朱载坖在年岁大了之后，已经很少在动用庭杖了，因为现在朱载坖已经在朝廷上建立起了绝对的威信，一般的官员已经是不敢轻易的和朱载坖对抗了，而且朱载坖在年岁大了之后，也不太愿意轻易的动用庭杖，还是希望在朝廷营造相对宽松的政治环境。
但是朱载坖并非无底线的宽松，这次对于张有德的重惩就是朱载坖向朝廷所发出的明确信号，虽然朱载坖严惩张有德，明面上的理由就是张有德离间天家，这个罪名的含杀量自然是非常之高的，但是更加清楚的就是朱载坖这次明确向朝廷传达的信息，就是对于太子无条件的支持。
朱载坖很清楚，张有德之所以上疏，其实就是想搞政治投机，试探朱载坖对于太子施政的态度，要是朱载坖对此表示出一些意思，他们自然就会对于太子的各种施政加以掣肘，这点朱载坖还是很清楚的，所以朱载坖采取了断然措施，用张有德的命表明了自己的态度，同时将各相关部院的官员拉去观刑，加以震慑，保证太子的决策在朝廷内部不受掣肘。
朱载坖的行动当即就产生了效果，皇帝以实际行动表明了对太子的支持，朝廷上下也明白了朱载坖的意思，开始密切配合太子起来，而朱载坖也在西苑之中处理一些政务，随着时间的推移，朱载坖原本的老臣都凋零殆尽了，原左都御史、顾问咨询大臣、太子太保杨继盛以七十六岁去世，严绍庭也向朱载坖奏报其父严世蕃病重，从隆庆二十四以来年，当年在嘉靖朝和朱载坖相识相知的重臣们纷纷去世，已经是所剩无几的。
汪道昆、李春芳、高拱、张居正等重臣们早早谢世，连杨继盛现在也已经仙逝了，朱载坖看着奏报，不仅仅坐着呆呆的发愣，司礼监陈矩赶紧说道：“陛下不必哀伤，致伤圣体！”
朱载坖挥挥手让他退下，亲自下达了圣谕道：“故太子太保、顾问咨询大臣、左都御史杨继盛，清操耿介，世所共知，在昔世宗，亦以优容。入柄台省，一以贯之。是人臣之所尽忠，得无愧于斯也！遽闻溘逝，震悼良深，赠杨继盛少师兼太子太师、特进光禄大夫入祀贤良祠，赐谥文忠，呜呼，人臣之忠，无出其右，失此梁栋，朕心阖伤。遣皇太孙致祭，以慰英灵。”
朱载坖的上谕下达之后，朝廷并没有有什么波澜，一来就是杨继盛在朝廷中名声极佳，再加上朱载坖刚刚收拾了这帮官员，他们不敢在这个时候搞事情，面对朱载坖的上谕，礼部当即予以执行，而朱载坖再次因为这些重臣的离世而大病一场，这次朱载坖卧床不起，病逝极重，尽管翰林医官院的御医们都轮番诊视用药，但是朱载坖这次恢复的很慢，一连卧病十多天都不能起身。
辅臣和军机大臣们也轮流值守西苑，随时等候召见，朱载坖病情稳定下来之后，召见了内阁辅臣和军机大臣们，朱载坖问道：“政务、军务，可曾怠惰？”
首辅申时行赶紧说道：“陛下，殿下朝夕侍奉，不敢远离，臣等虽佐理庶务，不敢妄加决断也。”
这些日子太子都一直在朱载坖身边伺候，导致政务积压，朱载坖将太子叫过来说道：“痴儿，国事为重，何以如此？”
然后在首辅申时行说道：“元辅代朕草诏，以太子权同处分军国事，准太子于令旨上用玺请宝，诸司百衙，勿得违逆。”
申时行当即领命，和几位辅臣一道草拟诏书去了，朱载坖随后下达命令，对于宫城宿卫加以调整，调羽林军入卫宫城，宿卫宫禁，其余京军亦调入京师巡逻，严加戒备，以驸马都尉马爌任领侍卫内大臣，负责宫禁，英国公张元功总督京军，定国公徐文壁掌五军都督府，成国公朱应桢以锦衣亲军都指挥同知掌京师巡捕，加强宫城和京师的戒备。
同时将两位公主接入宫内服侍朱载坖，太子仍归文华殿处理政务，每三日到西苑来即可，一应政务由太子处理，除了西域战事之外，其他的政务不必报知朱载坖。
朱载坖的生病使得朝廷的气氛更加紧张，太子奉朱载坖上谕权同处分军国事，第一件事情就是召集国务会议，要求各部院和地方衙门必须保持安定，谁要是在这个时候搞事情，就不要怪老朱家的刀快了，这点他们自然是很清楚的，还有两件事情。
朱翊釴说道：“陛下在病中，对于西事仍旧是极为关切的，各衙门务必要保证西域用兵之需同时督促西北诸将，奋勉出击，以慰圣心。”
这点自然是极为重要的，朱载坖即便是在病中，对于西北军务也是极为重视的，同时朱翊釴也很清楚，这是朱载坖现在最放心不下的事情，所以朱翊釴上来就重申这点，朱翊釴仍将继续朱载坖的政策，支持朝廷经略西域，还要要求西域诸将加倍努力，以报答朱载坖，这点是极为重要的。
除此之外，就是对于朱翊釴所推动的经济改革措施，朱翊釴要求相关的衙门必须要严格落实，尤其是盐政、海关等衙门，必须要严格执行朝廷的命令，广东等地官府尤其是要注意，对于那些阳奉阴违或者是直接抵制的，要予以严惩。
朱翊釴再次以太子令旨的形式要求各府州县严厉打击高利贷，同时户部和少府监分司要对于各地的钱庄、票号等金融机构严加管束，务必按照朝廷的命令执行，限制放贷利息，不允许高利害民，朱翊釴还下达了一道令旨，就是命令各省直布按二司和各府州县衙门，不准随意打击工场，或者是联合地方豪强吞并这些工场，保护工场主的利益，鼓励实业发展。
还要将地方的工业发展情况纳入地方州县正印的考成之中，对于发展经济不力的官员，要一律予以罢黜，绝不宽贷。