行动而发生巨大的变化。木叶村得知了大蛇丸被佐助所杀的消息后，立刻展开了对佐助的搜索行动。他们不能让佐助这样的危险人物在外面游荡，必须将他找回或者消灭。
而此时的佐助，正在寻找鼬的路上。然而，他的旅程并不顺利，途中遭遇了“晓”的成员迪达拉和一个神秘的“面具男”。这场遭遇战将会给佐助带来怎样的挑战呢？
迪达拉曾经与宇智波鼬交过手，结果以失败告终。不仅如此，佐助还杀死了本该由他亲手解决的大蛇丸，这让迪达拉对佐助心生不满，于是他主动向佐助发起挑战。
在激烈的战斗中，两人都使出了浑身解数，互不相让。经过一番苦战，双方都身受重伤，迪达拉眼见无法战胜佐助，便心生一计，想要与佐助同归于尽。
然而，佐助拥有写轮眼这一强大的能力，他在关键时刻用写轮眼控制万蛇，成功地躲避了迪达拉的自爆攻击，从而幸免于难。
之后，“蛇”来到了“晓”的根据地，佐助在这里再次与鼬相遇。鼬见到佐助后，并没有立刻动手，而是指示佐助前往宇智波一族的故地，去那里做个了断。
佐助听从了鼬的指示，来到了宇智波一族的故地。在这里，他与鼬展开了一场惊心动魄的对决。两人一边交谈，一边进行着激烈的战斗。
在战斗过程中，佐助从鼬的口中得知了一个惊人的消息：宇智波一族的原首领、木叶村的创立者之一——斑竟然还活着！而且，斑与鼬联手灭掉了整个宇智波一族。
更让人震惊的是，斑是宇智波一族中第一个开启万花筒写轮眼的人，他还曾以这双眼睛驯服了九尾。这个消息对于佐助来说，无疑是一个巨大的冲击。
佐助之前就已经阅读过关于一族的石碑，知晓了万花筒写轮眼最终会失明这一残酷的事实。然而，就在他与鼬的决战前夕，鼬却向他透露了一个惊人的秘密——原本就是万花筒写轮眼拥有者的人，可以从自己兄弟那里夺取同样的眼睛，从而创造出一种带有独特力量的新眼睛，被称为“永恒万花筒写轮眼”。
佐助震惊地听着鼬的讲述，这才恍然大悟，原来鼬当年故意留下他的性命，就是为了让他成为自己获取永恒万花筒写轮眼的关键。在明白了这一切之后，佐助毫不犹豫地与鼬展开了一场惊心动魄的生死较量。
两兄弟你来我往，不断使出各自的绝招，互不相让。佐助的实力已经有了质的飞跃，他在与鼬的交锋中，展现出了惊人的成长和进步。他先后破解了鼬最强的精神攻击“月读”以及最强的物理攻击“天照”，但这也让他耗费了大量的查克拉。
尽管如此，佐助并没有丝毫退缩之意。他深知这场战斗的重要性，决定用自己精心准备的最强技能来一决胜负。就在这时，人们才发现，佐助之前使用的豪龙火之术射向天空并非是为了攻击鼬，而是另有深意。
原来，佐助的目的是通过豪龙火之术制造出积雨云，进而引发雷电。他巧妙地利用了自然界巨大的雷电之力，将其通过手中的雷电引导向鼬。这一招可谓是出其不意，让鼬完全措手不及。
这一招“麒麟”威力极其巨大，犹如九天神雷一般，带着毁天灭地之势狠狠地砸向了整个据点。刹那间，地动山摇，烟尘弥漫，整个据点在这恐怖的力量面前瞬间土崩瓦解，化为一片废墟。
佐助看着眼前的景象，心中不禁涌起一阵狂喜。他原本以为这一击已经将鼬置于死地，然而，就在他准备上前确认鼬的生死时，令人意想不到的事情发生了。
就在麒麟劈下的瞬间，鼬竟然在千钧一发之际开启了须佐能乎！那巨大的紫色骨架如同一座坚不可摧的堡垒，硬生生地抵挡住了佐助的攻击。
就在佐助惊愕之际，原本被他夺去力量、吸收在体内的大蛇丸，却在此时突然发难。趁着佐助力量耗尽的时机，大蛇丸妄图一举占据佐助的身体，于是使出了自己最为强大的术——“八歧之术”。
只见大蛇丸的身体瞬间膨胀起来，化作一条巨大的八歧大蛇。这条大蛇身躯庞大，八个头颅狰狞可怖，口中喷出熊熊烈焰，仿佛要将整个世界都吞噬殆尽。
然而，面对如此恐怖的敌人，鼬却毫无惧色。他操控着须佐能乎，如战神一般与八歧大蛇展开了一场惊心动魄的对决。
须佐之男手中的巨剑闪烁着寒光，每一次挥舞都带起一阵狂风，与八歧大蛇的攻击激烈碰撞。一时间，火花四溅，震耳欲聋的巨响回荡在这片废墟之上。
经过一番鏖战，八歧大蛇的八个头颅终于被须佐之男先后斩下，失去头颅的大蛇身体也随之瘫倒在地。而大蛇丸本人，则被须佐能乎的“十拳剑”刺中，瞬间被封印在一个葫芦里。
随着大蛇丸被封印，佐助身上的天之咒印也如同失去了支撑一般，渐渐消散。至此，佐助终于摆脱了大蛇丸的控制，恢复了自由。
然而，此时的佐助和鼬都已经到了极限。佐助的身体因为过度使用力量而变得极度虚弱，连写轮眼都无法再开启。而鼬的双眼也因为长时间使用须佐能乎而濒临失明，嘴角不断溢出鲜血，他的须佐能乎也在摇摇欲坠，似乎随时都可能消散。
面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助毫无还手之力，他只能不断地用草薙剑和引爆符发起攻击，但这些攻击都如同蚍蜉撼树一般，被鼬的须佐能乎轻松挡下。
鼬的须佐能乎手持“八咫镜”，这面镜子能够反弹一切物理攻击，佐助的攻击在它面前就如同孩童的戏耍一般，根本无法对鼬造成任何实质性的伤害。
随着鼬的步步逼近，佐助只能不断地后退，他的心中充满了绝望和无助。然而，就在佐助以为自己必死无疑的时候，鼬却突然停了下来。
鼬面带微笑，缓缓地走到佐助面前，然后轻轻地在佐助的额头前点了一下，说道：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”
说完这句话，鼬的身体像是失去了支撑一般，轰然倒下。天空渐渐暗了下来，阵雨蒙蒙，仿佛整个世界都在为鼬的离去而哭泣。
而那团天照之火，却依旧在熊熊燃烧着，仿佛永远不会熄灭。
佐助呆呆地看着倒在地上的鼬，他的心中充满了复杂的情感。当他确认鼬已经彻底失去了生命迹象之后，他凄凉地笑了一下，然后也缓缓地倒在了鼬的身旁。
兄弟二人就这样并列躺在地上，他们之间的距离是如此之近，却又仿佛永远隔绝。
就在这时，一个戴着面具的神秘人出现在了现场。他默默地走到佐助身边，将已经昏迷的佐助抱了起来。
“面具男”看着佐助，轻声说道：“我是斑，宇智波斑。”接着，他向佐助讲述了宇智波一族与木叶之间的恩怨，以及鼬的真实身份和灭族的真相。
佐助得知真相后开始慢慢回忆起鼬的过往，渐渐相信了“面具男”所说的一切，愤怒与悲伤使得他开启了万花筒写轮眼。
他将“蛇”改名为“鹰”，并决定杀掉逼迫鼬的幕后黑手——志村团藏等三位木叶高层，以及摧毁对宇智波一族实行灭族政策的木叶。
捕捉八尾佐助率领的“鹰”与“面具男”所率的“晓”暂时联手，作为条件，“鹰”为“晓”捕捉身处雷之国的八尾人柱力奇拉比。
在云雷峡上，佐助与八尾人柱力·奇拉比交战。由于咒印力量的消失，又是刚开眼的首次作战，导致刚开始有些吃力，连续两次被其击倒，后“鹰”合力将奇拉比压制。
奇拉比是忍者历史上少有的能完美控制尾兽之力的人，他完全尾兽化并对“鹰”步步紧逼。佐助眼见身边的队友们为了自己不惜生命，想起了以前的第七班，遂使用万花筒写轮眼释放了——“天照”。
熊熊的黑色火焰在八尾身上剧烈地燃烧着，仿佛要将它整个吞噬。八尾在痛苦的挣扎中，突然将带有黑火的一条尾巴猛地挥向香磷。佐助见状，毫不犹豫地施展出千鸟锐枪，瞬间割断了那部分尾巴。
然而，尽管尾巴被割断，断尾依然如同流星一般疾驰而去，狠狠地击中了香磷的背部。刹那间，黑炎如恶魔般在香磷身上蔓延开来，她的身体被熊熊的黑火所笼罩。
佐助心急如焚，他绝不能让同伴受到伤害。在这千钧一发之际，他迅速冲上前去，用尽全身的力量将香磷身上的黑火扑灭。与此同时，八尾身上的火焰也因为佐助的这一举动而逐渐熄灭。
“鹰”小队的成员们眼见形势不妙，急忙撤退。然而，他们没有察觉到，八尾早已趁着佐助为了救香磷而割断尾巴的瞬间，成功地利用断尾逃脱了束缚。
这场惊心动魄的战斗，不仅让“鹰”小队的计划落空，更惊动了八尾的主人——奇拉比的哥哥，第四代雷影。而此时的“鹰”小队，在经过一番休整后，做出了一个惊人的决定：向木叶村发起进攻！
然而，就在他们前往木叶的途中，一个神秘的面具男突然出现，告知他们木叶村已经被摧毁。这个突如其来的消息让“鹰”小队的成员们惊愕不已。
面对这一变故，“鹰”小队迅速改变了目标，决定潜入正在举行的五影大会，企图刺杀代理火影的志村团藏！
“鹰”小队在绝的带领下，一路前行，终于抵达了五影大会的会场。然而，他们万万没有想到，绝竟然在这个关键时刻背叛了他们。绝将佐助潜入的消息透露给了五影，这让原本就紧张的局势瞬间变得剑拔弩张。
得知佐助的到来，雷影怒不可遏，他立刻下令展开搜索，誓要将佐助找出来。没过多久，雷影就发现了佐助的踪迹，并毫不犹豫地冲向他，一场惊心动魄的战斗就此爆发。
第四代雷影·艾，以其强大的实力而闻名。他的速度快如闪电，力量更是惊人。面对如此强敌，佐助毫不畏惧，他使出了自己的绝技——千鸟和天照。一时间，电光火石交织，火焰熊熊燃烧，场面异常激烈。
在激烈的战斗中，佐助竟然首次开启了须佐能乎，这一强大的忍术让他的实力大增。然而，雷影的实力也同样不容小觑，他的攻击犹如雷霆万钧，让人难以抵挡。双方你来我往，互不相让，战斗陷入了胶着状态。
为了战胜雷影，佐助使出了炎遁·加具土命，这是一种极其强大的火遁忍术。然而，雷影并没有被佐助的攻击吓倒，他选择了玉石俱焚，宁可与佐助同归于尽，也要坚持发动攻击。
就在这千钧一发之际，第五代风影·我爱罗突然出现。他迅速施展出砂之盾，将雷影和佐助的攻击隔绝开来，避免了两败俱伤的局面。雷影见势不妙，暂时退下，去治疗他那断掉的左手。
而佐助则不得不面对我爱罗以及其他四位影的围攻。这场战斗的胜负，似乎已经难以预料……
在激烈的战斗中，佐助毅然决然地施展出了须佐能乎，那巨大而威猛的身影如同一座不可逾越的山岳，稳稳地矗立在战场中央。它以无匹的威势，硬生生地抵挡住了众人的合力攻击，发出震耳欲聋的巨响。
然而，佐助并没有选择与众人继续缠斗下去，他的目标只有一个——团藏。只见他身形一闪，如同鬼魅一般，瞬间突破了众人的防线，如离弦之箭般直奔团藏所在的会谈场所。
当佐助如疾风般冲入会场时，他的目光如炬，紧紧地锁定了团藏。然而，就在他即将与团藏交锋之际，一个身影如鬼魅般闪现，拦住了他的去路。
来人正是第五代水影·照美冥，她与“晓”有着深仇大恨，自然不会放过这个与“晓”成员交手的机会。照美冥的实力不容小觑，她不仅拥有溶遁、沸遁两种血继限界，更是一位经验丰富的忍者。
佐助此时已经连续与多名高手交战，体内的查克拉消耗巨大，再加上过度地使用须佐能乎，他的身体已经到了极限。每一个细胞都像是被撕裂一般，疼痛难忍，让他难以集中精力应对照美冥的攻击。
面对照美冥凌厉的攻势，佐助渐渐有些力不从心。他的须佐能乎在水影强大的忍术面前，也显得有些摇摇欲坠。
就在佐助陷入绝境之时，一道白色的身影如闪电般疾驰而来。原来是白绝及时赶到，为佐助解了围。
白绝的出现让佐助稍稍松了一口气，但他的身体已经疲惫到了极点，几乎无法再支撑下去。就在他以为自己终于可以喘口气的时候，一个更加可怕的敌人悄然现身。
第三代土影·大野木，这位实力深不可测的老牌忍者，突然使出了他的独门绝技——尘遁。那恐怖的力量如同一股洪流，瞬间将佐助淹没。
“面具男”出现在逃离会场的团藏面前，在打败了团藏的两个护卫后，“面具男”从异空间里放出佐助与团藏对决。
佐助质问团藏关于鼬的真相，在团藏说出真相、称鼬为木叶叛徒后彻底怒火爆发，用须佐能乎将团藏捏碎，但此时团藏却又再次出现在佐助身后，两人继续对决。
佐助不断使用天照、须佐能乎等招数“杀死”团藏，但团藏仍能不断“复活”，而团藏更抓住机会使用咒印将佐助定住。
就在佐助即将被团藏杀死的千钧一发之际，他的脑海中突然闪过了鼬的身影。这一瞬间，佐助的内心被一股强大的力量所触动，他的须佐能乎竟然开始进化！原本只有骨骼的须佐能乎，此刻迅速长出了肌肉和皮肤，变得更加完整和强大。
佐助的须佐能乎如同脱胎换骨一般，轻易地冲破了团藏施加在他身上的咒印，瞬间扭转了局势。团藏见状，心中大惊，他万万没有想到佐助竟然能够在如此绝境中突破自我。
而随着战斗的进行，团藏那种不死身能力的真面目也渐渐浮出水面。据“面具男”所说，那是一种连宇智波一族都将其列为禁术的“伊邪那岐”。这种禁术可以让使用者在一定时间内免疫所有伤害，但同时也会对使用者的身体造成巨大的负担。
在接下来的攻防持久战中，佐助充分发挥了自己的智慧和技巧。他巧妙地运用幻术，让团藏产生了误判，从而找到了团藏的破绽。最终，佐助以一记凌厉的攻击，将团藏击倒在地。
然而，濒死状态的团藏并不甘心就这样落败。他在最后关头，竟然挟持了香磷做人质，企图以此来威胁佐助。佐助此时已经被仇恨冲昏了头脑，他毫不犹豫地使出了千鸟锐枪，直直地刺向团藏和香磷的要害。
香磷被这突如其来的变故惊呆了，她完全没有想到佐助会如此决绝。而团藏则在千鸟锐枪的穿刺下，发出了一声惨绝人寰的尖叫。
尽管团藏已经身受重伤，但他仍然不肯放弃。他用尽最后一丝力气，发动了“里四象封印”，想要将“面具男”和佐助一同封印起来。然而，这最后的挣扎也未能成功，团藏最终还是咽下了最后一口气。
佐助打败团藏后，樱、卡卡西、鸣人先后赶来，第七班重聚。佐助的千鸟与鸣人的螺旋丸再次对峙，双方在精神世界里交谈，两人始终未能达成一致，但佐助答应了鸣人的决战约定，后和“面具男”一起离开了现场。
由于频繁使用万花筒写轮眼，佐助的视力严重下降，他决定听从“面具男”的建议，移植鼬的眼睛。
兄弟联手佐助成功移植了鼬的眼睛，瞳力的融合让双眼升级为永恒万花筒写轮眼。他杀死了监视自己的白绝本体，准备出发上战场。
途中佐助无意间看到被秽土转生的鼬，随即跟了上去。佐助了解到鼬的目的是前往阻止秽土转生，他答应会告诉佐助想知道的一切，但必须先打败药师兜。兄弟二人在战斗中互相配合，找回了尘封已久的默契。
最终，鼬以禁术“伊邪那美”将兜控制，并让他说出解开秽土转生的方法，从而解开了秽土转生。
战场上因兜操纵秽土大军而混乱不堪的战况得以控制，所有被转生者开始灵魂升天。
鼬将自己知道的宇智波灭族事件所有内情，自己的想法都告诉了佐助，并承认自己因为不相信佐助的力量与意志，而导致佐助离开木叶等行为。
但这次，鼬选择相信佐助，认为他也许能改变一族。最终鼬对佐助说：“无论将来你选择什么样的道路，我都一直深爱着你。”
鼬灵魂升天，佐助在与鼬交流后重新思考“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”这时，水月和重吾带着在大蛇丸据点无意间找到的秘密卷轴来找佐助。
佐助翻开卷轴，决定通过它解开心中疑惑。
佐助回忆过去卡卡西的封邪法印，反向结印使出解邪法印，通过御手洗红豆身上的咒印复活了大蛇丸，然后带着水月、重吾与大蛇丸一起出发寻找答案。