在朱载坖的诏书下达之后，各部官军以及朝廷各衙门纷纷开始行动起来，准备来年的大举征讨西域，朱载坖的诏书说的是很明确的，这次官军对西域用兵，就是要收复汉唐故地，同时对于西域的这些所谓回教政权也要予以征讨，朱载坖的诏书中说的很明确：“其以异国邪教，荼毒生民，妄行淫祀，以夷变夏，此罪深恶重，断不可恕！”
对于这次要征讨叶尔羌，朱载坖最大的理由就是以夷变夏，也就是这些回教搞政教合一，对于大明来说是不可接受的，所以这些要重新收复汉唐故地，将汉家之法在西域重新推行。
除了军事手段之外，还要安排大量的移民前往西域，与卫所一道在西域屯垦，充实西域，改变当地的人口结构和风俗，使得回教搞政教合一的土壤不复存在，彻底消灭这些神棍。
当然这些话朱载坖是不可能落在诏书上的，但是朱载坖在刘綎抵达京师之后，召见了刘綎，向其交代了这次朝廷用兵的方略，对于叶尔羌汗国的统治阶层和他们的宗教上层，官军要毫不犹豫的予以铲除，给朝廷之后的施政创造条件，对于这个脏活，刘綎自然是没有什么心理负担的。
他在倭国就是大开杀戒，捞了不少好处，这次回朝向朱载坖的内承运库进献了价值二百万元的财物，所以朱载坖明确告知他可以在西域动手的时候，刘綎当即表示所有的弹劾臣一个人担了，对于刘綎的懂事，朱载坖还是很满意的，不过朱载坖也告诫刘綎两点。
第一就是大明的清理对象仅限于叶尔羌汗国的统治阶级和宗教上层，不能大开杀戒，将屠刀对准百姓，这样是会给朝廷之后的治理带来极大的麻烦的，同时对于刘綎本人来说也绝非好事，不能随意扩大杀戮的范围。
第二就是不能吃独食，要将所得财物散给士卒们，一来是维系官军的士气，二来就是鼓励这些士卒们留在当地，只有将这些士卒留在当地，才能够加强朝廷在西域的统治基础，帮助朝廷牢牢的控制住西域。交代完这些事情，朱载坖就命令刘綎赶紧到兰州操练士卒，整顿兵马。
相关的将领们也都各自启程，赶往兰州掌握自己的麾下，而在天气转冷之后，朱载坖就更加的困倦，随着年岁的逐渐增大，朱载坖对于京师的寒冷确实是有些吃不消了，再度动了南下的想法，但是仔细思量之后，朱载坖还是没有选择南下，朱载坖现在要考虑的问题就比较多了。
一来就是皇帝南下，劳民伤财，仅仅是为了避寒，这显然是说不过去的，二来就是朱载坖的身体本就大不如前，一旦南下，舟车劳顿，未必吃得消，而且一旦朱载坖在南京有什么事情的，那开销就更加巨大，而且对于朝廷来说也是一个巨大的不安定因素，这点朱载坖是很清楚的，所以朱载坖在思虑再三之后还是决定就在京师。
不过朱载坖也做了一些相应的安排，皇太孙现在年纪渐长，可以分担一些政务了，所以朱载坖调整了皇太孙的教育，减少了皇太孙的课业，对于皇太孙增加到文华殿参与处理政务，听取各部院汇报，查看各种奏疏的权力，同时每月两日到羽林军中查看羽林军的训练情况，与士卒们同饮食，培养皇太孙的行政和军事能力。
同时进一步加强太子权力，朱载坖下达诏书，命令军机处将非系用兵等紧要之事，先送太子处分，然后朱载坖加以审核即可，除了用兵等重事直接送西苑之外其余的政务大多由太子处分，可以说朱载坖除了没有行内禅之事之外，在其余的权力上，太子已经是很大的了，这样朱载坖也能够有更多的精力放在其他事务上。
朱载坖现在除了日常的批阅奏疏之外，就是和朱载堉等人商讨有关科技的理论问题，指导文思院和格物院相应的研究，在朱载坖的指令之下，一大批的仪器被研究了出来，首先就是温度计，伽利略也就是现在的朱从道，曾经发明过一种温度计，是一种气体温度计，利用空气热胀冷缩原理并带有刻度，但受气压影响误差较大。
朱载坖将这之予以规范化，在一个封闭的系统里，随着温度的变化，空气收缩膨胀，彩色的液体高度也随着变化，同时是确定基准温度，这个对于朱载坖来说是很简单的，冰水混合物的温度就是零度，水沸腾的温度就是一百度，这样的制成了现在大明的第一支水银温度计。
除了温度计之外，就是各种光学器材的发明，不管是用于天文的望远镜，还是由于医学的显微镜，在朱载坖的指令之下也得以生产出来，同时镗床精镗汽缸也得以成功，使得蒸汽机的生产效率得以提升，同时文思院还发明了安全阀，使得蒸汽机更加安全，得以迅速的推广开来。
其中对于现在的大明，最重要的就是显微镜的发明，虽然现在文思院所制造出来的显微镜还是比较粗糙的，但是对于翰林医官院的震动还是极大的，使得很多疾病的致病原因有了科学的解释。。为大明防治疾病起了极大的作用。
对于朱载坖还是这些理论和工具的出现，主要是刺激更多的人学习科学，工匠科研不再是所谓的奇技淫巧，而是真的能够造福了百姓和国家的东西，朱载坖以皇帝之尊亲自参与，无疑提高了科学在大明的地位，不管是物理还是化学，现在在大明都逐渐有人开始学习了，不仅仅是因为科举常识要考，更多的是人们在其中发现确实是对实际生活有帮助。
朱载坖命令文思院、格物院撰写文章，介绍科学和各种机械，然后发表于皇明时报上，借用朝廷的力量加以支持，推动基础科学的发展。